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2018年新技术:空间转录组学技术

——也许不久的将来,定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。 对于基因表达研究来说,空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展,这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。 空间基因表达对于理解组织中细胞的身份和功能至关重要。模式生物表达图谱,艾伦脑科学研究所的小鼠和人类大脑图集的备受欢迎也证明了空间基因表达的作用。然而,现有的图谱主要是通过报告基因或原位杂交这些低通量方法创建的,这些方法令构建参考文献非常费力,也限制了多样本评估。 近期的一些新工具为空间研究提供了更大的灵活性和更高的通量,比如高级多重荧光原位杂交(highly multiplexed fluorescence in situ hybridization),成像切片或三维组织的原位测序(in situ sequencing),以及将基因表达投影到现有空间信息上的运算方......阅读全文

华大基因背后的技术武器

  斥巨资采购128台基因测序仪,一举成为全球最大的基因测序中心,全额收购美国纳斯达克上市公司Complete Genomics(下称CG),改变中国生物科技企业被跨国企业单向并购的格局。华大基因向来不按套路出牌。看似有些疯狂的举动,实际是华大基因建立技术优势的精心布局。华大基因的服务规模和测序团队

Illumina首席执行官Francis deSouza:测序成本降低,无关竞争

  基因测序市场的比拼永远是以技术为王,Illumina的二代测序技术(NGS)平台凭借前所未有的规模,出色的数据质量和准确性,占据了全球70%的基因测序市场(2016年)。据统计,全球约90%的基因数据是基于Illumina平台产生,Illumina毫无疑问已经是基因测序产业的巨无霸。中国作为Il

【盘点】单细胞测序研究进展一览

  细胞是生物学的基本单位,近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术,该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降,破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始

2015下一代测序发展论坛:行业探讨与临床应用

  主办方:生物谷  会议形式:嘉宾演讲、主题报告  时间:12月3-4日  地点:上海斯波特大酒店  大会官网:http://www.bioon.com/z/2015ngs/  大会背景:  在整个生物产业板块中,基因产业是炙手可热的领域。随着基因测序成本下降,测序技术迅猛发展,基因检测

空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例

单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接

微流控芯片与基因诊断关系的研究进展

微流控芯片已经广泛于医学、生物、电子、流体、化学等领域,且微流控芯片可把样品制备、反应、分离、检测、扩增、分析等集成到一块几微米至几百微米尺度的芯片上并自动完成所有基本过程。目前,微流控芯片已经广泛地应用到医学基因诊断方面,例如基因多态性检测、基因高效性测序、基因快速性扩增等,为此,本文主要对微流控

单分子测序在肿瘤基因检测中的6大应用

  肿瘤是当今导致人类主要死亡的主要疾病之。由于其发病隐匿、治疗方法局限、多数预后不良,且分子生物学特征复杂多变,因而肿瘤的预防、早期筛查与诊断、临床治疗、预后评估一直是临床医生致力于解决的关键问题。随着现代医学技术的发展,肿瘤已经进人了个体化治疗阶段。肿瘤的基因组转录组和表观遗传特征在探究肿瘤的发

3D转录组图谱阐释造血干细胞和微环境细胞间的调控网络

  血液系统中贮藏着一种具有自我更新、分化成各种血细胞潜能的成体干细胞,称为造血干细胞,它能够维持机体长久造血和组织稳态1。造血干细胞移植是恶性血癌的有效治疗手段,但干细胞来源不足成为限制该治疗广泛应用的瓶颈。因此,造血干细胞的发育,尤其是造血干细胞扩增的研究备受关注。然而,现在的研究主要集中在特定

强强联合:在CRISPR/Cas9相关研究中应用高通量测序技术

  摘要:   CRISPR/Cas9基因组编辑技术和新一代测序技术(也称高通量测序技术),是当今对生命科学研究有重大影响的两项技术。二者并非毫不相干。有效地将二者联用,有时可以大大加速科研进程。两者之间有什么样的联系呢?在哪些研究领域或方向上可以联用呢?上海伯豪生物根据在这两个领域的技术服务经验

对话Life Tech:Ion Proton台式基因组测序仪

  著名的生物技术公司Life Technologies(纳斯达克股票代码:LIFE)3月28日宣布,在中国推出新的台式基因测序仪:Ion Proton™。借助该技术产品,只需 1000 美元即可在一天时间内完成个人全基因组测序。    这一新型测序仪采用了新一代半导体测序技术。此前推出的同样基于这

空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用

  空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术,可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此,空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。   空间转录组测序运用方向(Trends Bi

华大智造:为什么质疑中国疾控的定向采购?

