第三届全国生物质谱学术交流会圆满闭幕

　　2009年5月16日下午，为期两天的蛋白质组数据处理暨第三届全国生物质谱学术交流会在云南丽江绿韵假日饭店落下帷幕。大会闭幕式之前，多位著名海内外专家学者继续给出了精彩的大会报告。

Prof. Ping Peipei, University of California Los Angeles, USA

报告: Advancing Cardiovascular Biology and Medicine via Proteomics

中国科学院计算技术研究所 贺思敏研究员

　　来自中国科学院计算技术研究所的贺思敏研究员为大家带来了题为《蛋白质组学数据分析软件pFind系统新进展》的报告。据贺老师介绍，pFind系统是中国科学院计算技术研究所自2002年开始持续研发的蛋白质组数据分析软件，可以替代同类国际主流软件，已安装在国内多家蛋白质组学重点研究单位，并在ABRF组织的国际评测以及核心岩藻糖化修饰位点鉴定等科研实战中表现出色。

　　报告中，贺老师首先介绍了pFind系统不同于国际同类软件的核心算法设计和系统实现，然后介绍了pFind系统近期在开放式修饰类型发现、高精度一级质谱分析、新型碎裂方式串联质谱分析、肽序列从头测序、标记定量分析以及并行加速系统研制等方面的进展。

浙江大学生物医学工程与仪器科学学院 段会龙教授

　　来自浙江大学生物医学工程与仪器科学学院的段会龙教授介绍了题为《构建心血管蛋白质组生物医学数据库及分析平台》的报告。依据当前心血管蛋白质组质谱数据分析所面临的问题，段教授所在课题组构建了一套主题明确、内容集中、低冗余度、具备专有搜索引擎以及良好的用户交互性的心血管生物医学数据库。分别对心血管蛋白质组数据集成、心血管蛋白质组数据处理和分析、生物质谱谱图检索和识别以及心血管蛋白组数据库平台这四个方面展开研究。

安捷伦科技有限公司 陈伟博士

　　安捷伦公司的陈伟博士主要向大家介绍了针对蛋白质组学分析，安捷伦公司所提供的从样品前处理到仪器分析、数据处理到系统生物学解释的一体化解决方案。陈博士尤其指出，将在2010年ASMS上推出的Mass Profiler Professional是专为质谱数据设计的动态的化学计量学软件包。具有先进的数据处理功能，可以分析多个质谱数据类型的统计学和数学模型，该软件可以让分析人员轻松的找到并鉴定出代谢组学、蛋白组学和其他分析应用的样品组之间的明显差异。

　　陈博士还指出，MassHunter工作站集成的Spectrum Mill软件可以使分析人员通过快速的数据库检索进行蛋白质和多肽的快速鉴定，而且还可以进行手动和自动的匹配确认分析。该软件具有出色的直观分析和报告功能，可支持无标记和稳定同位素标记的定量分析。

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朱云平研究员 军事医学科学院放射与辐射医学研究所

题目：蛋白质/翻译后修饰鉴定的数据质量控制

孙瑞祥副研究员 中国科学院计算技术研究所

题目：电子转运裂解(ETD)质谱的特征发现及其在pFind搜索引擎中的利用

　　国防科技大学机电工程与自动化学院 谢红卫教授

　　来自国防科技大学机电工程与自动化学院的谢教授在题为《蛋白质组学中质谱数据定量分析方法研究》的研究报告中指出，其所在研究组利用一系列大规模定量分析的数据集，包括稳定同位素标记和进行重复实验的无标记定量数据，进行了一系列分析和研究，主要取得的认识和结果包括：(1)总结了无标记和稳定同位素标记定量数据分析的典型流程，并且结合实际的数据分析结果，初步研究了各种分析流程优势和问题；(2)利用实际实验数据，初步研究了同位素分布实验误差和质荷比误差等对定量分析参数选择有重要影响的问题；(3)针对定量计算速度慢的问题，提出了索引文件和基于hash表的信息检索方式，将定量计算的时间缩短为原来的1/10；(4)设计了一种可逆的色谱保留时间对齐模型，大大缩短了无标记定量数据处理中色谱保留时间对齐的计算复杂度；(5)提出了一种以信号强度为参量的差异分布模型，能够提高差异检验的灵敏度；(6)开发了无标记定量软件LFQuant、标记定量软件SILVER，已经无鉴定定量分析工具XICFinder。其中SILVER能够支持自定义标记方法，提供了图形化界面。LFQuant速度和定量精度等性能经过了多次优化。

