Science:宏基因组学测序技术

宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来,对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individual specie)为对象获得的研究成果。大约在10年前,科研人员们开始获得自然环境中存在的、非人工培养的细菌或古细菌(archaea)的基因组草图,这些基因组数据为科研人员们了解这些微生物在自然环境中的作用打开了一条新的渠道。这就是所谓的宏基因组学(metagenomics)技术,该技术的发展现在已经可以做到从多个不同的环境样本中快速、准确地获得环境微生物的基因组序列。这些成果有可能会彻底颠覆我们对生命之树结构,以及各个物种代谢能力的理解和认识。生物信息学的飞速发展也提供了另外一种便利,由于能够全面了解遗传信息和数据,所以能够快速......阅读全文

表达基因的克隆策略与分离表达基因序列的技术方法

人类基因组计划的主要任务之一就是要从大片段基因组区域或整条染色体DNA 上鉴定出基因表达序列(gene expressed sequences)或转录单位(transcription units)。在人类基因组30亿个碱基对中,发生转录的表达序列(即基因)仅占总序列的3~5%。基因组中绝大部

DNA微序列技术

·         Protocols for Making Drosophila Arrays (Stanford U.)Detailed protocol for making arrays including PCR Amplification of cDNAs for Printing, 

DNA-序列分析技术

试剂、试剂盒 琼脂糖TE 水饱和酚无水乙醇70%乙醇TEMED测序酶溴化乙锭仪器、耗材 电泳仪离心管离心机冰浴箱恒温板DNA 测序仪

DNA序列测定技术

DNA序列测定技术序列测定的技术和策略Sanger双脱氧链终止法Maxam-Gilbert DNA化学降解法测序策略  目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的

DNA-序列分析技术

            实验方法原理 本节描述运用Perkin-Elmer 公司的373 和377 型全自动DNA 测序仪进行双链DNA 测序的方法。热循环测序反应使用 Applied Biosystems Inc.的DyeDeoy TM Terminator

DNA序列测定技术

DNA序列测定技术序列测定的技术和策略Sanger双脱氧链终止法Maxam-Gilbert DNA化学降解法测序策略目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的若干

DNA-序列分析技术

DNA序列分析技术可用于:(1)分析物种的遗传多样性;(2)鉴定新的物种;(3)用于比较基因组学。实验方法原理本节描述运用Perkin-Elmer 公司的373 和377 型全自动DNA 测序仪进行双链DNA 测序的方法。热循环测序反应使用 Applied Biosystems Inc.的DyeDe

重叠基因的调控序列

①在5′端转录起始点上游约20~30个核苷酸的地方,有TATA框(TATA box)。TATA框是一个短的核苷酸序列,其碱基顺序为TATAATAAT。TATA框是启动子中的一个顺序,它是RNA聚合酶的重要的接触点,它能够使酶准确地识别转录的起始点并开始转录。当TATA框中的碱基顺序有所改变时,mRN

DNA序列分析技术1

物种的遗传多样性在本质上是DNA 一级序列的多样性。近年来,随着DNA 测序技术的迅速发展和日益普及,DNA 测序在遗传多样性的研究中正在起着越来越大的作用。本章将介绍目前在遗传多样性研究中常用的一种手动和一种全自动双链DNA 测序方法。1.DNA 模板的制备在遗传多样性的研究中,由于样本量一般都较

DNA序列分析技术2

3)电泳电极缓冲液 1 倍TBE(pH 值8.0)预电泳 30 分钟至1 小时恒温方式 测序胶板上夹盖铝恒温板电泳温度 50℃左右电泳条件 恒功率 90~110W电泳时间 2.5 小时至5 小时4)干胶制备和压片电泳结束后取下胶板,用工具撬开玻璃板,使胶留在其中一块板上。将裁剪好的新华3 号滤纸在胶

基因序列仪的分类介绍

根据电泳类型分为平板型电泳和毛细管电泳两类: 1. 平板型电泳:平板型电泳的凝胶灌制在两块玻璃板中,聚合后厚度一般小于0.4mm或更薄,因此又称为超薄片层凝胶电泳。是经典的电泳技术,具有样品判读序列长(600-900bp)、一块凝胶板上可同时进行多个样品测序的优点。 2. 毛细管电泳:将凝胶高

什么是基因的核心序列?

中文名称核心序列英文名称core sequence定  义重复序列共有的核苷酸序列。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

功能基因cDNA序列的分析

(一) cDNA序列的测定一.原理DNA 序列测定技术,目前主要是根据Sanger 等提出的酶法和Maxam和Gilber 提出的化学降解法,这两种方法的原理大致相同。这里主要介绍Sanger 的酶法——双脱氧链终止法。双脱氧链终止法是Sanger 等人于1977 年建立起来的。它是利用了2'

新技术90分钟完成全基因组序列分析

  美国国家儿童医院(Nationwide Children's Hospital)的研发人员最近在Genome Biology上发布了一个自主开发的分析软件,表示这个软件使寻找全基因组致病变异从几周缩短到按几十个小时。  第一个人类基因组测序完成耗时大约13年,耗费30亿美元,而现在技术测序技术的

基因组序列草图的概念

中文名称基因组序列草图英文名称draft genome sequence定  义已测定序列占到90%以上、测序精度在1%的基因组序列图。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)

解析现代月季基因组序列

科学家研究现代月季基因。图片来源:monticelloshop.org 近日,法国农业科学研究院、里昂大学、法国国家科学研究中心的研究人员解密了现代月季的基因组序列。现代月季拥有独特的颜色与香味,广受称赞,这项研究帮助人们从分子角度了解这背后的基因和代谢流程。4月30日,相关论文在线刊登于《自然

什么是基因的间插序列?

