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手持基因测序仪问世仅手机大小

康涅狄格州立大学的研究人员通过使用一种比手机还要小的手持测序仪,对自然界中已知的最复杂基因的RNA进行了测序。 当一个DNA链穿过纳米孔测序仪MinION时,MinION可以“看见”五个核苷酸。五个核苷酸一组会生成一个特征电流,使MinION可以连续读出DNA编码。 如果说DNA是生命模板,那么RNA就是建筑承包商。RNA测序可以帮助人们解读细胞之中到底发生了什么。 康涅狄格州立大学系统基因组学研究所的基因学家Brenton Graveley、其同事博士后Mohan Bolisetty和研究生Gopinath Rajadinakaran与英国牛津纳米孔技术公司宣称,该公司的MinION测序仪可以更快更好地对基因进行测序,并且成本远低于现在普遍使用的技术。他们在9月30日的《基因组生物学》杂志发表论文,介绍了他们的测序技术。 如果你的基因是一个图书馆,每个基因是一本书,那么有一些基因是可以直接读取的——但是有些基因更......阅读全文

王建斌/黄岩谊合作组比较液滴超高通量单细胞RNA测序

  自2009年汤富酬研究员首次报道其开创性工作【1】以来,单细胞RNA测序技术已经逐渐成为生物医学研究的重要方法,其在发育生物学和干细胞领域展现出强大的应用前景。随着单细胞转录组扩增方法的不断优化,以及测序通量的持续提升,研究人员已经不再满足于几十甚至几百个单细胞所提供的信息量。2015年以来,一

lncRNA表达与RNA的延伸

LncRNA的火热研究已经有几年的时间了,关于lncRNA总归是有说不完的话题。目前对lncRNA的基础分析都已形成了一定的模式。然后,今年来lncRNA的相关文章依然如雨后春笋。  长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RN

基因数据分析的主流软件

在过去的几年中,许多生物的基因组完成了测序工作,如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用,正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具,已经成为21世纪分子生物学家的必修课。随着大规模EST和cDNA序列信息的获取,那些基于表达序列同

万元全基因组测序在望 全新分析平台登场

今年早期,ABI公司应用SOLiD 3系统领先的寡核苷酸连接和检测技术对人类基因组进行了测序,费用低于6万美元。这台新仪器的技术改进使更高的样品和数据通量成为可能,从而有望进一步降低基因组测序的费用。例如,更廉价的基因组数据有望加速疾病关联和生物标志物的发现,从而改善诊断和疾病处理,支持与个人最佳治

LncRNA:从“转录噪声”到科研高地的逆袭

  2002年日本学者Okazaki在对小鼠cDNA文库进行测序时,第一次发现并鉴定了一类较长的转录产物,并将其命名为长链非编码RNA,也就是我们所知的LncRNA。然而在这种非编码RNA被发现后的很长时间里,由于它不参与蛋白质的编码,当时认为不具有生物学功能,科学家们都普遍认为lncRNA仅仅是基

神经生物学领域最新研究进展

  本期为大家带来的是神经生物学领域最近的研究进展,希望读者朋友们能够喜欢。  1. Nature:新研究首次揭示抑制年龄相关的神经活动增加竟可延长寿命  doi:10.1038/s41586-019-1647-8.  在一项针对线虫、小鼠和人类的研究中,来自美国哈佛医学院的研究人员发现在整个动物界

Science杂志最受关注的文章(4月)

  美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办,是国际上著名的自然科学综合类学术期刊,与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论,许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的,比如艾滋病与人类免疫缺陷病毒之间的

世界防治结核病日 梳理肺结核诊断方法进展

  今年3月24日是第22个世界防治结核病日,今年的结核病日的宣传主题是“社会共同努力,消除结核危害”。世界上三分之一的人口被认为感染上结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB),即导致肺结核(TB)的细菌,但是只有一小部分人会患上有症状的疾病。即便他们当中只有10

Nature子刊:最大、最精确的RNA编辑位点列表

  由布朗大学领导的一个研究小组编译出了一份最大型、经最严格验证的果蝇RNA编辑位点列表。该研究生成了关于这一模式生物基础生物学的一些新见解,研究结果发表在9月29日的《自然结构和分子生物学》(Nature Structural & Molecular Biology)杂志上。   这

PCR技术(六):PCR技术应用进展

PCR技术自1985年建立以来,发展之迅速、应用之广泛,表明其具有强大的生命力.近些年来,基于PCR的基本原理,许多学者充分发挥创造性思维,对PCR技术进行研究和改进,使PCR技术得到了进上步地完善,并在此基础上派生出了许多新的用途. 原位PCR技术  原位PCR就是在组织细胞里进行PCR

PCR技术应用进展

   PCR技术自1985年建立以来,发展之迅速、应用之广泛,表明其具有强大的生命力.近些年来,基于PCR的基本原理,许多学者充分发挥创造性思维,对PCR技术进行研究和改进,使PCR技术得到了进上步地完善,并在此基础上派生出了许多新的用途. 原位PCR技术  原位PCR就是在组织

60万美元买来的仪器3年过气怎么办?看你会不会改造

过时的基因组测序仪不一定非得淘汰不用,研究人员可以稍加改造,让它们在下一代生物化学研究中发挥余热。  在斯坦福大学的一个地下储藏室里,十几台DNA测序仪被拆解开来,价值数十万美元的摄像头、激光器以及光学和流体控制器散落在地,它们都来自名为GAIIx的Illumina第二代DNA测序仪。地板上,一台旧

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

分子杂交技术(一)

一、概述  前面已经介绍了核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交

分子杂交

一、杂交通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交可在DNA与DNA、RNA与RNA或RNA与DNA的

分子杂交技术(一)

一、概述  前面已经介绍了核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交

甲基化领域重要研究成果解读!

