美国绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱
美国麻省理工学院和布罗德研究所的科研人员绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱，为深入理解大脑结构与功能提供了重要基础。该团队基于109万个高质量空间分辨单细胞基因表达定义出小鼠大脑更精细的组织区域，绘制出的大规模分子空间图谱囊括了超100万个细胞及其基因表达特征、空间坐标、分子细胞类型、分子组织区域类型，以及遗传操作可及性。相关研究成果发表于《Nature》期刊。 该研究以全新的角度理解大脑解剖学结构，为建立分子空间图谱提供了实验和计算的框架，为神经科学研究提供了重要的数据和工具，有利于样品之间更准确、更加可重现的区域分析。......阅读全文
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
利用单细胞空间转录组揭示猕猴大脑皮层的细胞类型
阐明大脑皮层的细胞类型组成对于理解大脑结构和功能至关重要。中国科学院脑智卓越中心利用单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型。该研究成果于近日发表在《Cell》杂志上，题为：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati
研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到
空间转录组测序样本准备指南
一、外泌体研究热度持续攀升 外泌体（exosome）是活细胞分泌的30-200nm的囊泡，在电镜下具有非常明显单层膜结构，通常为茶托型或一侧凹陷的半球形。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体，经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体，
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到异戊
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
空间转录组学研究案例简析
01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1]影响因子：11.878发表时间：2018.06发表期刊：Nat Commun肿瘤内异质性是当今癌症治疗中最大的挑战之一。在这里，研究人员使用空间转录组学（ST）技术研究整个多灶性前列腺癌的全组织基因表达异质性。利用一种新的去卷积方法，分析12个区域的近6
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞转录组重要研究文献汇总（一）
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
单细胞转录组重要研究文献汇总（二）
4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究，由于植物具有细胞壁的特点，使得植物的单细胞研究相比较难，但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
生物物理所开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat C
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat
2018年新技术：空间转录组学技术
——也许不久的将来，定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。 对于基因表达研究来说，空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展，这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。 空间基因表达对于理解组织中细胞的
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生物学数据集，
单细胞转录组制备仪的技术指标
将 C1 应用于单细胞 mRNA 测序，可以从多个细胞个 体平行处理多达 96 个 cDNA 文库，在任何 Illumina 测序仪上对 mRNA表达进行相对定量。此系统的主要特征包括： 高通量 -可对 96 个单细胞进行大规模平行、连贯的制备， 引入条形码序列标记（Barcode），可将测序
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
高通量单细胞转录组测序发展与展望
单细胞转录组测序技术这几年的发展之快，运用之广已众所周知。为更好的在国内推广该技术，也为更好的将该技术运用到广大科研工作者的实际工作中，上海生物芯片有限公司生物信息团队通过对该技术的整理和归纳，在《生命科学》杂志上发表了名为“高通量单细胞转录组测序发展与展望”综述文章，希望能进一步提升科研工作者对该
单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多个发育轨迹和
技术前沿空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
技术前沿空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews G
【技术前沿】空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
布鲁克发布全新空间单细胞代谢组学研究策略
摘要 * 创新的无偏原位空间单细胞代谢组学（SSCM）能够以单细胞分辨率实现高通量代谢组织样本表征； * 基于 timsTOF fleX MALDI 的全新 5 μm microGRID 技术可在大视场内提供几乎无伪影的小分子图像； * 创新的 4D-代谢组学可通过 CCS-Predict