中文名称间插序列英文名称intervening sequence;IVS定  义基因间或基因内的非编码序列。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

割裂基因的调控序列种类介绍

  ①在5′端转录起始点上游约20~30个核苷酸的地方,有TATA框(TATA box)。 TATA框是一个短的核苷酸序列,其碱基顺序为TATAATAAT。TATA框是启动子中的一个顺序,它是RNA聚合酶的重要的接触点,它能够使酶准确地识别转录的起始点并开始转录。当TATA框中的碱基顺序有所改变时,

两斤DNA装下“全世界”-现代数据存储技术瞄准基因序列

  对于Nick Goldman来说,在DNA中编码数据的想法始于一个笑话。或许最多10年之后,没有人会再相信磁带储存。图片来源:Wes Fernandes  那是2011年2月16日,Glodman和一些生物信息学领域的朋友在德国汉堡聊天,话题是他们如何才能储存全世界涌来的基因组序列和其他数据洪流

无需PCR,这项技术半小时就能获得新冠病毒基因序列

   当前,针对新型冠状病毒的主要检测技术有免疫、PCR和高通量测序(NGS)三类,其中免疫和PCR方法是一种定向检测,可以对病毒进行筛查,适合对患者标本中是否存在病毒进行诊断。图片来源于网络  高通量测序作为一种全面的基因组检测技术,虽然它可以有效防止病毒变异产生的漏检,但因实验流程耗时长,操作繁

核酸序列扩增法的技术特点

中文名称核酸序列扩增法英文名称nucleic acid sequence-based amplification;NASBA定  义一种在等温系统中扩增核酸的方法。即利用T7RNA聚合酶仅在结合核酸上相应位点时才能起作用的特点,将结合位点序列与靶序列相连,然后产生靶分子的RNA拷贝,形成反转录和RN

依赖核酸序列的扩增技术叙述

  国内外的研究结果均表明,草莓组织中富含多糖等物质,分离优质核酸较困难,核酸巾的杂质影响taq DNA聚合酶的活性,从而影响PCR技术在草莓病毒检测中的应用。为了提高利用PCR技术草莓病毒检测的稳定性,国内外的学者在草莓核酸提取方法做了较多的研究,利用OIAGEN公司生产的植物RNA提取试剂盒(P

依赖核酸序列的扩增技术检测

  1 核酸提取  NASBA 方法的核酸提取可按照常规的RNA提取方法进行,根据实际需要可以采取不同的方法。  2 核酸扩增  将纯化的RNA 加到标准的NASBA 反应体系中后,先在65 ℃条件下作用5 min 去除RNA 的二级结构,然后在恒温的42 ℃条件下开始扩增反应。  3 产物的检测 

依赖核酸序列的扩增技术简述

  该技术的检测反应有赖于AMV逆转录酶、噬菌体T7RNA多聚酶、核糖核酸酶H、两种特别设计的特异性寡核苷酸引物和分子信标探针共同协作而完成。  NASBA全称是nucleic acid sequence-based amplification,即依赖核酸序列的扩增技术。 依赖核酸序列的扩增技术,是

依赖核酸序列的扩增技术相关

  NASBA的简要过程如下:1.RNA模板链进入反应混合物后,第一个引物首先与模板链的3'端结束。2. 反转录酶,合成反义的补偿的DNA链。3. RNA 酶H(一种核糖核酸内切酶,能够特异性地水解杂交到DNA链上的RNA磷酸二酯键,分解RNA/DNA杂交体系中的RNA链,但不能消化单链或双

DNA序列测定的技术和策略

目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸,每组寡核苷酸都有固定的起点,但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱

核酸序列的扩增技术优势

  相对于免疫学方法或其他基因检测法,NASBA在试验的快速、敏感性、特异性方面有更多的优势。  特异性强:NASBA是一种快速、等温的RNA扩增技术,通过AMV逆转录酶和T7 RNA聚合酶进行的扩增反应,因为反应条件温和以及比PCR短的反应时间,因此转录更加忠实于模板,错配率很低,因而特异性更强。

依赖核酸序列的扩增技术解析

1.概述:依赖核酸序列的扩增(Nucleic acid sequence-basedamplification,NASBA),又称自主序列复制系统(self-sustainedsequence replication,3SR)或再生长序列复制技术。1990年Guatelli等首先报道了这一技术.NA

Genome-Biology:新技术90分钟完成全基因组序列分析

  美国国家儿童医院(Nationwide Children's Hospital)的研发人员最近在Genome Biology上发布了一个自主开发的分析软件,表示这个软件使寻找全基因组致病变异从几周缩短到按几十个小时。   第一个人类基因组测序完成耗时大约13年,耗费30亿美元,而现在技术测序

3000株水稻基因序列公开发表

  近日,3000株水稻基因组测序文章在GigaScience正式发表,且整套水稻基因序列以可引用形式在该杂志的附属开放获取数据库GigaDB中公开。  该项目产生的数据是目前已公开水稻序列数据量的四倍。该成果标志着3000株水稻基因组项目第一阶段的完成,主要由中国农业科学院、国际水稻研究