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数据分析介绍(II)Cytoscape

本期为大家介绍一个开放源码的生物资讯软件 –Cytoscape,它可以建构可视化的分子交互作用网络,并可将已有的基因表达信息(gene expression profiles) 整合进此网络中,轻易观察分子间 (蛋白质—蛋白质 或 蛋白质—DNA…) 的关联性。Cytoscape 是 Institute for Systems Biology (Leroy Hood 实验室)、加州大学圣地亚哥分校 (Trey Ideker 实验室)、加州大学旧金山分校 (Bruce Conklin 实验室)、Memorial_Sloan-Kettering 癌症研究中心 (Chris Sander 实验室)、Pasteur 研究院 (Benno Schwikowski 实验室) 等研究单位共同合作开发的一个开放源码的生物信息分析软件。Cytoscape 的核心即是网络 (图一),每个节点 (node) 是基因、蛋白质......阅读全文

常用生物软件(windows)全面介绍

常用生物软件(windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0

流式细胞仪原理及及其在植物上的应用和选用

摘要:随着科技水平的不断深入,科研设备的不断更新,国家对科研投入的不断增多,植物检测技术也得到了进一步的发展。流式细胞仪植物检测技术是近几年在我国刚刚兴起的一项新技术,对许多植物科技工作者来说还比较陌生。本文用比较通俗的语言介绍了进行流式细胞仪分析所必须的基本概念、发展历史、工作原理、知名品牌、常见

流式细胞仪原理及及其在植物上的应用和选用

摘要:随着科技水平的不断深入,科研设备的不断更新,国家对科研投入的不断增多,植物检测技术也得到了进一步的发展。流式细胞仪植物检测技术是近几年在我国刚刚兴起的一项新技术,对许多植物科技工作者来说还比较陌生。本文用比较通俗的语言介绍了进行流式细胞仪分析所必须的基本概念、发展历史、工作原理、知名品牌、常见

安捷伦2016年度新品发布季暨创新技术研讨会在京召开

  2016年6月24日,安捷伦科技(以下简称:安捷伦)2016年度新品发布季暨创新技术研讨会(北京站)召开,吸引了120余位新老用户到场参加。技术研讨会上,安捷伦的多位资深专家分别为用户带来了 InfinityLab 产品系列介绍、二维液相技术进展

光电化学——第二部分:实验与数据分析

目的本应用报告是Gamry光电化学系列报告中的第二部分。*部分主要介绍光谱方面的重要术语和参数等基本概念。描述光电化学实验装置,介绍Gamry光谱设备。第二部分讨论在Gamry Framework软件中进行光谱实验,介绍各参数的含义,如何用Echem Analyst进行数据分析,以具体实验为例来阐述

流式细胞仪的概念、发展历史和主要品牌

1 流式细胞仪的概念及其发展历史1.1 流式细胞仪的基本概念 流式细胞仪(flow cytonletry,FCM)是对高速直线流动的细胞或生物微粒进行快速定量测定和分析的仪器,主要包括样品的液流技术、细胞的计数和分选技术,计算机对数据的采集和分析技术等。流式细胞仪以流式细胞术为理论基础,是流体力学、

编程菜鸟的理想基因组分析平台

  近年来基因组测序技术出现了迅猛的发展,测序通量在不断地提高,而测序成本在持续下降。然而,海量测序数据的产生也给数据分析带来了不小的挑战。  对于那些毫无编程背景的生物学研究者来说,衔接多个生物信息学工具是一件相当头疼的事情。加州大学、Broad研究所和斯坦福大学的研究团队日前在Nature Me

赛默飞重推移动检测解决方案 定制化快速筛选

  2014年9月24日,赛默飞世尔科技亮相于上海新国际博览中心召开的2014慕尼黑上海分析生化展,隆重推出了赛默飞移动检测解决方案并召开新闻发布会,赛默飞中国

【综述】2016年新一代测序技术

  新一代测序几乎影响了生物学领域的每一个角落,科学家们用这一技术测序基因组、评估遗传学变异、定量基因表达、研究表观遗传学调控和探索微观生命。新一代测序市场如今异常繁荣,但开发者们并没有停下自己的脚步。在最近的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上,各大公司纷纷推出了自己的新产品。这些创新旨在推动新

