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华大基因再发PNAS文章

作为基因组测序领域的排头兵,近期深圳华大基因研究院与中科院系统,以及韩国,美国等处的科学家合作,发表了题为“Insights into salt tolerance from the genome of Thellungiella salsuginea(《小盐芥基因组研究揭示其耐逆奥妙》)”的文章,完成了小盐芥(Thellungiella salsuginea)全基因组测序,相关成果公布在《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志上。 文章的通讯作者包括华大基因王俊研究员,中科院遗传与发育生物学研究所谢旗、王秀杰、陈受宜、储成才研究员,还有美国普渡大学朱健康教授。其他研究人员包括华大研究院总监王军一,美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校的Han Bohnert教授等。 盐对作物的生长和产量性状具有重要影响。据估计,全球有1/3的灌溉地的盐度不适合农作物的生长,这篇文章聚焦的小盐芥是典型的盐土植物,具有耐寒......阅读全文

DNA甲基化与拟南芥的免疫力

  DNA甲基化有助于拟南芥的免疫力,它动态调控了某些基因的表达,让植物能够抵御细菌感染。近日,一篇在线发表于《PNAS》上的文章阐述了以上研究成果。   美国加州索尔克生物学研究所(Salk Institute for Biological Studies)的研究人员利用MethylC测序鉴

中科院PNAS发表测序新成果

  来自中国科学院遗传与发育生物学研究所、深圳湖大基因研究所、美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校和美国普渡大学的研究人员联合发表了题为 “Insights into salt tolerance from the genome of Thellungiella salsuginea”的论文,解

遗传发育所等解析盐芥全基因组序列

  盐芥是十字花科盐芥属的一种盐生植物,与双子叶植物研究中所常用的模式植物拟南芥亲缘关系较近。盐芥具有作为模式植物的一系列良好特征,如个体较小、生活周期短、自花授粉、种子量大、基因组较小,而且易于转化。最重要的是,盐芥具有对高盐、干旱和低温等非生物胁迫极高的耐受能力,这使其成为研究植物耐受非生物胁迫

盘点近期最热门的基因组测序成果

  The scientist杂志对近期最热门的一些基因组测序成果进行了盘点,包括碎米荠、远东豹、中国甘草、光肩星天牛和黑花蝇。  种属:碎米荠(Cardamine hirsuta)  基因组大小:1亿9800万个碱基对  上个月(10月31日),欧洲的研究人员在《Nature Plants》上发表

Nature发布大型全基因组RNA分析研究

  由来自宾夕法尼亚州立大学的化学家和植物生物学家领导的一个研究小组开发出了一种分子技术,将有助于科学团体以从前不可能达到的规模,来分析在基因表达调控中起重要作用的分子。   科学家们开发出了一种方法,能够更精确预测在活细胞内核糖核酸分子(RNAs)的折叠情况,由此阐明植物以及其他的活体生物对环境

cDNA宏阵列方法分离拟南芥的臭氧应答基因实验(二)

11.用 mRNA 纯 化 试 剂 盒(Amersham Biosciences, Piscataway, NJ) 将 Poly.(A )+ RNA从总R N A 中分离出来(见注释5)。####(2) c D N A 文 库 的 构 建1.取1. 5 〜7. 5 μg poly (A )<

cDNA宏阵列方法分离拟南芥的臭氧应答基因实验

实验步骤 ##一、 cDNA 宏阵列的样品制备培养基: I : 2 (V7 V ) Gamborg B5 培 养 基(GibcoBRL, Rockville, MD), I : 1000(V /V ) Hyponex肥 料(Hypon

调控玉米性状 可变剪接“火”起来

  可变剪接,这个早在上世纪就被提出的概念,在近几年的研究中,又“火”了起来。科学家们发现,可变剪接不仅丰富蛋白质组多样性,还在生物体内起着重要的调控作用。  可变剪接是什么?这项研究有了什么新发现?是怎样得出来的?实验中的难点是什么?对之后的研究有怎样的借鉴意义?科技日报就此采访了该研究团队。  

科学家构建出目前最高质量的植物基因组参考序列

  随着PacBio单分子实时(SMRT)测序技术的发展,利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而,这些草图序列中仍然存在多种错误,比如序列中会包含有很多嵌合体(即不同位置的序列连接到了一起)或是组装质量比较差的区域等,特别是重复序列区域有的没有组装出来,有的组装出来多个序列,而且这些错误通

