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中科院北京基因组研究所的胡松年研究员和浙江大学医学院附属二院的胡讯教授合作研究的项目“细菌Phenylobacterium zucineum全基因组测序及分析”取得阶段性成果，相关论文发表在今年第9期的BMC Genomics上。 P.zucineum是合作方从K562细胞系中分离到的兼性细菌。系统分类学上，该细菌属于Phenylobacterium。早期研究者发现Phenylobacterium属细菌可以把苯丙氨酸(phenylalanine)作为唯一碳源，故将该细菌属命名为Phenylobacterium。P.zucineum基因组含有苯丙氨酸代谢通路的所有关键基因，这为Phenylobacterium属细菌利用苯丙氨酸提供了遗传依据。P.zucineum能在细胞外自由生长，又能在体外培养的细胞系中长期生存，具有强大的环境适应能力。P.zucineum基因组编码大量的细胞外周sigma作用因子，转录调节蛋白，双相信号传递蛋......阅读全文
“北京雾霾中有耐药细菌！”最近几天笼罩雾霾的北京市民又一次这条朋友圈的消息震惊了！ “耐药细菌”不就是俗称的“超级细菌”吗？这项来自瑞典哥德堡大学的研究成果，论文标题为“The structure and diversity of human， animal and environmental
日前，《柳叶刀—感染性疾病》杂志在线发表了中科院微生物所朱宝利等对多粘菌素耐药基因mcr-1的比较基因组分析文章。研究指出，mcr-1基因或已通过食物链传播到中国健康人的肠道细菌中，亟须引起关注。 “由于多粘菌素对多种耐药细菌治疗的有效性，它被认为是对抗耐药细菌的‘最后防线’。”该文章第一作
中科院微生物所朱宝利课题组在细菌耐药基因组学研究中的最新进展，研究首次以基因组学大数据为依托，深入解析了耐药基因在细菌间的传播网络和规律，对深入认识细菌耐药性的进化、细菌耐药的形成机制等具有重要意义。成果近日在线发表于《应用与环境微生物学》，并将于第82卷22期以“封面故事”形式发表。副研究员
青霉素对许多致病菌不起作用了;结核病常规特效药对相当数量的病人失效了;青蒿素在非洲也遇到了耐药…… 日前，中科院生物物理所等单位在《自然—基因组学》上发表了揭示结核分枝杆菌耐药性的文章;与此同时，中科院武汉病毒所在《艾滋病免疫综合征》上发表了关于HIV基因进化与传播耐药研究的
青霉素对许多致病菌不起作用了;结核病常规特效药对相当数量的病人失效了;青蒿素在非洲也遇到了耐药…… 日前，中科院生物物理所等单位在《自然—基因组学》上发表了揭示结核分枝杆菌耐药性的文章;与此同时，中科院武汉病毒所在《艾滋病免疫综合征》上发表了关于HIV基因进化与传播耐药研究的重要进展;而中
抗生素自发明以来被广泛使用，曾经被认为是可以治愈任何细菌感染的灵丹妙药。然而，由于多种因素的影响，21世纪以来细菌抗生素抗性（耐药性）问题日益突出，导致抗菌药物治疗失效时有发生，因此抗生素抗性基因被认定为新兴污染物。细菌抗生素抗性虽然是环境中的自然现象，但随着环境中抗生素、重金属和杀菌剂等浓度升
细菌的耐药基因是自然环境中新出现的一种潜在威胁。细菌获得耐药基因，将损坏抗生素治疗的效果。同时，耐药基因可通过水平基因转移（HGT）从一种细菌转移到另一种细菌。但是，目前水环境中耐药基因与细菌之间的相关关系尚不清楚。 中国科学院武汉植物园水生植物与流域生态重点实验室环境基因组学学科组张卫红等在
细菌的耐药基因是自然环境中新出现的一种潜在威胁。细菌获得耐药基因，将损坏抗生素治疗的效果。同时，耐药基因可通过水平基因转移（HGT）从一种细菌转移到另一种细菌。但是，目前水环境中耐药基因与细菌之间的相关关系尚不清楚。 中国科学院武汉植物园水生植物与流域生态重点实验室环境基因组学学科组张卫红等在