  本文中,小编整理了近年来科学家们在甲基化研究领域取得的重要研究成果,与大家一起学习!  【1】Science:重大进展!揭示DNA甲基化增强基因转录机制  doi:10.1126/science.aar7854  DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能够在不

HindIII和Bamh1酶切位点保护碱基的详解

用于基因工程的工具酶一,限制性内切酶(Endonucleosase)(一)限制性内切酶(Endonucleosase)的发现与分类1) 50年代初发现细菌能将外来DNA片段在某些专一位点上切断,从而保证其不为外来噬菌体所感染,而其自身的染色体DNA由于被一种特殊的酶所修饰而得以保护,这种现象叫做限制

表达基因的克隆策略与分离表达基因序列的技术方法

人类基因组计划的主要任务之一就是要从大片段基因组区域或整条染色体DNA 上鉴定出基因表达序列(gene expressed sequences)或转录单位(transcription units)。在人类基因组30亿个碱基对中,发生转录的表达序列(即基因)仅占总序列的3~5%。基因组中绝大部

诱导JNK组合促进胃癌发生研究进展分析

  胃癌是恶性肿瘤最常见的类型之一,是全球第二大癌症相关死亡原因。由于早期胃癌具有非特异度症状,患者往往晚期才能确诊。临床数据表明,晚期胃癌患者术后5年生存率仅为30%-40%,而早期胃癌则为70%-90%。因此,早期诊治是提高患者5年生存率和改善患者预后的重要途径。目前,胃癌的诊断依赖于内镜、病理

RNA干扰实验技术介绍

  通过生化和遗传学研究表明,RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effector steps)。在起始阶段,加入的小分子RNA被切割为21-23核苷酸长的小分子干扰RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。证据表明;一个称为Dicer

盘点:实现HIV快速检测的10大创新性技术

  日前,国际杂志Scientific Reports上刊登的一篇研究报告中,来自伦敦帝国理工学院的研究者们通过研究开发出了一种HIV的新型检测技术,研究者表示,他们开发出了在U盘中检测HIV的新设备,该设备利用一滴血就能够检测HIV的存在,随后研究者们利用电脑和手提设备对设备产生的电信号进行读取,

随机RNA文库的SELEX筛选实验

实验方法原理 SELEX 技术是一种利用随机寡核苷酸(DNA 或 RNA)文库筛选靶分子的特异性配基的组合化学技术。最常用的是随机 RNA 文库,因为 RNA 分子中除 G-C、A-U 碱基对以外,还有 G-U 等变偶碱基对的存在,可以形成发夹、假结、凸环、G-四聚体等多种空间结 构,它

随机RNA文库的SELEX筛选实验

            实验方法原理 SELEX 技术是一种利用随机寡核苷酸(DNA 或 RNA)文库筛选靶分子的特异性配基的组合化学技术。最常用的是随机 RNA 文库,因为 RNA 分子中除 G-C、

随机RNA文库的SELEX筛选实验

随机RNA文库的SELEX筛选实验可用于:(1)体外诊断;(2)体内治疗等。实验方法原理SELEX 技术是一种利用随机寡核苷酸(DNA 或 RNA)文库筛选靶分子的特异性配基的组合化学技术。最常用的是随机 RNA 文库,因为 RNA 分子中除 G-C、A-U 碱基对以外,还有 G-U 等变偶碱基对的

张锋等四位权威专家评定!2018 十大发明!

  随着大数据、全基因组测序等越来越“大”的手段被利用到研究中,我们在看待研究上好像也站在越来越“大”的视角上。  这次让我们把视角缩小到一个细胞上,看看下面这些帮助研究者“撬开”细胞,研究更细微的核酸与蛋白质的“神兵利器”们,它们是由 The Scientists Magazine 评选出的 20

专访赛默飞:Ion S5和Ion S5XL系统,未来一切皆有可能

  测序技术的发展经历了很长的时间,下一代测序(NGS)技术的发展彻底地改变了人类基因组测序的方式。自实现第一个人类基因组测序以来(项目前后耗时十年时间,投入30亿美元),随着技术的发展,测序所需的费用和时间大幅度降低,NGS的发展为临床诊断开启了新的窗口。  北美时间9月1日,赛默飞发布了两款最新

Nature子刊:突破性测序技术绘制甲基化图谱

  通过一种新的DNA测序技术,研究人员首次绘制了致病菌全基因组甲基化标记图谱。通过比较相关菌株之间的甲基化模式,他们发现了称作噬菌体的病毒感染细菌显著改变宿主的一种方式。   布莱根妇女医院(Brigham and Women"s Hospital)、霍华德休斯医学研究所研究员Matthew K

2020年CRISPR/Cas最新研究进展

  基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一,受到人们的高度重视。CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称,Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的,是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。图片