中国科学院大连化学物理研究所 叶明亮研究员

　　来自中国中国科学院大连化学物理研究所的叶明亮研究员主要介绍了有关《多层次蛋白质磷酸化分析中的数据处理新方法的研究》的报告，分别从组学层次、节点层次和网络层析这三个方面介绍了蛋白质磷酸化分析的数据处理方法。

　　在节点蛋白质的磷酸化分析方面，叶老师所在研究组发展了一种基于改进的目标-伪数据库用于数据检索，来高覆盖率、高可靠鉴定简单蛋白样品中的磷酸化位点信息的方法。这种改良的数据库的一个重要优点是比常用的蛋白组数据库小很多，对于用低特异性酶切产生的肽段的多级质谱图，可以十分有效的缩短搜索数据库的时间。

　　在组学层次上，针对磷酸化蛋白质组学中磷酸化肽段鉴定难，假阳性率高，主要依赖于人工验证的现状，发展了一种结合MS²和MS³图谱以及正伪数据库检索的自动磷酸化肽段鉴定方法。利用这种方法，结合磷酸肽的多维分析已经可以从人肝组织中鉴定超过8000个磷酸化位点。

　　在网络层次主要是揭示激酶与底物蛋白质上磷酸化位点的对应关系，是我们今后研究的一个重要方向，目前已经在与合作者利用生物信息学的方法模拟构建磷酸化网络图。

谢鹭研究员 上海生物信息技术研究中心

题目：重构磷酸化介导的细胞信号传递网络

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厦门大学化学系 杭纬教授

　　来自厦门大学化学系的杭纬教授教授为大家带来了题为《ESI-FTMS、Q-TOF及MALDI-TOF用于代谢组学DIMS的比较》的报告。在LC-MS分析中，LC占据了大量的分析时间，成为高通量分析的瓶颈，因此，许多分析人员开始采用直接进样质谱技术(DIMS)进行代谢组学的分析。在DIMS技术中，由于复杂基体的影响，势必造成低丰度、难挥发或难电离成分无法在谱图中显现，因此，如何避免基体影响成为DIMS的一个重要研究内容。此外，随着无基体MALDI技术的发展 ，MALDI仪器用于代谢成分的检测成为可能。杭教授基于上述问题，使用肾癌病人与正常人的血清样品具体比较了LC-MS与DIMS技术在代谢组学研究中的结果；并比较了ESI-FTMS、Q-TOF及MALDI-TOF用于代谢组学DIMS的结果，对代谢组学的MS技术进行了较为全面的研究，并指出了对于各个不同层面的研究所应采用的检测技术。

北京蛋白质组研究中心 徐平研究员

题目：定量蛋白质组学技术解析泛素化蛋白和泛素链

田亚平教授 中国人民解放军总医院

题目：生物质谱技术在恶性肿瘤辅助诊断中的应用

复旦大学附属中山医院肝癌研究所 刘银坤教授

　　来自复旦大学附属中山医院肝癌研究所的刘银坤教授带来了题为《肝癌抗失巢凋亡相关的酪氨酸磷酸化蛋白分析及在转移中的意义》报告。为了寻找与肝癌细胞和失巢凋亡密切相关的酪氨酸磷酸化蛋白，刘教授所在研究组主要探讨了肝癌失巢凋亡的信号机制和肝癌的治疗靶点，研究内容包括对肝癌细胞失巢凋亡相关的酪氨酸磷酸化蛋白质组分析和FER在肝癌细胞失巢凋亡中的能研究。