Science:表观遗传学的“神秘花园”

  许多研究者都在探寻各种复杂性状背后的遗传学基础。然而,大家往往忽视了天然表观遗传学变化为表型带来的多样性。表观遗传学突变发生在DNA序列之外,将其与DNA序列突变区分开是一项富有挑战性的工作。   在本期Science杂志上Cortijo等人向人们展示,表观等位基因( epialleles

有关TILLING技术介绍及相关的文献下载

TILLING 技术是于上个世纪 90年代末期,美国 Fred Hutchinson癌症研究中心基础科学研究所的 Steven Henikoff领导的研究小组发展起来的( 1)。目前, TILLING技术作为种研究方法已经应用于多种生物中,如拟南芥、玉米、水稻、百脉根、小鼠、斑马鱼、果蝇、线虫等。对

首都师范大学何奕騉教授PNAS发表新成果

  美丽的花朵是植物重要的繁殖器官。对于农作物来说,花朵形成的时机和调控机制有着重要的经济意义,因为它们直接影响着作物的产量。人们早就发现,使用氮肥会使农作物延迟开花。不过科学家们一直不清楚这种现象背后的分子机制。  首都师范大学、四川农业大学等单位的研究人员在拟南芥中研究了氮调节的开花时间控制,鉴

南京农大研究揭示小白菜维生素C等营养物质的代谢机制

   不结球白菜俗称青菜、小白菜,栽培面积由2005年的800万亩上升到现在的2100万亩左右,已成为第三大蔬菜作物。  近日,南京农业大学园艺学院教授侯喜林团队在《园艺研究》在线发表研究论文。该团队经过十多年深入研究,揭示了不结球白菜维生素C和硫代葡葡糖苷营养物质的代谢机制,为优良性状分子设计育种

遗传发育所等鉴定大豆百粒重调控基因

  大豆是我国重要的粮食作物和经济作物,是植物蛋白和油分的重要来源。百粒重是大豆产量的重要构成因子,因此是大豆育种的重要目标性状。由于栽培大豆品种遗传基础狭窄,在育种过程中某些栽培大豆品种中优异等位的丢失,阻碍了大豆百粒重和产量的进一步增加。近年来研究人员对大豆百粒重遗传位点的研究较多,目前SoyB

《自然》获得首创性全基因组RNAi库

来自奥地利科学院维也纳分子生物学研究院(Institute of Molecular Biotechnology of the Austrian Academy of Sciences)的研究人员以果蝇为研究对象,利用一套完整的基因组序列数据,从达到了88%覆盖率的蛋白编码基因中获得了全基因组范围内

分子植物卓越中心揭示天然反义转录本调控机制

  近期,中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所研究员何玉科研究组在Nature Communications上,发表题为Natural antisense transcripts of MIR398 genes suppress microR398 processing and a

北京基因组研究所Plant cell基因组研究新成果

  来自中科院北京基因组研究所、荷兰瓦赫宁根大学和中科院/马普学会等10多家机构的研究人员组成的一个研究小组,通过测序及分析醉蝶花(Tarenaya hassleriana)的基因组提供了关于十字花科植物繁殖性状和基因组进化的新认识。相关研究发表在植物学权威期刊The Plant Cell杂志上

南京大学田大成教授团队揭示遗传突变的重要分子机制

  南京大学生命科学学院田大成教授所领衔的国际团队,利用拟南芥、水稻等自花传粉植物,构建了来自相同遗传背景的、经历一次减数分裂的纯合体、杂合体(F1)及其分离世代(F2到F4),进而测序检测遗传突变的发生。该成果《Parent-progeny sequencing indicates higher

我国学者研究发现拟南芥为油菜育种开辟新路径

  对于油菜种植者来说,收获油菜种子是他们一年的辛劳获得回报的时刻。然而由于油菜果荚的开裂,他们实际收获的种子往往达不到预期产量。他们更担心收收获时遇到反常气候,因为极端气候变化会导致果荚过早开裂,进一步降低种子产量,从而影响经济收入。因此,他们更倾向于选择抗开裂的油菜品种,这也对于油菜育种家提出了

