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（2）输出：除了以文本形式外，还可以通过JalView显示和编辑结果。此外，还可以另外使用GeneDoc（常见于文献）及DNAStar软件等显示结果。多序列比对的结果还用于进一步绘制进化树。3、ORF(Open Reading Frame)分析从核酸序列翻译得到蛋白质序列，需要进行ORF分析，每个生物信息学分析软件包几乎都带有翻译功能。推荐使用NCBI的ORF Finder（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html）软件或EMBOSS中的 getorf（http://bioinfo.pbi.nrc.ca:8090/EMBOSS/）软件。ORF Finder 以图形方式，分为正链+1、＋2、＋3和反链＋1、＋2、＋3六个相位预测ORF；Getorf可指定预测ORF的长度下限和指定预测正反链。进行ORF 分析虽然比较简单，但应注意以下几点：（1）序列的准确性：尤其是通过计算机拼接的序列，需......阅读全文
一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质，基因规定了组成蛋白质的氨基酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成，但是，它们只有折叠成特定的空间构象才能具有相应的活性和相应的生物学功能。了解蛋白质的空间结构不仅有利于认识蛋白质的功能，也有利于认识蛋白质是如何执行其功能的。确定蛋白质的结构对于生物
【实验目的】1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析；3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素 (adiponectin)
【实验目的】 1、掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2、熟悉蛋白质基本性质分析； 3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测； 4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】 1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素（ad
相关专题随着ncbi 数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。那么NCBI数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。一 综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology
实验概要类CPP基因家族(CPP-like gene family)属于一类成员数目较少的基因家族，该基因家族成员编码的蛋白质序列含有一到两个富含半耽氨酸的结构域，即CXC结构域。该基因家族在植物和动物中广泛存在，但是没有在酵母中发现。为了解CPP-like基因家族在植物中的进化规律，本研究
蛋白质结构预测的生物学意义生物信息学研究的一个主要目标是了解蛋白质序列与三维结构的关系，但是序列与结构之间的关系是非常复杂的。人们已经掌握了一些蛋白质序列与二级结构之间的关系，但是对于蛋白质序列与空间结构之间的关系了解得比较少。预测蛋白质的二级结构只是预测折叠蛋白的三维形状的第一步。一些结构不是很规
实验概要本实验分别从拟南芥、水稻和杨树基因组中鉴定出了11, 14和11个TLP基因。通过系统进化树分析了这三个植物物种中TLP基因的进化关系。通过分析TLP基因的染色体位置分析了在三个物种中的基因重复扩张的模式。利用针对进化距离的相关分析对F-box和TUB结构域的协同进化规律进行了分析。
一蛋白质数据库 1.UniProt (The Universal Protein Resource) 网址：http://www.uniprot.org/ http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞
蛋白质序列分析和结构预测实验 实验步骤 1. &n
分析其实也属于技术的一部分，且在蛋白质组学研究中显得尤为重要，因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的，而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性，因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。
在过去的几年中，许多生物的基因组完成了测序工作，如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用，正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具，已经成为21世纪分子生物学家的必修课。随着大规模EST和cDNA序列信息的获取，那些基于表达序列同
5、构建目标蛋白质的环区：在第2步的序列比对中，可能加入空位，这些区域常常对应于二级结构元素之间的环区，对于环区需要另外建立模型。一般也是采用经验性方法，从已知结构的蛋白质中寻找一个最优的环区，拷贝其结构数据。如果找不到相应的环区，则需要用其它方法。6、优化模型：通过上述过程为目标蛋白质U建立了一个
实验步骤 1. 人脂联素蛋白质序列的检索（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez）；（2）在Search后的选择栏中选择protein；（3）在输入栏输入homo sapiens adipone