FCM对外周白细胞的免疫荧光分析

外周血是临床检验中的重要标本。FCM分析外周白细胞的主要目的是了解各种白细胞的数目与分群情况。这些数字的变化与临床的某些疾病有一定的关系。近年来,由于多种识别白细胞膜表面抗原的单克隆抗体的发现,以及对这些单克隆抗体的直接或间接荧光标记物的出现,使得利用FCM的荧光组织化学分析获得被测细胞的多指标的更

FCM对外周白细胞的免疫荧光分析

外周血是临床检验中的重要标本。FCM分析外周白细胞的主要目的是了解各种白细胞的数目与分群情况。这些数字的变化与临床的某些疾病有一定的关系。近年来,由于多种识别白细胞膜表面抗原的单克隆抗体的发现,以及对这些单克隆抗体的直接或间接荧光标记物的出现,使得利用FCM的荧光组织化学分析获得被测细胞的多指标的更

赛默飞2016表面分析应用交流会:全方位呈现技术进展

  分析测试百科网讯 2016年4月22-26日,2016全国表面分析应用技术学术交流会在古都西安召开。交流会由全国微束分析标准化技术委员会表面分析分技术委员会、中国科学院化学研究所、北京师范大学、北京化工大学、广东省表面分析专业

安捷伦:用创新的产品应用和流程解决客户痛点

  分析测试百科网讯 2018年ASMS在加州圣地亚哥举办,同在加州位于硅谷中心的安捷伦科技,本次ASMS带来的主题是:Innovation with purpose (有的放矢,创新超越)。会场上,分析测试百科网采访了安捷伦副总裁兼质谱事业部总经理Monty Benefiel先生和安捷伦全球公关总

2010全国质谱大会大会报告(四)

中国科学院大连化学物理研究所 许国旺研究员   来自中国科学院大连化学物理研究所的许国旺研究员做了题为“液相色谱-质谱用于代谢标志物的发现和鉴定”的报告。许老师提出,现在是一个组学的时代,代谢组学作为最主要的组学之一,目前在疾病研究、药物研发及职务和微生物等领域均得到重视。   代谢组学是研

HPLC 2015:安捷伦现场研讨会召开

  分析测试百科网讯 2015年9月22日,值第43届国际HPLC及相关技术学术会议在京召开之际,安捷伦科技携最新液相色谱产品及技术亮相本届大会,除了展会期间口头报告环节分享的液相色谱最新前沿科技,还举办了午餐研讨会,与100余位到场嘉宾探讨液相色谱发展方向。参观展台时

应用末端截切、进化、再延长技术提高酶稳定性

应用末端截切、进化、再延长技术提高酶稳定性的方法             实验材料 质粒

2015CNHUPO生物质谱高级研讨会成功举办

  2015年1月22日,“2015CNHUPO生物质谱高级研讨会”在北京文津国际酒店隆重召开。此次活动以“蛋白定量”为主题,旨在积极促进我国生物质谱技术的发展和应用,加强国内外相关研究领域的专家学者之间的交流与合作。特邀Dr. Mike MacCo

2019:RoHS 2.0最后期限引发的限制物质检测新热点

  分析测试百科网讯 随着RoHS 2.0的发布和执行,电气电子产品中新增了四种邻苯二甲酸酯——DEHP、BBP、DBP、DIBP管控物质的限制检测。工信部发布的《电器电子产品有害物质限制使用管理办法》也预示着中国RoHS 2.0的诞生,随即陆续发布了《电器电子产品有害物质限制使用达标管理目录(第一

CPSA 2015 大会报告集锦(一)

  2015年4月15-18日,第六届中国上海化学与药物结构分析会议(CPSA Shanghai 2015)在上海浦东淳大万丽酒店召开。本届会议的主题是“连接点:分享科学跨学科有助于项目的进展”。本届会议吸引到来自国际知名药企、跨国大制药公司、中国CRO、生物医药研究所和高校的高

聚焦临床药物研发到监管 CPSA 2017在沪召开

   分析测试百科网讯 2017年4月13日,第八届化学和药物结构分析上海年会(CPSA 2017)在上海淳大万丽酒店召开。本届会议围绕“从发现到监管批准的临床和药物成功:生物标记、建模和分析技术”这一主题,邀请国内外知名科学家就药代动力学、生物分析、临床药物相互交流与探讨,吸引了来自国际知名药企、

12家厂商斩获22项2019年第一季Antop奖 哪款仪器你最心水?

