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单细胞基因组测序:从实验到分析,步步解析

随着生命科学研究的微观化,基于细胞群体的研究方法已不适用于某些研究领域(如肿瘤异质性、早期胚胎发育等)。单细胞基因组测序通过在单个细胞水平上进行测序,解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题,为科学家研究单个细胞的行为、机制等提供了新的方向。【应用概览】从2011年Navin等人将全基因组扩增技术与高通量测序技术结合起来进行乳腺癌细胞研究开始,单细胞基因组测序技术已逐渐被应用于神经科学、生殖系演化、器官发生、肿瘤、临床诊断、免疫学、微生物学、组织嵌合、胚胎发育以及产前遗传学诊断等研究领域,并被《自然方法》杂志( Nature Methods )列入2013年度值得期待的技术之一。单细胞测序发展历程及出版物数量和类目[1]单细胞基因组测序技术被广泛应用于生物科学和生物医学领域[1]【技术流程】单细胞基因组测序主要包括四个步骤:单细胞分离→全基因组扩增→高通量测序→数据分析。其中,单细胞分......阅读全文

甲基化领域重要研究成果解读!

  本文中,小编整理了近年来科学家们在甲基化研究领域取得的重要研究成果,与大家一起学习!  【1】Science:重大进展!揭示DNA甲基化增强基因转录机制  doi:10.1126/science.aar7854  DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能够在不

新一代测序技术(下)-SOLiD (ABI)

 【摘要】 2005年454公司首推划时代的新一代测序仪,从而引发了测序市场上454、Illumina、ABI等公司在新一代测序技术上的比拼高潮。也正是这种你追我赶,让绘制人类全基因组图谱由过去的耗费4.37亿美元和13年时间,骤然缩短到如今SOLiD 3运行一次即获得50GB可定位测序数据。新一代

小个头大内涵的单细胞测序研究盘点

近几年来,基于单细胞测序技术的科学研究取得了突飞猛进的发展,其成果有望为一些重要的生物学问题提供新的解决方案。测序君盘点了2015年的单细胞测序研究成果,供大家查阅。《Science》:瑞典卡罗林斯卡学院的科学家们的单细胞测序研究。该研究生成了有关皮质细胞类型以及细胞内活化基因的详细图谱。研究小组利

Science杂志最受关注的文章(1月)

  美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办,是国际上著名的自然科学综合类学术期刊,与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论,许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的,比如艾滋病与人类免疫缺陷病毒之间的

超高分辨直接观测基因表达的染色质时空调控

  生命科学的一个基本问题是在个体发育中,单个细胞如何分化成各种类型的组织细胞。这个过程高度依赖于基因表达的精确时空调控,而这种细胞特异基因表达与染色质的调控密切相关。比如,不同的顺式调控原件增强子能够在不同细胞中选择性地激活目标基因。每个基因经常由分布在千碱基(kb)甚至兆碱基(Mb)以外的多个增

《自然》2020年十大科学发现解读

2020年12月14日,Nature公布了其评选出的2020年十大科学发现,其中包括:冷冻电镜突破、压力导致白发的原因、南级臭氧法逐渐恢复、银河系中的快速射电暴等。这十大科学发现中,有2篇论文发表于Science杂志,其余12篇均发表在Nature杂志上。为了让广大读者更深入地了解这十大科学发现的重

“空间定位组学”和“4D组学”建起科学研究与疾病治疗的桥梁

  分析测试百科网讯 布鲁克一直以MALDI技术闻名全球,并已在成像领域占据领导地位;自去年推出timsTOF Pro创新组学系统后,在深度覆盖和高通量蛋白质组学分析中取得了突破性的进展,并且迅速和国内院校和企业开展了一系列深度的合作。比如timsTOF系列,已和北京大学、清华大学、复旦大学、厦门大

布鲁克推出两款timsTOF新品,助力“真”单细胞蛋白组学

*  独特的 timsTOF SCP 技术,通过无偏、深度单细胞 4D-蛋白质组学与scRNA测序提供补充,彻底改变了定量单细胞生物学研究;Mann等人的论文中,突破性地成功鉴定并定量了单细胞中1,400多种蛋白质。*  新一代 timsTOF Pr

北大谢晓亮教授:单分子技术透视生命之谜

2012和2013年,由北京大学多个研究团队合作完成的世界首个高精度人类男性和女性个人遗传图谱相关论文相继发表于《科学》和《细胞》杂志。这一工作采用的单细胞DNA扩增技术MALBAC,与以前的技术相比,该技术将单细胞全基因组测序的精确度大幅度提高,以至于能够发现个别细胞之间的遗传差

