不论传统的长程疗法或新出现的短程化疗，均要分阶段治疗，即：
①强化阶段。选用强有力的药物联合治疗，以迅速消灭敏感菌及生长分裂活跃的细菌，并使可能存在的耐药菌有效地得到传统化疗时强化阶段一般为半年，短程化疗则为2～3个月。这是化疗的关键阶段。
②巩固（继续）阶段。目的在于清除持存菌，巩固治疗效果，防止复发。传统化疗一般为半年，甚至4个月。
短程化疗是近十余年来出现的新方案。其效果取决于两个因素，即药物对生长敏殖旺盛、代谢活跃和结核杆菌不早期杀菌作用，防止耐药菌发生；药物对生长敏殖低下、代谢缓慢的结核杆菌（持存菌）有灭菌作用，可防止复发。因此，短程化疗的选药原则为：
①针对分裂活跃代谢旺盛细菌要用杀菌药中强有力的药物，如SM、INH、RFP；
②要考虑应用对持存结核菌有效的灭菌药物，以防止复发，如PZA、RFP和INH；
③抑菌药如EMB、PAS、ETH、TB1不适于短程化疗。
小儿短程化疗选药应考虑以下几点
①小儿结核病多为新近感染，尤多为血行播散，所以防治脑膜受侵最为重要。首先要选用易透过脑膜进入脑脊液的药物，如INH、RFP及ETH，而不用EB。
②急性血行播散时最好选用能杀死生长敏殖活跃细菌的药物，如SM。
③结核性脑膜炎时应考虑应用能注射的抗结核药物，如SM。
④小儿原发耐INH和SM的结核杆菌感染较成从多见。除根据传染源治疗效果选药外，应选择可能敏感的杀菌药，如RFP及PZA或ETH及EB。
⑤急性结核感染时单核细胞多受累，故应重视使用能进入细胞内的杀菌药（如PZA）。
⑥结核杆菌繁殖周期为14～22h，所以可每日1次投药。已证明INH顿服的高峰浓度比日服多次的常规方法的恒定浓度更为重要。所以全日剂量1次顿服，既能提高疗效，又可保证执行坚持用药。