如何快速查找LncRNA序列

  查找LncRNA序列的网站有很多,包括Genebank,Ensembl,RefSeq,UCSC数据库等。今天,小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。    一.根据LncRNA来源数据库,进入相应链接。   1. Genebank:https://www.ncb

植物多组学数据驱动的上下游调控因子挖掘平台发布

  9月8日,The Plant Journal 期刊在线发表中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张一婧研究组搭建的挖掘植物基因及基因组位点上下游调控因子的网络平台,论文题为Plant Regulomics: A Data‐driven Interface for Retrievi

与巴基斯坦科学基金会合作研究项目初审结果发布

   2016年度国家自然科学基金委员会与巴基斯坦科学基金会合作研究项目初审结果的通知  经公开征集,2016年度国家自然科学基金委员会(NSFC)与巴基斯坦科学基金会(PSF)共收到合作研究项目申请191项。根据我委相关规定,经过初步审查,并与巴方核对清单,确定有效申请为168项,现将通过初审的项

追记我国著名植物学家、复旦大学教授钟扬

  他是扎根山川大地研究植物的科学家,是春风化雨培养人才的教育家,还是为科普事业尽心尽力的社会活动家。他用53年时间做了别人用100年才能做完的事。  他是钟扬。  从复旦大学出来,灰暗的天空飘起小雪花,上海迎来2018年第一场雪。  时隔近半年,同事和学生们还没适应离开钟老师的日子。  “有我在,

厦门大学Genome Res解析水稻基因调控机制

  可选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)是一种普遍存在于真核生物中的基因调控机制。APA事件的发生能使一个基因产生多种mRNA转录本,从而增加转录本的复杂度。选择不同的多聚腺苷酸化位点可以使不同的转录本具有不同的编码序列,或具有不同长度的3'

Nature突破:香蕉基因组测序

  由法国的研究人员领导的一个国际小组近日完成了对香蕉品种小果野蕉(Musa acuminata)的基因组测序,并开始分析这一基因组草图。相关研究成果发布在了7月11日的《自然》(Nature)杂志上。   研究人员采用Roche 454、Sanger和Illumina的测序方法绘制出了双单倍

《Nature》1月最受关注的十篇论文

  英国著名杂志《Nature》周刊是世界上最早的国际性科技期刊,自从1869年创刊以来,始终如一地报道和评论全球科技领域里最重要的突破。其办刊宗旨是“将科学发现的重要结果介绍给公众,让公众尽早知道全世界自然知识的每一分支中取得的所有进展”。近期《Nature》下载论文最多的十篇文章(2015年12

Nature Genetics 揭示eccDNA功能—驱动神经母细胞瘤基因组重排

  在刚刚过去不到一个月的时间,染色体外环状DNA(eccDNA)重大科研成果相继刊登上Nature、Cell、Nature Genetics等重量级期刊,这无疑将eccDNA推向21世纪20年代科学研究的风口浪尖,吸引无数科学工作者的眼球。前期报道表明eccDNA能导致原癌基因扩增,极大地促进肿瘤

揭示eccDNA新功能—驱动神经母细胞瘤基因组重排

  在刚刚过去不到一个月的时间,染色体外环状DNA(eccDNA)重大科研成果相继刊登上Nature、Cell、Nature Genetics等重量级期刊,这无疑将eccDNA推向21世纪20年代科学研究的风口浪尖,吸引无数科学工作者的眼球。前期报道表明eccDNA能导致原癌基因扩增,极大地促进肿瘤

成果盘点丨袁隆平团队在Science,PNAS等发表23项研究成果

  从2002年开始,袁隆平团队在Science,PNAS,Nature Communications ,Genome Research ,PLOS Biology 等杂志发表了23项研究成果,iNature系统介绍一下以袁隆平为通讯作者的典型研究成果,由于版面限制,我们只介绍其中典型的文章:  【

lncRNA在农业领域的研究成果

  miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar --没想到在农业上大展身手啦   你没看错!不是标题党。说到miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar,想必聪明博学的你就已经猜到了是lncRNA。今天大阅哥要给大家挖一挖lncRNA在农业上的研究进展。为了写这篇主题