1）外周血干细胞数量采集困难，不能满足移植所需数量。
2）收集的外周血干细胞会混杂有肿瘤细胞。
3）异基因外周血移植物中存在大量T细胞，可能诱发严重GVHD，初步的结果表明Allo-PBSCT急性GVHD的发生率与骨髓移植相似，但慢性GVHD显著高于Allo-BMT。
4）PBSCT后肿瘤复发。
