为什么检测不到物质了？求教!

各位大侠,小弟有问题想向各位请教,情况是这样的:
经过柱层析得到的样品是6KDa分子量左右的多肽，通过液相用100%乙睛检测，在2.8min左右出了一个很高的峰，另外还有4个很小的峰，检测主要物质含量85%，每个峰的出峰时间相差1min左右。但最近用液质连用却检测不出来主要物质，检测人员说都是杂质，我想请各位帮忙分析一下为什么会这样？是样品的问题还是检测的问题?谢谢!