NatureMethods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature Methods杂志发布了一个名为TruSPADES的强大工具，可以大大提升研究者们测序宏基因组的能力。这种算法能将Illumina测序仪生成的300bp短读取，合并成大约1万bp的基因组片段（Synthetic Long Reads）。如果说用短读取相当于语句，那么长片段就是整章文字。显而易见，把整章文字还原成一本书要容易得多。 TruSPADES主要是先给100-300bp的短读取装上条码，然后通过de brujin 图把这些片段组装起来，生成Synthetic Long Reads。这种低成本的方法可以更好的确定相连片段，获得更......阅读全文
高通量测序技术-核酸片段分选
近年来，高通量测序技术已经日渐成为基因组学研究项目的标准。从样品制备到文库制备及最终测序，大多步骤都要求精确高效化、易于自动化操作，并且许多高通量测序应用都要求核酸片段在特定范围内紧密分布，因此精准快速的进行片段选择步骤更具挑战性。在进行核酸片段分选的过程中，传统的琼脂糖凝胶回收法不适于安全、高通量
解码“基因组学之父”桑格：测序，测序，测序
“桑格当之无愧地被称为‘基因组学之父’，他的工作为人类读取和理解基因代码奠定了基础，彻底变革了生物学并极大促进了当今的医学发展。”、 有一天，65岁的英国生物化学家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的试验，转身走出实验室，宣布自己正式退休。那一年是1983
Science：宏基因组学测序技术
宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来，对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individua
长读测序技术发现蚂蚁重大基因
蚂蚁是一种新兴的神经表观遗传学模型系统，迄今为止，虽然许多研究团队已经对各种蚂蚁进行了基因组测序，但这些测序结果并不能帮助科学家对表观遗传基因调控的复杂性进行分析。 美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院表观遗传学研究所埃米莉·希尔兹等研究人员，使用第三代长读测序技术，极大地改进了蚂蚁的基因组测序，
长读长测序技术：拯救基因组组装项目
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
DNA测序的测序技术
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（Next-generation sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以
《Nature Genetics》长读长测序鉴定隐藏变异
鉴定生命基因组中的复杂突变一直都很困难。加州大学欧文分校（University of California -Irvine）生态学和进化生物学副教授J.J. Emerson的研究团队最近在《Nature Genetics》发表文章，他们开发了一款基因分析方法，能以前所未有的分辨率水平识别复杂突
大片段DNA测序(>50KB)
大片段DNA的测序: 通过鸟枪法 (Shot Gun Sequencing) 测序 鸟枪法测序的操作方法1. 用限制酶切下目的片段的大片段Insert DNA, 并用Agarose凝胶电泳进行回收。2. 对回收的大片段DNA用物理方法 (如超声波等) 进行切断处理，然后用T4 DNA Polymer
DNA测序技术的测序规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。在可以区分长度仅差一个核苷酸
DNA测序技术的测序原理
化学修饰法测序原理化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物