近日，中科院微生物所朱宝利课题组在细菌耐药基因组学研究领域取得进展。该研究首次以基因组学大数据为依托，解析了耐药基因在细菌间的传播网络和规律，对深入认识细菌耐药性的进化、细菌耐药的形成机制等具有重要意义。相关成果已在线发表于《应用与环境微生物学》，并将以“封面故事”形式发表。 近年来，随着“
近日，中科院南海海洋所研究员王友绍团队在南海北部首次发现浮游细菌的基因转移因子。相关成果发表在《公共科学图书馆·综合》上。 基因转移因子广泛存在于海洋细菌基因组上，可传递抗光合基因、固碳基因和硫还原基因等。目前，对海洋细菌基因转移因子研究尚处于起步阶段。 基因转移因子是一种由细菌释放的、形态
CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种后天免疫系统，其以消灭外来的质体或者噬菌体并在自身基因组中留下外来基因片段作为“记忆”。 CRISPR/Cas系统全名为常间回文重复序列丛集/常间回文重复序列丛集关联蛋白系统(clustered regularly inte
在4月21日的《自然实验手册》（Nature Protocols）杂志上，清华大学的朱听（Ting Zhu）研究员与博士生姜文君（Wenjun Jiang）撰文，详细介绍了利用一种叫做Cas9辅助靶向染色体片段（CATCH）的方法，靶向分离及克隆100kb微生物基因组序列的优化实验方案。 朱听
2016年，美国克利夫兰医学中心预言《2017十大医疗创新科技》，其中利用微生物组预防、诊断和治疗疾病领域高居榜首，这表明全球已掀起微生物研究的新热潮且取得瞩目成绩，同时在市场潜力与应用前景方面，微生物组学将焕发无限生机。 我们知道，所有机体包括人在内都与微生物是共生体，人体身上有超过1
由于脂肪烃生物燃料具有高能量密度、低吸湿性和低挥发性，且与现有发动机和运输设施相兼容等优点，已经成为传统石化液体燃料的最佳替代品之一。基于蓝细菌作为光合能源微生物体系的优势，通过蓝细菌高效定向生物合成脂肪烃，实现单一生物体内直接利用太阳能和二氧化碳高效制备新型优质生物液体燃料具有
从环境宏基因组中挖掘功能基因通常有两条技术路线，一条是建立克隆文库后直接用筛选压力筛选阳性克隆，一条是通过设计引物，从宏基因组中克隆目标基因，然后进行功能研究。近日，中科院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心研究员李小方团队发展了第三条技术路线，实现了规模化、回避筛选压力的功能宏基因组路线，并
作为抗生素的老大哥，青霉素最近很忧愁：“2017年11月29日，四川高中的罗地朋因为感染超级细菌MRSA而昏迷十多天，甚至我的下属们——万古霉素、替考拉宁等出击也收效甚微。” 虽然抗生素的队伍在不断扩大，但是威风大减。老大哥青霉素回忆起来： “1928年我被发现的时候，可以说是一个打
从环境宏基因组中挖掘功能基因通常有两条技术路线，一条是建立克隆文库后直接用筛选压力筛选阳性克隆，一条是通过设计引物，从宏基因组中克隆目标基因，然后进行功能研究。近日，李小方研究员团队发展了第三条技术路线，实现了规模化、回避筛选压力的功能宏基因组路线，并用于了金属硫蛋白基因的高通量挖掘。该研究以“
基因转移因子（Gene Transfer Agent, GTA）广泛存在于海洋细菌基因组上，可传递抗光合基因、固碳基因和硫还原基因等，对海洋细菌GTA研究尚处于起步阶段。近日获悉，中国科学院南海海洋研究所王友绍团队在南海北部首次发现浮游细菌的GTA，相关成果发表在Plos One (2014,
静脉注射噬菌体后的 48 个小时之内，加州大学圣地亚哥医学院教授托马斯·帕特森缓缓睁开了眼睛。由于细菌感染，他已经昏迷了两个月。他从枕头上抬起头来，认出了自己的女儿并吻了吻她的手。很快，帕特森的血压开始稳定，白血球计数也开始下降。 噬菌体正通过他的血管，抵达他被感染的脏器，然后，干掉那些差点杀
