三维结构原则
对于各种生物物种的每一个蛋白质，用每一个位点每年发生的氨基酸替换的次数为标准衡量分子进化的速率是大致恒定的，只要该分子的功能和三维结构保持不变；
分子主次原则
功能上较次要的分子或分子的区域的进化速率（按突变替换数/每位点/每年计算）要比功能重要的分子或分子的部分的进化快。
破坏力原则
对现存分子的结构或功能破坏较小的那些突变替换（即保守性替换）要比破坏力较大的突变替换的进化来得频繁。
基因更新原则
基因复制总是在获得一个新功能之前就已发生