谢晓亮院士:单分子技术透视生命之谜

  2012和2013年,由北京大学多个研究团队合作完成的世界首个高精度人类男性和女性个人遗传图谱相关论文相继发表于《科学》和《细胞》杂志。这一工作采用的单细胞DNA扩增技术MALBAC,与以前的技术相比,该技术将单细胞全基因组测序的精确度大幅度提高,以至于能够发现个别细胞之间的遗传差异。  MAL

新型质谱技术让神经化学研究进入单细胞时代

世界上没有两片完全相同的叶子,细胞也是。然而,科学家们在进行现代生物学研究时,大多时候都考察的是细胞群体,而忽略了细胞异质性。 就拿神经细胞来说,大脑中有亿万个神经细胞,这些神经细胞在细胞形态,突触连结,细胞结构,电生理以及生理功能上具有高度的多样性。不同种类的神经细胞中,其基因组、蛋白组

国家基金委八大学部公布“优先发展领域及主要研究方向”

  “十三五”期间,通过支持我国优势学科和交叉学科的重要前沿方向,以及从国家重大需求中凝练可望取得重大原始创新的研究方向,进一步提升我国主要学科的国际地位,提高科学技术满足国家重大需求的能力。各科学部遴选优先发展领域及其主要研究方向的原则是:  (1)在重大前沿领域突出学科交叉,注重多学科协同攻关,

解读2015年度中国科学十大进展

  实现多自由度量子隐形传态   量子隐形传态在概念上非常类似于科幻小说中的“星际旅行”,可以利用量子纠缠把量子态传输到遥远地点,而无需传输载体本身。中国科学技术大学潘建伟、陆朝阳等组成的研究小组在国际上首次成功实现多自由度量子体系的隐形传态,成果以封面标题的形式发表于《自然》杂志。这是自1997年

漫谈单细胞测序及其临床应用

一、概述随着现代生物学的发展,细胞群体的研究已不再能满足科研需求。单细胞测序解决了用组织样本测序或样本少时无法解决的细胞异质性难题,为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向。单细胞测序正在成为科研热点。二、单细胞测序倍受青睐的原因人们最初以为一个细胞类群是均质的(即各细胞都是

如何猜到新冠病毒“喜欢”感染哪些细胞?

  自2019年12月开始,关于新型冠状病毒感染的肺炎疫情就牢牢占据了我们的视线,在一线奋战的医护人员、科研人员,受到疫情影响的同胞们,都触动着我们的神经。  知己知彼,百战不殆。为了对付新型冠状病毒,特别是寻找药物救治被感染的患者,当疫情出现后,我们急需了解它究竟是如何感染人的,特别是它究竟在攻击

浅谈NGS的这10年(三)

  454平台和Ion Torrent平台相比于其他的短读长平台而言,能够提供较长的read读长,分别大约在700bp与400bp,因此在基因组结构较为复杂的研究上应用 较多。然而,由于同样都是基于SNA技术,它们都拥有相同的缺点。虽然,其在非碱基多聚体(non-homopolyme

《科学家》期刊:2018 top 10创新产品

随着大数据和全基因组测序的发展成熟和大量研究的广泛开展,有时不免让人觉得研究人员将他们的显微镜(microscope)更换为宏观镜(macroscope)。但是,《科学家》杂志举办的2018年十大创新竞赛讲述了一个不同的故事:单个细胞。在《科学家》杂志的独立评审团评选出的2018年十大创新产品中,它

天大化学再造酵母走向应用 自然通讯 研究长文同期发表

  本站讯 2018年5月22日,天津大学元英进教授带领的合成生物学研究团队在《自然通讯》期刊同期发表三篇研究长文,文中介绍了精确控制基因组重排技术等一系列研究成果。该成果填补了基因组结构变异的技术空白,提高了细胞工厂的生产效率,加速了微生物的进化和生物学知识的发现。这是继人工合成酵母染色体打破非生

美《科学家》杂志评选出2016年生命科学领域十大创新产品

  美国著名科普杂志《科学家》(The Scientist)是一份在生命科学方面被广大读者认可,并受业界尊敬的月刊杂志。该杂志一直致力于研究生命科学,为科研人员提供最新的研究动态,科研成果发布等多方面的报道。每年年底,该杂志都会颁发生命科学相关的十大创新产品奖项。  近日,《科学家》公布了其评选的2

RNA-seq综述(五)

第1阶段-测序读长的比对(alignment)与组装(assembly)测序完成后,分析的起点就是数据文件,这个数据文件包含了测序计数的碱基,这些数据文件通常是以FASTQ文件的格式存在。处理这些FASTQ文件最常见的第一步操作就是将测序读长回贴到已知的转录组上(或已经注释的基因组上),将每个测序读

2019年中国学者发表CNS统计,谁是CNS发表之王?