世界首例转基因“低乳糖奶牛”在内蒙古农业大学诞生 听到“开个微博或微信公号来讲讲转基因”这样的提议，一些科学家脸色一黯。 在他们看来，这种做法对于普通的科学问题或许有效，但要是谈转基因，恐怕处境难堪。 这种疑虑也许会在2016年有所改变。1月出台的中央1号文件提出，对农业转基因技术“在确保
生物过滤（如生物砂滤、炭滤）能有效降低浊度、COD、氨氮等而被广泛应用于饮用水处理，然而，近年的研究发现生物滤池及出水中普遍存在高丰度、高多样性的抗性细菌、基因，这无疑会增加饮用水的生物安全风险。一般认为，选择压力（如抗生素、重金属、消毒剂等）是环境抗性菌维持的基础。高选择压力下，敏感菌群受抑制
基因修饰动物是研究在发育和疾病中基因功能的重要工具。CRISPR/Cas9系统有效的应用于构建基因敲除和敲入小鼠。而杨辉团队正好专注于该领域。 杨辉，30岁时，就成为中科院上海生科院神经所研究员；2015年，入选国家“青年千人计划”；2019年，杨辉博士获得国家杰出青年基金资助。 由杨辉创办
近日来自中国科技大学、华中科技大学和台湾国立清华大学的研究人员联合发表了题为“Escherichia coli noncoding RNAs can affect gene expression and physiology of Caenorhabditis elegans”的论文，证
如果歌手Paul Simon给Richard Lenski长期进化实验（LTEE）中的细菌写首歌，那歌名可以是“这么多年以后仍然在改变。” 发表在8月1日《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，这位密歇根州立大学的著名微生物学和分子遗传学教授与一个国际研究小组，利用先进的技术研究了数万代的
基因组的遗传信息得以表达，首先需要RNA polymerase (RNAP)以DNA为模板合成RNA。基因转录不仅是基因表达第一步，还是基因表达的主要调控步骤。对RNAP分子机器结构、运行机理以及调控机制的研究能够回答基因表达调控的基础生物学问题。在转录起始阶段，细菌的RNAP与转录起始σ因子形
随着工业化及城市化的快速发展，土壤及水体等环境中的重金属污染日趋严重。重金属污染可以诱导细菌对重金属和抗生素等的抗性，这些抗性微生物大多具有潜在的致病性，甚至可能成为“超级细菌”从而危害人类健康。尽管工农业污染地等寡营养环境并不利于病原菌的繁殖和传播，但在被阿米巴等原生动物捕食后，一些病原菌能在
臭虫是半翅目臭虫科昆虫，吸食人和温血动物的血液。世界性分布，昼伏夜出，成虫能耐饥一年以上，可以在一个相当广泛的温度和环境里存活（零下32度到零上40度）。作家倪匡曾经在其文学作品中这样描写过臭虫的生命力之顽强：“人的生命力，和臭虫简直无法相比。” 臭虫已经困扰人类至少三千年的时间，二战后，由于
随着城市化和高强度集约化农业的发展，人类正以前所未有的速度和规模改变着微生物的全球迁徙和分布。9月15日，《科学》杂志刊登了中科院城市环境研究所及国际合作者的一篇论文，系统阐述了微生物通过人与动物、污水及其他物质的流通在全球范围的迁徙及其环境与生态效应。 文章指出，污水的处理促进了微生物和微生
人体肠道中栖息着种类繁多的微生物，其数量超过人体自身细胞的10倍以上。这些微生物的基因组中(microbiome)蕴含大量的遗传信息，被称为是“人体的第二个基因组(the second genome of human body)”。人体肠道微生物对人体肠道内营养物质的代谢、人体自身的发育
梭菌(Clostridium)是一类与人类关系非常密切的细菌。其中既有许多致病菌，如产生外毒素的破伤风梭菌和肉毒梭菌等；也有一些具有重要工业应用价值或潜力的梭菌，如丙酮丁醇梭菌和热纤梭菌等。 基因失活或基因删除是细菌功能基因组学研究的基本手段。近年来，基于乳酸乳球菌II型内含子剪切机制开发