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新一代测序引入的误差，使得我们很难检测到罕见变异，而这些罕见变异在癌症等疾病中发挥着重要的作用。在Biotechniques最近的一篇新闻中，Janelle Weaver报道了科学家们在描绘这些误差以及开发策略提高精度方面所取得的进步。 美国国家心脏、肺和血液研究所外显子组测序项目的研究人员，在对2400个人的外显子组进行测序和分析之后推断，大多数单核苷酸变异是罕见的，在样本群体中的发生率小于0.5%。这一发现解释了为什么全基因组关联研究（GWAS）——试图将常见遗传变异与特定疾病表型联系起来——对于复杂疾病通常是失败的。 Albert Einstein医学院的Jan Vijg研究基因组损伤和衰老之间的关系，他指出：“这些罕见突变真的是最重要的。我们不倾向于在常见变异中寻找特定疾病的风险变异，因此很显然，所有的罕见变异在一起，的确引发了许多疾病表型，因此我们需要研究它们。” 虽然新一代DNA测序对疾病相关突变的检测和个......阅读全文
为什么复杂疾病的全基因组关联研究都是失败的？ 下一代测序带来的误差，使得我们很难检测到罕见变异，而这些罕见变异在癌症等疾病中发挥着重要的作用。 在Biotechniques最近的一篇新闻中，Janelle Weaver报道了科学家们在描绘这些误差以及开发策略提高精度方面所取得的进步。 美国
最近，美国康涅狄格大学和南京农业大学李义教授团队在Horticulture Research发表了题为“A method for the production and expedient screening of CRISPR/Cas9-mediated non-transgenic mutan
今年8月，美国波士顿儿童医院的科研人员在一项研究中深入检测了临床基因测试无法确认病因的158名脑畸形患者的DNA。在高灵敏度测序的帮助下，研究团队发现了只在每个人很少一部分细胞中发生的8个致病基因突变。对于传统基因诊断测试来说，它们实在是太过于微小。 这类细胞基因变异又称嵌合突变，存在于每个人
今年8月，美国波士顿儿童医院的科研人员在一项研究中深入检测了临床基因测试无法确认病因的158名脑畸形患者的DNA。在高灵敏度测序的帮助下，研究团队发现了只在每个人很少一部分细胞中发生的8个致病基因突变。对于传统基因诊断测试来说，它们实在是太过于
Technologies（现为Thermo Fisher收购）公司全国临床与科研事业部销售总监、ThermoFisher公司全国临床市场战略总监柴映爽写了一系列文章，对基因测序领域进行了深入剖析。让我们看看这个领域深入工作的人士，怎么看待2015年基因测序市场大热这一现实的。 ▌第一篇：基
2. 用于处理新一代测序技术数据的软件和标准各种新一代测序仪的飞速发展面临着一个极其重要的问题，那就是生物信息学问题，这些问题包括序列质量评分（sequence quality scoring）问题、序列比对问题、序列组装问题、数据发布问题等。下面将逐个进行讨论。2.1 序列质量问题目前，序列质量评
在世界的许多地区，如南非、东南亚，并非如美国、欧洲等地区有严格的食物供应监管，因此这些地区有高达80%的肝癌是由黄曲酶毒素导致。黄曲霉这种真菌经常长在玉米、花生和其他农作物中，这些地区的主要食物较容易滋生黄曲霉。 MIT的研究人员开发的一种方法，可以通过肝细胞DNA测序来确定这些细胞是否暴露于
感染病分子诊断中，PCR是公认的首选技术。然而全基因组测序（WGS）可能会超越PCR成为首选。在今年举行的欧洲临床微生物学和感染病大会（ECCMID）上，关于该技术的科学研究展示数量迅速增长，正好证明了这一点。 大会上研究人员从多个方面探讨了WGS在临床中的应用，包括帮助预测耐药性，促进流感疫
新一代超高通量基因组测序系统 GS FLX开创科研无限新可能GS FLX系统是由罗氏454生命科学公司推出的目前应用最广的超高通量基因组测序系统，研究人员利用高准确性、长读长的GS FLX系统快速的获得高质量的生物数据，取得科研突破性进展。自GS系统问世以来，于世界顶级杂志共发表250余篇高质量
利用核苷酸交换和剪切技术进行DNA碎裂和定向进化 实验材料 T4 DNA 连接
3.5 片段纯化经酶解和化学裂解得到的基因片段（见 10.3.3 ) 即可通过硅胶树脂直接从切割反应液中纯化（见 10.3. 5.1)，也可通过制备型尿素变性聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化（见 10.3.5.2) 。最初我们认为如想得到特定大小的片段必须通过凝胶电泳来纯化，以确保在重组装反应中没有较长片段甚
MARSALA方法示意图 2015年12月28日，美国科学院院刊(Proceedings of the National Academy of Sciences USA，PNAS)在线发表了北京大学谢晓亮、乔杰、汤富酬团队的最新研究成果。该项研究在国际上首次建立了一种全新的植入前胚胎遗传学诊断
2015年12月28日，美国科学院院刊(Proceedings of the National Academy of Sciences USA，PNAS)在线发表了北京大学谢晓亮、乔杰、汤富酬团队的最新研究成果。该项研究在国际上首次建立了一种全新的植入前胚胎遗传学诊断方法MARSALA (mut
五月十八日，美国安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、赛智生物网络（Sage Bionetworks）、分布式DREAM 团体(Dialog for Reverse Engineering Assessment and Methods)和加州大学圣克鲁兹分校的癌症研究人员，在《Nature M