　　刘教授通过研究指出，FER能通过影响肝癌细胞的粘附、运动和侵袭功能呢个参与肝癌失巢凋亡抵抗过程的调节；FER对肝癌细胞的粘附、运动和侵袭呈现双向调节作用，过高或过低均能抑制这些功能的发生；FER对细胞骨架重排和细胞运动的调节可能不仅仅依赖其激酶活性，还依赖自身分子中功能结构介导的作用。

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沃特世科技(上海)有限公司 王灼维博士

　　来自沃特世科技(上海)有限公司的王灼维博士带来了题为《高清质谱SYNAPT G2 HDMS在蛋白质组学中的应用》报告。王博士首先向大家介绍了SYNAPT G2 HDMS质谱分析系统，这是Waters公司的第二代基于高效离子淌度(Ion mobility)测量和分离技术的高性能四极杆-飞行时间质谱仪，该系统提供新一维的离子淌度分离技术，不仅能按质荷比不同将离子分离，同时可以根据离子的大小、形状、电荷等将其分离。具备超过40,000 半峰全宽(FWHM)的分辨率、一流的灵敏度、每秒20光谱的数据采集率、精确质谱(1 ppm RMS)信息以及量值多达5个数量级的动态范围。从而从原有样品中能够获取更多的未知信息，并且提高数据特异性。

　　当UPLC与SYNAPT G2 HDMS联用时，则可以得到保留时间(RT)、质荷比(m/z)、峰强度(Intensity)、迁移时间(Drift time)等的四维分离体系。并且通过UPLC/MS^E技术，实现两种快速切换的功能采集MS数据；第一步是低能量质谱图， 第二步是提高碰撞能量的子离子质谱图(称为MS^E)。最终结果数据包含所有测量到的母离子和子离子的完整的时间解析记录。母离子和子离子的相关性取决于保留时间排列和峰型，即使是不合理的肽段和重合离子团也可成功处理。

中国科学院上海有机化学研究所 郭寅龙研究员

　　来自中国科学院上海有机化学研究所的郭寅龙研究员向大家介绍了有关《生物小分子化合物的质谱学研究》报告。郭老师在报告中例举了多种分析生物小分子的质谱技术，如采用HS-LPME(顶空液滴萃取技术)与MALDI-FTMS联用分析烟草中的挥发性碱性成分、采用LPME/MALDI-FTMS用于单口烟气中烟碱的定量分析、DEMESD(单液滴衍生化萃取技术)/MALDI-FTMS用于单口烟气中小分子醛的定量分析、衍生化气相色谱-质谱法测定硼酸含量、解吸质电喷雾技术以及激光解吸技术分析生物小分子化合物等。最后，郭老师以一句“从masses中来，到masses中去，要相信masses，要依靠masses”的经典毛主席语录结束了报告内容，给与会者留下了非常深刻的印象。

中国科学院长春应用化学研究所 刘志强研究员

　　中国科学院长春应用化学研究所的刘志强研究员介绍了有关《传统中药中活性成分筛选的脉冲超滤质谱研究》的报告。刘老师首先指出，脉冲超滤质谱的优势还在于，目标受体可以重复利用，易于实现联用，具备高通量筛选的特点。同时FT-ICR MS能够提供精确的分子量信息，使得HPLC-MS数据的解析大大简化。其所在课题组在研究中主要选取了与2型糖尿病相关的α-葡萄糖苷酶和与痛风相关的黄嘌呤氧化酶为靶点，利用超滤质谱技术对中药单体化合物、中药提取物和中药复方中潜在的这两种酶的抑制剂进行了筛选。

