将地衣体横切,可看到其内部构造：
内部一般可分为上皮层、藻胞层、髓层和下皮层。上皮层和下皮层均由致密交织的菌丝构成。根据藻类细胞在地衣体内部的分布情况,通常在结构上,将地衣分为2种类型：
1、 异层地衣：藻类细胞聚集在上皮层之下,形成1层明显的藻胞层。髓层介于藻胞层和下皮层之间,由一些疏松的菌丝构成。髓层中没有或只有很少的藻细胞。这样的构造称为“异层地衣。梅衣属（Parmelia）和蜈蚣衣属（Physcia）。
2、 同层地衣：在横切面上,上皮层之下没有明显的单独的藻胞层结构,藻细胞在髓层菌丝中均匀地分布。这样的构造称为“同层地衣”。如猫耳衣属（Leptogium）。
叶状地衣一般为异层地衣。壳状地衣多为同层地衣,壳状地衣无下皮层,髓层与基质直接相连。枝状地衣为异层地衣。而内部构造呈辐射式,外皮层致密,很薄的藻胞层包围中轴型的髓层,或髓层为中空的。
一些地衣体有多种色彩,主要是由构成上皮层的菌丝细胞中含有大量橙色、黄色或其他色素而形成的。