随着人类基因组计划（human genome project ）在2003年顺利完成，基因组测序技术取得了长足的进步，这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊，这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以
随着人类基因组计划（human genome project ）在2003年顺利完成，基因组测序技术取得了长足的进步，这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊，这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以
3.6 纯化片段的定量为了分析和比较纯化得到的 DNA 的产量，我们首先使用 SYBR Greenn 试剂来定量。因为 NExT DNA 混编方法的重复率很髙，我们只定量一次即可（见注 16 )。通常我们都能获得浓度为 40~60 ng/μl 的 DNA 片段。( 1 ) 取 2 μl 纯化的 DN
新一代非基于“桑格技术”的基因测序法以空前的快速测序速度问世了，它为人类带来了重大的科学成果和先进的生物学应用软件。然而，要研发出新一代基因测序法，必须克服30年来以桑格技术为基础的惯性思维。 1977年，Fred Sanger 和Alan R. Coulson发表了两篇关于快速测序技
最新的新一代测序仪操作只需一个人，24小时内可产生与几百台桑格毛细管测序仪同样多的序列数据。此外，样品中DNA损伤与常温贮藏的状态以及新一代测序误差等因素往往超过了序列变异，因此很难确定样品来源于现代人类还是古穴人。相比较而言，断言长毛象的某一特定顺序是来源于古代标本，而不是现代污染物更容易，因为现
1.1.3.2 模板制备程序完全的体外大规模模板制备工作是达成高通量、低价格测序技术的前提。已广泛使用的乳液PCR扩增技术就是一种很好的方法。不过，由于很难在热循环测序反应中保证乳液微滴的稳定性，因此最开始实验的模板扩增方法是恒温扩增法（isothermal）。乳液PCR不需要借助细菌的帮助就能扩增
2.454企业: Roche推出时间: 2005年主流型号: Genome Sequencer FLX Titanium（2008年推出）样品要求: 5 μg of DNA，浓度≥300 ng/μL测序原理：焦磷酸测序在测序时，使用了一种叫做“Pico TiterPlate”（PTP）的平板，它
吸烟及空气污染是目前全球面临的两个主要公共健康问题，均可引起人体基因组突变而导致疾病发生。全球每年有182万新发肺癌病例，死于肺癌者达159万人。85%的肺癌是由吸烟所引起，空气污染则每年引起22万新发肺癌病例。为揭示肺癌发生的机理，研究人员往往利用癌旁正常肺组织作为对照，剖析肺癌基因组发生的异
在去年圣诞节期间的加拿大落基山脉冰攀之旅中，两位来自华盛顿大学的年轻研究人员：Michael Schmitt和Jesse Salk突发奇想，谈到了一个简单但功能强大，可用于检测癌细胞，获得更好结果的新方法――如果他们能降低DNA测序中的错误率，那么就可以更好的检测出这些细胞中的变异，这种改进
编者按：近日，10X Genomics公司在短短四天内接连宣布与业内大型公司QIAGEN，Illumina和Agilent达成合作伙伴关系。这几家公司不约而同地看中了该公司的GemCode平台技术。 在去年的摩根健康大会上以黑马之姿出现在公众视野的10X Genomics公司（以下简称10X
自从Alpha Go成了围棋界的No.1，“智能”的潜力被广而周知，尤其对于大量的重复性工作，写个“算法”让电脑“跑”，得出的结果说不定比人强。 科学家不仅有足够大的脑洞，还有着非凡的执行力。这次是生物学者，他们借鉴了信息学科的思维，发明了基因测序的新方法。日前，一篇名为《基于信息理论来修正
自从Alpha Go成了围棋界的No.1，“智能”的潜力被广而周知，尤其对于大量的重复性工作，写个“算法”让电脑“跑”，得出的结果说不定比人强。 科学家不仅有足够大的脑洞，还有着非凡的执行力。这次是生物学者，他们借鉴了信息学科的思维，发明了基因测序的新方法。日前，一篇名为《基于信息理论来修正
边合成边测序：SNA（454，Ion Torrent）与CRT不同的是，SNA方法依赖于单信号标记dNTP来对链进行延伸。四种核糖核酸都必须反复添加到测序反应过程中。不仅如此，SNA不需要将dNTP屏蔽，因为测序反应过程中下一个碱基的缺失会阻止链的延伸。碱基的寡聚体则是一个例外，在这种情况下，信号的
日前公布的2012年度深圳市科学技术奖拟奖名单上，奖金高达100万元的“市长奖”拟颁给一个37岁的年轻人;去年底，英国《自然》杂志评选出2012年科学界年度十大人物，他又是唯一入选的中国人。这个年轻人，就是华大基因研究院院长王俊。 他所在的深圳华大基因，没有享受到任何财政拨款，却坐上了《自
美国著名科普杂志《科学家》（The Scientist）是一份在生命科学方面被广大读者认可，并受业界尊敬的月刊杂志。该杂志一直致力于研究生命科学，为科研人员提供最新的研究动态，科研成果发布等多方面的报道。每年年底，该杂志都会颁发生命科学相关的十大创新产品奖项。 近日，《科学家》公布了其评选的2
2014年10月14日，北京生命科学研究所（NIBS）、北京大学生命科学学院、北京大学第一医院、北大-清华生命科学中心等处的研究人员在国际学术期刊《Cell Research》以“Postzygotic single-nucleotide mosaicisms in whole-genome s