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微生物测序会忽视一些重要信息

基因组测序应该能够揭示一个有机体的整个遗传组成。对于传染病专家来说,可以用这种技术来分析一种致病菌,以确定它能造成多大危害,以及它是否具有抗生素耐药性。但是,美国洛克菲勒大学的一项最新研究表明,目前的测序技术会忽视掉一些重要的信息:浮动在细菌染色体(细胞遗传物质的核心)外的DNA分离碎片。相关研究结果发表在2014年6月25日的《PLOS ONE》杂志。 本文资深作者、细菌致病机理和免疫学实验室负责人Vincent Fischetti指出:“目前已经在各种各样的病原微生物中开展了染色体DNA的广泛测序,但是这些序列没有发现存在于细胞质中的DNA元件。因此,所得到的致病菌DNA图谱就可能不完整。现在,我们想出了一种方法来鉴定这些元件。” 染色体外的DNA,包括细菌感染的病毒(被称为噬菌体),以及自我复制的DNA链(称为质粒),经常是从其他细菌感染。这些噬菌体和质粒可以很容易地在细菌细胞之间移动,因此一段时间来,科学家们认为......阅读全文

年终盘点:2016年国内不容错过的重磅生物研究

  时间总是过得很快,2016年马上就要过去了,迎接我们的将是崭新的2017年,2016年,我国有很多优秀科研机构的科学家们都做出了意义重大、影响深远的研究成果,发表在国际顶级期刊上。本文中小编盘点了2016年我国科学家发表的一些重磅级研究,以饕读者。   --结构生物学 --  1.清华大学 施一

2019年,中国“大农业”里那些高科技

   今年,我国“大农业”科研领域又诞生了诸多令人惊奇的发现,每一条都与我们息息相关。它们涵盖了观赏农业、林业、作物、医学等各个领域,包括睡莲、玉米、硅藻等进展。为了展现这些成就,本报特此就我国农业科学家今年发表的大部分重要论文进行梳理,以飨读者。野生玉米大刍草、SK、现代玉米自交系ZHENG58的

国家基因库:揭秘中国“诺亚方舟”

   ■本报记者 张文静 赵广立  在深圳东南部大鹏新区的观音山脚下,矗立着一座依山而建的白色建筑,建筑呈阶梯状向上攀延,从建筑的高处望去,对面是茂密的青山,远处能看见海。在这平静的外表下,建筑内庞大的高通量基因测序房、超级计算房以及冷冻资源房等正在日以继夜地运转着,它们负责存储和管理着我国特有的遗

国家基因库:揭秘中国“诺亚方舟”

在深圳东南部大鹏新区的观音山脚下,矗立着一座依山而建的白色建筑,建筑呈阶梯状向上攀延,从建筑的高处望去,对面是茂密的青山,远处能看见海。在这平静的外表下,建筑内庞大的高通量基因测序房、超级计算房以及冷冻资源房等正在日以继夜地运转着,它们负责存储和管理着我国特有的遗传资源、生物信息和基因数据。这

年度巨献:2017年Science杂志重磅级突破性研究成果

  时光总是匆匆而逝,12月份已经开始,2017年也已接近尾声,迎接我们的将是崭新的2018年,2017年三大国际著名杂志Cell、Nature和Science(CNS)依旧刊登了很多突破性耐人寻味的研究,本文中小编首先对2017年Science杂志发表的重磅级亮点研究进行盘点,分享给大家!与各位一

常用的分子生物学基本技术

核酸分子杂交技术由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性,它已成为分子生物学中最常用的基本技术,被广泛应用于基因克隆的筛选,酶切图谱的制作,基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下(适宜的温室度及离子强度等)可按碱基互补原成双链。杂交的

