1.胶原性乳糜泻
小肠黏膜病变与乳糜泻相似，但尚具有其他特征性病变，即小肠表面上皮下有较宽的胶原纤维染色及电镜观察都证明此带为胶原纤维。早期胶原纤维呈片状分布而不呈带状，所以活检应多处取材才能观察到病变。关于此病的性质有些作者认为是乳糜泻的变种，有的作者认为属一种独立的疾病。此病患者对麦胶不过敏，病情比乳糜泻更严重，预后不良。
2.肠道寄生虫病
粪便虫卵和寄生虫检查有助于鉴别。
3.炎症性肠病
克罗恩病和溃疡性结肠炎均有各自的X线特点。
4.麦胶性肠病
麦胶引起的肠病也可在热带发生，但给予无麦胶饮食可控制为临床鉴别的要点。
5.维生素B12缺乏
维生素B12治疗纠正贫血有助于鉴别。
6.亚临床吸收不良
为热带国家极常见的一种地方病，可有相似的结构变化，但无症状。