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中国科学院化学研究所 汪福意研究员

　　来自中国科学院化学研究所的汪福意研究员带来了题为《老药新说：抗肿瘤药物顺铂与血清白蛋白的结合位点》的研究报告。汪老师所在研究组发展和建立了一种基于MS/MS的Bottom-up蛋白质组学质谱分析方法，研究了临床上使用最为广泛的金属抗肿瘤药物顺铂与血清白蛋白的相互作用，鉴定了顺铂与血清白蛋白的结合位点。研究表明应用LC-MS/MS鉴定出顺铂能与HSA表面的氨基酸残基 Met298、His67、His128和 His247配位，形成蛋白复合物。并首次鉴定出一种顺铂与相邻a-螺旋上的His67和His247残基形成的链间交联产物，而这两个组氨酸残基正是HSA与Zn的结合位点。这一发现表明，临床上顺铂的长期使用可能干扰人体内微量元素Zn通过HSA结合而进行的摄入和转运，从而导致锌缺乏症相关的毒副作用。

王秋雨教授 辽宁大学生命科学院

题目：东北林蛙皮抗菌肽及其生物学特性

王贤纯教授 湖南师范大学生命科学学院

题目：利用生物质谱评估酸不溶性去污剂在膜蛋白质组分析中的应用

北京蛋白质组研究中心 魏开华研究员

　　来自北京蛋白质组研究中心的魏开华研究员向大家介绍了有关《大鼠血-脑脊液屏障的多肽组表达谱及序列特征分析》的报告。魏教授指出该研究综合运用MALDI-TOF/TOF和LC-MS/MS液质联用系统研究了成年SD大鼠血-脑脊液屏障(即脉络丛组织 CP)中的多肽组。结果共鉴定到的163个多肽(p<0.001)，这些多肽为69种蛋白质的降解肽段，其中ATP合酶(ATP synthase)，细胞色素C(cytochrome c)，血红蛋白(hemoglobin)，NADH-辅酶Q氧化还原酶(NADH-ubiquinone oxidoreductase)，β-珠蛋白(beta-globin)这5种蛋白质的肽段占总肽段数的50%以上，这些前体蛋白质的分子量多数分布在10 kD至20 kD之间。

　　对这些多肽的序列进行特征分析，发现其中有107个多肽为阶梯状降解片段，占总肽段数的65.6%，这与血清多肽的分布特征相似。对这些多肽的氨基酸组成分析，发现酸性、碱性和疏水性氨基酸分别占阶梯序列肽段的总氨基酸数的11%、35%和54%，而且N-端阶梯剪切和C-端阶梯剪切有相同规律，此规律与阶梯剪切位点末端氨基酸类型分布一致。

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　　精彩的学术报告后，大会举行了简短的闭幕仪式。北京蛋白质组学研究中心钱小红研究员，复旦大学杨芃原教授，美国加州大学心血管研究中心Ping Peipei教授出席了本次大会闭幕式。

　　出席闭幕式的领导及嘉宾从左至右依次为：钱小红研究员、杨芃凡教授、Ping Peipei教授

北京蛋白质组学研究中心 钱小红研究员

　　北京蛋白质组学研究中心钱小红研究员对本届研讨会进行了总结并致闭幕词。钱教授首先代表大会组委会、学术委员会和大会秘书处对大家的积极参与和大力支持再次表示衷心的感谢。本届大会共收到学术论文119篇，大会期间来自国内外75家科研院所、医院、公司等200余名代表通过特邀报告、大会报告、会议报告以及企业展览等多种形式围绕蛋白质组数据处理，生物质谱等领域的前沿技术和热点问题展开了广泛的交流和深入的探讨。

　　在正式大会之前，针对目前生物质谱的新技术和新方法组织了专题技术培训班，来自全国33个科研院所的50余名学员参加了此次培训。会议期间，张玉奎院士、Hisashi Narimatsu教授、Ping Peipei教授和31位海内外著名专家、教授就生物质谱及蛋白质组学数据处理的热点与难点问题进行了精彩的大会报告。本届大会得到了安捷伦公司、AB公司、Waters公司、赛默飞世尔科技等8家国内外著名厂商、公司的支持和赞助，并参加了同期举行的展览。本届大会的成功举办离不开北京蛋白质组研究中心、复旦大学、蛋白质组学国家重点实验室的不懈努力。最后，钱教授向大家宣布2011年4月22日~25日期间，将在杭州举办第七届中国蛋白质组学大会，邀请全体与会代表届时参加。

大会组委员成员合影