  分析测试百科网讯 自ANTOP 奖项成立以来,越来越多的仪器厂商参与其中,竞相申报ANTOP奖。2019年第一季Antop奖也已落下帷幕,共申报奖项50余个,经过大众评审的票选及专家评审严格审核,最终12个企业,22个申报奖项获得了2019年第一季ANTOP奖。厂商奖项名称获奖主体岛津世界卓越的

Qtrap 5500:生物标志物确证分析的最佳技术平台

  2010年5月15日~17日,在云南丽江召开的蛋白质组数据处理暨第三届全国生物质谱学术交流会上, AB SCIEX公司于15日中午举办了新技术推广&午餐招待会。来自AB SCIEX公司质谱市场产品经理刘麟先生,向大家介绍了AB公司Qtrap 5500在蛋白质组学定量分析中的新技

质谱沙龙2012年报告交流会报道

  2012年12月23日质谱沙龙2012年报告交流会即第三十七期质谱沙龙活动在首都医科大学附属北京朝阳医院报告厅如期举行。来自北京朝阳医院、北京大学人民医院、空军总医院、北医三院、北京安贞医院、北京大学、北京师范大学、军事医学科学院、AB SCIEX公司、北京艾米

沃特世:同中国科学家深度合作共促糖组学创新

  分析测试百科网讯 如果说基因是生命的起点,那么糖蛋白的表现很大程度上就是研究生命功能的终点。人类蛋白中有50%以上都发生了糖基化的修饰,在病理和生理过程中糖蛋白发挥了至关重要的作用,在生物制药中最亮眼的单抗药100%都是糖蛋白药物。对糖蛋白和糖蛋白质组学的研究是贯穿生物制药、疾病与临床研究生生不

贝克曼生物制药技术论坛 2010年亚洲行活动成功举办

美国普渡大学生物物理实验室主任 John Burgner博士   来自美国普渡大学生物物理实验室主任John Burgner博士在报告中主要介绍了分析超速离心技术(Analytical ultracentrifugation)作为生物制品表征中最重要的工具之一,在生物制药工业中的具体应用。

表达谱基因芯片实验

表达谱基因芯片可应用于:(1)疾病诊断;(2)新药开发;(3)环境保护。实验方法原理按照预定位置固定在固相载体上很小面积内的千万个核酸分子所组成的微点阵阵列。在一定条件下,载体上的核酸分子可以与来自样品的序列互补的核酸片段杂交。如果把样品中的核酸片段进行标记,在专用的芯片阅读仪上就可以检测到杂交信号

多重序列比对及系统发生树的构建实验

实验方法原理在现代分子进化研究中,根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断,将揭示出有关生物进化过程的顺序,有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。实验步骤一、用CLUSTALX软件对已知DNA序列做多序列比对。操作步骤:1.  以FAS

集中空调通风系统检测仪器如何选择

  近年来,办公室、写字楼、商场和宾馆都已较普遍地采用了集中空调通风系统。统计发现,20世纪90年代后建成的写字楼、饭店、商厦玻璃窗都是封闭的,可开启的窗户没有了。换气通风均靠空调系统,如果空调系统的新风量不符合卫生标准要求,很难保证室内空气质量,极易引起人群发生军团病、过敏性疾病等。由于有些使用集

多重序列比对及系统发生树的构建实验

            实验方法原理 在现代分子进化研究中,根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断,将揭示出有关生物进化过程的顺序,有助于我们了解生物进

Science杂志最受关注的文章(4月)

  美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办,是国际上著名的自然科学综合类学术期刊,与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论,许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的,比如艾滋病与人类免疫缺陷病毒之间的