  【51/52】2019年4月4日,清华大学柴继杰课题组、中科院遗传发育所周俭民课题组和清华大学王宏伟课题联合同期背靠背发表两篇重量级Science文章,完成了植物NLR蛋白复合物的组装、结构和功能分析,揭示了NLR作用的关键分子机制,是植物免疫研究的里程碑事件。两篇文章分别是: "Li

单细胞技术让这些研究成为现实

  生物通报道 如今,细胞群体的平均值数据已不再能够满足研究的需求。研究人员开始转向单细胞来探索基本的生物学。在这一期的《BioTechniques》上,Jeffrey Perkel博士介绍了让单细胞实验成为现实的技术。  2015年底,巴西卫生部门和世界卫生组织报告,新生儿中小头症的发病率急剧增加

单细胞技术让这些研究成为现实

  如今,细胞群体的平均值数据已不再能够满足研究的需求。研究人员开始转向单细胞来探索基本的生物学。在这一期的《BioTechniques》上,Jeffrey Perkel博士介绍了让单细胞实验成为现实的技术。  2015年底,巴西卫生部门和世界卫生组织报告,新生儿中小头症的发病率急剧增加。没过多久,

2019中国生命科学领域CNS盘点:曹雪涛 颜宁 施一公上榜

  截至2019年12月23日,中国学者在Cell,Nature及Science在线发表了107篇文章(2019年的Cell ,Nature 及Science 已经全部更新),iNature团队对于这些文章做了系统的总结:  按杂志来划分:Cell 发表了31篇,Nature 发表了44篇,Scie

Cell丨程时锋团队揭示现存陆地植物的共同祖先起源类群

  光合真核生命起源于大约15亿年前的海洋,繁盛于有光和水的地方;大约5-6亿年前,发生了绿藻陆地化事件,祖先绿色植物开始了从简单到复杂、从水生向陆地的迈进。植物陆地化是一个漫长而复杂的演化过程,在潮起潮落、沧海桑田的跌宕变迁中,一些地理生境出现周期性干涸的现象,如形成小水坑、河床、近海泥沼等,开始

Nat Methods: 2014年值得关注的技术

  单细胞测序被评为2013年年度技术   2014 年首刊,《Nature Methods》杂志将2013年度技术(Method of the Year 2013)授予了单细胞测序(single-cell sequencing)。同时,杂志还介绍了2014年值得关注的技术,包括

RNA-seq综述(三)

改良RNA-seq建库方法RNA-seq最初用于分析多聚腺苷酸化的转录本,使用的方法源于早期的表达序列标签(expressed-sequence tag)和芯片研究。然而,下一代测序的使用指出了这些方法的局限性,而这些局限性在芯片数据中并不明显。因此,在RNA-seq首次报道后不久,就有研究

大跃进 | 中国学者CNS发表超过100篇生命科学领域研究成果

  【50】2019年4月12日,中科院上海药物所徐华强,王明伟,浙江大学张岩及匹兹堡大学医学院Jean-Pierre Vilardaga共同通讯在Science发表题为“Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone r

临床检验科常见设备和主要供应商大全

临床检验常见设备包括:一、临检设备:血细胞分析仪、流式细胞仪、血凝分析仪、尿液干化学分析仪、尿液有形成分分析仪、粪便分析仪二、生化免疫设备:生化分析仪、化学发光免疫分析仪、酶免疫分析仪、荧光免疫分析仪三、分子诊断设备:核酸提取仪、实时荧光PCR仪、基因测序仪、质谱仪四、微生物检验设备:微生物鉴定药敏

微流控芯片技术的肺癌循环肿瘤细胞检测及单细胞分析

我国是肺癌高发国家,近十年肺癌的发病率分别占男性和女性恶性肿瘤的第一和第二位,并且发病年龄有下降的趋势。肺癌的死亡率在恶性肿瘤中始终居于首位,根本原因是肺癌的高转移能力。因为肺癌具有极强的侵袭性及转移能力,大多数患者就诊时已处于晚期(III期、IV期),失去最佳的治疗机会。因此,提高肺癌检出率、控制