目前的全基因组测序或全外显子测序的研究重点越来越集中在有害的Rare variant上。相比common variant来说，rare variant对疾病的发病机制更有影响。Rare variant 的频度远低于common variant。但Rare variant多表现为致病突变，并且是高外显率，个体携带rare variant时，其患病风险要高10-30倍（举例）。而common variant多表现为易感基因，从遗传学上为低外显率。
通常在一个课题在立项的时候，其在早期已完成相当一部分的前期工作。精神类疾病以研究精神分裂症（SZ）和自闭症谱系病（ASD）最为热门。早期研究者们通过文献查阅，前期科研工作等，会将研究范围定在某个基因或与某基因相关的基因群中，即寻找到与疾病相关的候选基因/区段。common variant常发现于非编码区或编码区的同义突变，而Rare variant常发现于编码区，表现为错义突变或无义突变。如上文提到，目前的研究重点逐渐转向有害的Rare variant，而GWAS研究所基于的百万计SNP芯片，这些SNP位点的MAF的频度通常较高。因此通过SNP芯片很难找到Rare variant，那么Rare variant的发现就要通过重测序的方法来发现。
如下就是通过重测序结合大样本分型的研究路线：
（文献来源：Resequencing and Association Analysis of Six PSD-95-Related Genes as Possible Susceptibility Genes for Schizophrenia and Autism Spectrum Disorders DOI:10.1038/srep27491）
疾病：精神分裂症（SZ），自闭症谱系病（ASD）
研究前提：
基因已知功能描述：PSD蛋白在调节谷氨酸受体的浓度和活性中起到重要作用。并且在先前的很多研究中发现，PSD蛋白与精神分裂症（SZ）和自闭症谱系病（ASD）之间相关联。
研究思路：
1.样本选择
候选基因外显子重测序：562例患者（370例SZ患者和192例ASD患者）；
关联分析样本：1697例患者（1315例SZ患者和382例ASD患者）；1793例正常对照；
Profiles of participants in the resequencing and association sample sets
2.候选基因的选择
通过前期的GWAS研究和功能研究，初步找到与疾病相关的6个候选基因（DLG1, DLG2, DLG4, DLGAP1, DLGAP2和SynGAP）。
3.技术路线：
4.研究结果
A. 6个候选基因（DLG1, DLG2, DLG4, DLGAP1, DLGAP2和SynGAP）的重测序，找到37个罕见，非同义突变。
其中26个变异通过一代测序得到验证。通过突变过滤，最终作者选择了3个变异位点（DLG1—G344R, DLG4—G241S和 DLGAP2—R604C ）进行大规模的样本验证。
Locations of amino acid changes caused by detected mutations in the DLG1, DLG4 and DLGAP2 genes
B.随后对这三个位点进行大样本基因分型，关联分析，发现在大群体中同样找到一例DLG1—G344R突变。作者认为候选基因中的低频突变可能会增加精神分裂症/自闭症谱系病的发病风险。（生物谷Bioon.com）
Association analysis results of three rare missense mutations
上海翼和生物的Hi-Reseq（目标基因/区段重测序服务）采用翼和自主研发的多重PCR技术，扩增子特异性捕获5K-100K长度范围，使用性强，针对连续区段，外显子靶标以及客户指定位点，特异性设计扩增引物，经过引物优化及修饰，多重PCR一次性捕获所有位点。克服扩增效率不均一问题，保证每个扩增子间拷贝数差异控制在平均深度的5-10倍（利用ABI7900定量PCR检测多重PCR产物，根据CT值判读产物浓度，确保产物间的均一性），90%扩增子reads数大于15，不浪费测序通量。
Hi-Reseq服务优势