人工神经网络是一种复杂的信息处理模型。随着神经网络研究的兴起，科学家们也将神经网络用于生物信息学，其中包括二级结构的预测、蛋白质结构的分类、折叠方式的预测以及基因序列的分析等等。将神经网络用于二级结构预测的最早是由Qian和Sejnowskit提出的，他们受到神经网络在文字语言处理方面应用的启发，将
实验步骤1. 人脂联素蛋白质序列的检索（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez）；（2）在Search后的选择栏中选择protein；（3）在输入栏输入homo sapiens adiponec
实验步骤 一、材料 所有化学试剂均为分子生物学级纯度。所用塑料和玻璃制品，包括瓶子和移液器吸头均经高压蒸气灭菌。涉及核酸的操作均需带手套。 1.总 RNA提取 （1）无 RNase 水。加 I mL 焦 炭 酸 二 乙
8 标记探针的合成9 Northern 印迹（1）10X MOPS 缓冲液： 200 mmol/L MOPS， 50 mmol/L 乙酸納， 10 mmol/L EDT A , pH 7. 0。（2）I. 25% 甲醛变性胶：将 3.75 g 琼脂糖溶于 217 m L 双蒸水中，加 E B 至
材料许多生物是疾病研究或探索使细胞和机体应对和存活于不同刺激下的分子适应机制的优良模型。 cDNA 文库的构建和随后目的基因的筛选可促使研究者发现在调节和响应某些外部特定环境压力中有重要作用，而在其他体系中可能不表达或者不存在的新基因。确定这些新基因的可读框，进一步分析其编码蛋白质的功能可以开创全新
线索化模型产生的背景及发展上面已经提到，两个自然进化的蛋白质如果具有30%的等同序列，则它们是同源的蛋白质，具有基本相同的三维结构。那么，其余的是否就不是同源的呢？实际并非如此。在最新的蛋白质数据库PDB中，有上千对蛋白质具有同源的空间结构，但它们的序列等同部分小于25%，即远程同源。许多结构相似的
计算方法一直在蛋白质设计中发挥重要作用。本工作主要集中在搜索蛋白质序列空间，以找到一条或数条与已知结构和功能相容的蛋白质序列。在期望的功能和结构限制下，概率性计算方法为所容许的氨基酸变化范围提供信息。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。实验步骤蛋白质设计中的概
蛋白组学分析软件 StartFragmentProtParam 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，适用于蛋白质序列的物理-化学参数（氨基酸、原子组成，等电点，消光系数等） MultiIdent 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，适用于通过等电点、分子量、氨基酸组成、序列标签、肽指
在生命科学研究工作中有一个重要问题，就是发现、鉴定蛋白质并弄清楚它们的一级结构。知道了蛋白质的氨基酸序列信息，我们就可以通过遗传密码将其与编码序列对应起来，从原则上来说，也就将细胞的生理学与遗传学联系起来了。发现、鉴定出了一个蛋白质就好像给我们打开了一扇窗，透过这个窗口，我们就能够对复杂的细胞调控网
实验概要本研究利用生物信息学资源和工具，对双子叶和单子叶模式生物拟南芥和水稻中的SBP-box基因家族进行了比较分析。利用两个物种的SBP-box基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树。在系统发生树的末端节点上鉴定出12对旁系同源基因。利用非同义替换率与同义替换率(KalKs)分析了同源基因分离之后所
质谱分析法是蛋白质研究领域和生物大分子研究领域中最重要的分析技术。由于我们对蛋白质鉴定、定量和分析的要求越来越高，希望检测技术的灵敏度也越来越高，同时能够对更为复杂的样品进行分析处理，因此推动了质谱检测技术的发展，出现了一大批新兴的质谱分析方法和仪器。本文将对近几年质谱技术的发展以及质谱技术在蛋白质
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略 实验步骤 蛋白
实验步骤 蛋白质设计中的概率性方法是提供在一个特定的蛋白质结构中对某氨基酸（出现）在一指定位点的概率估计。这里，我们讨论几种估计这些概率的方法并将重点放在直接解出这些概率的基于熵的自洽公式。2.1 关联序列的比对蛋白质结构的序列可变性可用序列和结构数据库来探讨。已知折叠为非常相似结构的序列可以从蛋白
第一次结合两种新兴的大规模实验技术：多通道质谱分析法和具有高水平自然遗传多样性的小鼠种群，哈佛医学院(HMS)和Jackson实验室(JAX)的研究人员解决了生物学和医学中一个悬而未决的问题：遗传变异是如何影响蛋白质水平的？ 蛋白质是构成所有细胞和生物结构与功能“零件表”的氨基酸链。因此，了解
质谱分析法是蛋白质研究领域和生物大分子研究领域中最重要的分析技术。由于我们对蛋白质鉴定、定量和分析的要求越来越高，希望检测技术的灵敏度也越来越高，同时能够对更为复杂的样品进行分析处理，因此推动了质谱检测技术的发展，出现了一大批新兴的质谱分析方法和仪器。本文将对近几年质谱技术的发展以及质
【分子伴侣】 1978 年,Laskey 在进行组蛋白和DNA 在体外生理离子强度实验时发现,必须要有一种细胞核内的酸性蛋白———核质素(nucleoplasmin) 存在时,二者才能组装成核小体,否则就发生沉淀。据此Laskey 称它为“分子伴侣”。分子伴侣是指能够结合和稳定另外一种蛋白质的
常用生物软件（windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0