一文读懂分子诊断技术、PCR技术、基因测序技术

  分子诊断技术是指以DNA和RNA为诊断材料,用分子生物学技术通过检测基因的存在、缺陷或表达异常,从而对人体状态和疾病作出诊断的技术。其基本原理是检测DNA或RNA的结构是否变化、量的多少及表达功能是否异常,以确定受检者有无基因水平的异常变化,对疾病的预防、预测、诊断、治疗和预后具有重要意义。通俗

Natureasia聚焦:CRISPR/Cas研究进展Top20

  CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种后天免疫系统,其以消灭外来的质体或者噬菌体并在自身基因组中留下外来基因片段作为“记忆”。  CRISPR/Cas系统全名为常间回文重复序列丛集/常间回文重复序列丛集关联蛋白系统(clustered regularly inte

盘点:分子诊断常用技术50年的沿革与进步

  一、基于分子杂交的分子诊断技术  上世纪60年代至80年代是分子杂交技术发展最为迅猛的20年,由于当时尚无法对样本中靶基因进行人为扩增,人们只能通过已知基因序列的探针对靶序列进行捕获检测。其中液相和固相杂交基础理论、探针固定包被技术与cDNA探针人工合成的出现,为基于分子杂交的体外诊断方法进行了

一文读懂分子诊断常用技术

  分子诊断技术是指以DNA和RNA为诊断材料,用分子生物学技术通过检测基因的存在、缺陷或表达异常,从而对人体状态和疾病作出诊断的技术。其基本原理是检测DNA或RNA的结构是否变化、量的多少及表达功能是否异常,以确定受检者有无基因水平的异常变化,对疾病的预防、预测、诊断、治疗和预后具有重要意义。通俗

【盘点】单细胞测序研究进展一览

  细胞是生物学的基本单位,近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术,该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降,破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始

盘点:Nature杂志5月亮点研究速览

  【1】合成生物学:一个用来控制转基因生物的内置毁灭开关  Nature Communications DOI:10.1038/ncomms7989  Nature Communications在线发表的一篇论文介绍了一个基于CRISPR的内置器件,它设计用来专门破坏转基因生物的特定DNA序列。控

分子生物学常用实验技术(page 2)

一、RNA 制备   模板mRNA 的质量直接影响到cDNA 合成的效率。由于mRNA 分子的结构特点,容易受RNA 酶的攻击反应而降解,加上RNA 酶极为稳定且广泛存在,因而在提取过程中要严格防止RNA 酶的污染,并设法抑制其活性,这是本实验成败的关键。所有的组织中均存在RNA 酶,人

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

分子杂交技术(一)

一、概述  前面已经介绍了核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交

分子杂交技术(一)

一、概述  前面已经介绍了核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交

分子杂交

一、杂交通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交可在DNA与DNA、RNA与RNA或RNA与DNA的

基因梦工厂里那些年轻人:没上大学就做研究

  世界总会让年轻人占领。   曾经和乔布斯一起演讲的小天才Thomas Suarez今年还在读初中,现在他在名叫MakerBot的机器人创业公司研究3D打印机。而出生于1997年的邹奇奇,8岁出版了12万字故事集《飞扬的手指》轰动美国,2013年登上TED时她已有“女权主义者”标签和赢得诺贝

基因检测行业调研(包含企业梳理、行业监管)

  一、基因检测公司梳理  目前全国涉及基因检测概念的公司有200余家,按照业务范围划分,这些公司可以分为:①最上游的基因检测仪器开发企业(测序仪、芯片扫描仪、PCR设备),②提供样本处理试剂和耗材的中上游企业(建库试剂盒、检测试剂盒、工具酶、基因芯片),③提供第三方基因检测服务的中游企业

基因测序未来研究方向

研究人员对基因测序数据的需求越来越大。Eric Green、Edward Rubin和Maynard Olson三位科学家对未来40年基因测序技术的应用进行了展望。四十年前,也就是1997年前,两篇论文首次报道了确定DNA片段中化学碱基顺序的简易方法。在此之前,分子生物学家们只能检测DNA片段,而不

2019年3月Cell期刊不得不看的亮点研究

  2019年3月份即将结束了,3月份Cell期刊又有哪些亮点研究值得学习呢?小编对此进行了整理,与各位分享。  1.Cell:迄今为止最大规模人体微生物组研究揭示出数千种新型微生物物种  doi:10.1016/j.cell.2019.01.001  在一项新的研究中,来自意大利特兰托大学计算宏基

测序污染有多危险,如何防范与去除?

  一些研究表明,目前已经公布的基因组存在多种污染,随着这个问题越来越突出,我们需要找出方法来应对  Supratim Mukherjee在进行数据分析的时候,发现数以百计的微生物基因组中会重复出现同一种噬菌体序列,这令他感到很惊讶。这位来自劳伦斯伯克利国家实验室的生物信息学家最开始是为了比对这些微

NGS检测试剂生产应获得《医疗器械生产许可证》

  为加强第二代测序技术检测试剂的规范和指导,进一步保证和提高相关产品的质量,8月8日,中国食品药品检定研究院(中检院)组织制定了《第二代测序技术检测试剂质量评价通用技术指导原则》(下称《指导原则》)。  该文件是中检院发布的首个质量评价技术指导原则,旨在对产品设计、研发及验证的各关键环节进行规范,

中检院发布二代测序试剂质量评价通用原则

  一.前言  本指导原则主要针对第二代测序(next generation sequencing,NGS)技术检测试剂(以下简称“NGS检测试剂”)产品质量提出指导性要求,涉及基本原则、主要原材料、检测流程及性能评价等方面。  本指导原则是对企业和检验人员的指导性文件,但不包括注册审批所涉及的行政

新一代测序将如何改变法医基因组学

  Bruce Budowle博士是北德克萨斯大学健康科学中心(UNTHSC)应用遗传学研究所的执行主任。自2009年成立以来,该研究所集中了一大批致力于完善遗传学方法的知名科学家,以增强几个研究领域,包括法医DNA。在UNTHSC的法医科学项目(全美只有14个)

Nature 表观遗传学进展将遗传学、环境与疾病联系了起来!

  21世纪,表观遗传学的研究得到了快速发展,同时其产生了让研究人员感兴趣和憧憬的东西,当然了,这其中也存在一些大肆宣传的成分,本文中,我们回顾了表观遗传学在过去几十年里是如何演变的,同时分析了近年来改变科学家们对生物学理解的一些研究进展;我们讨论了表观遗传学和DNA序列改变之间的相互作用,以及表观

粪便检验及进展

  粪便是由未消化的食物、经消化后未吸收的食物残渣与消化系统分泌物、消化道粘膜脱落物以及微生物、寄生虫等组成的混合物。进行粪检验可以获得被检者消化系统功能、病理变化以及微生物和寄生虫感染等广泛的信息,具体来说,进行粪检验,一可以了解消化道及通向消化道的肝、胆胰等器官是否有梗阻、炎症和出血等

Nature:回顾人类基因组计划的25年

   25年前,人类基因组计划启动了,时至今日,它所提供的经验仍旧指引着由它开启的,以团队协作为基础的科学研究。  1989年,人类基因组计划启动前,纽约冷泉港实验室举行的的班伯里会议。弗朗西斯·柯林斯与詹姆斯·沃森位于前排。  25年前,新落成的美国国家人类基因组研究中心(即现在的国立人类基因组研

解密“全球最大测序机构”华大基因

  在深圳,背靠盐田青翠的北山,有这样的一家基因测序机构,基因测序规模在全球达到最大。  它是华大基因。有人说它会是下一个华为,下一个腾讯。  它的员工平均年龄不到27岁,每个月平均却有3份学术论文登上“CNNS(即《Cell(细胞)》、《Nature(自然)》、《NEJM(新英格兰医学杂志)》、《

2017年5月CRISPR/Cas亮点盘点

  基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一,受到人们的高度重视。CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称,Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的,是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。