  4月3日晚间,华大集团旗下子公司华大智造,在官网发布了《程序不正义,结果无意义——致中国疾控中心的一封公开质疑信》,信中质疑中国疾控中心在近日的基因测序仪采购中,存在“定向招标”、“高于市场价近一倍招标”、“公示期过短”的行为,而最终目的是为了采购美国基因测序仪公司illumina的产品。  事

手持基因测序仪问世 仅手机大小

   康涅狄格州立大学的研究人员通过使用一种比手机还要小的手持测序仪,对自然界中已知的最复杂基因的RNA进行了测序。  当一个DNA链穿过纳米孔测序仪MinION时,MinION可以“看见”五个核苷酸。五个核苷酸一组会生成一个特征电流,使MinION可以连续读出DNA编码。  如果说DNA是生命模板

云序生物为你解密ATAC-seq研究方案

  ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢?ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某

空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用

空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术,可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此,空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。空间转录组测序运用方向(Trends Biotechn

中国首发纳米孔RNA直接测序揭示其在全长转录本中的作用

  近日发表在RNA Biology上的研究中,来自中国科学院北京生命科学研究院、动物研究所及中国科学院大学等多家单位的科学家们首次通过5’-Cap捕获法对蝗虫的 RNA直接测序,揭示了Piwi 外显子化模式的广泛建立以及蝗虫转录组中的转座子(TEs)对RNA剪接的重要作用。  转座子(TEs)在后

云序生物环状RNA研究文章汇总

  环状RNA“一站式”服务一直以来是云序生物的主打产品,严格的质控把关、严谨的实验设计、出色的生信分析以及贴心的售后服务造就了多项世界首篇环状RNA研究文章,受到了广大客户的一致好评。迄今为止,云序已经积累了超过10000例环状RNA测序的经验,样本覆盖20多个物种以及50多种疾病,客户发表文章达

在CRISPR/Cas9相关研究中应用高通量测序技术(二)

四.CRISPR/Cas9技术与新一代测序技术的联用 革命性技术总是发展迅速、应用广泛的。作为另一项革命性的生命科学研究技术,DNA新一代测序技术在近五、六年得到快速发展和推广。它已经用于生命科学相关领域的许多方面。同样地,也可以用在CRISPR/Cas9相关的研究中。两者之间的应用领域有

基因测序里还有哪些技术“劫”?

  日前,一些从事医疗投资和基因组医学研究的学者在艾瑞咨询主办的“基因测序赛道扫描沙龙”上探讨产业发展上的技术“劫”,希望明晰产业发展“路线图”。  2016年3月,在科技部发布的重点专项申报指南的相关通知中,将“精准医学研究”列为2016年优先启动的重点专项之一,支持以基因测序为基础的精准医疗行业

16种常见癌症可做预测性基因检测

  研究人员正在进行肿瘤组织基因组提取。  随着癌症发病率逐年上升,癌症基因检测愈发流行。基于自身健康的考虑,一些高危人群开始主动进行癌症基因检测。目前,癌症基因检测还处于发展阶段,多数用于肿瘤的靶向治疗以及临床疾病的药物治疗,不过我国现在已有16种常见癌症变异基因被破译,可做预测性基因检测。  精

安诺携手居里研究所再登Nature子刊,揭染色体再活化机制

  在雌性哺乳动物胚胎形成过程中,两条X染色体的其中一条失活,完成剂量补偿效应。对于小鼠而言,X染色体失活(XCI)主要分为两个阶段,第一阶段父源X染色体(Xp)启动印记失活,此失活状态在滋养外胚层细胞(TE)及原始内胚层细胞(PrE)中得以维持,但在囊胚内细胞团(ICM)的外胚层细胞中,Xp会出现

北京生科院提出编码基因重建的新方法

  2016年11月,国际学术期刊《基因组生物学》(Genome Biology)在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室研究员赵方庆团队题为A novel codon-based de Bruijn graph algorithm for gene construction fro

基因测序里有哪些技术"劫"?设备国产化不能成"软肋"

  日前,一些从事医疗投资和基因组医学研究的学者在艾瑞咨询主办的“基因测序赛道扫描沙龙”上探讨产业发展上的技术“劫”,希望明晰产业发展“路线图”。  2016年3月,在科技部发布的重点专项申报指南的相关通知中,将“精准医学研究”列为2016年优先启动的重点专项之一,支持以基因测序为基础的精

高通量测序技术研究进展介绍

  第二代测序技术, 又称新一代测序技术, 是相应于以Sanger 测序法为代表的第一代测序技术而得名。第二代测序中3种主流测序技术分别为依次出现的 Roche/454 焦磷酸测序(2005 年)、Illumina/Solexa 聚合酶合成测序(2006 年)和 ABI/SOLiD 连接酶测序(

转录组高通量测序

(第二代高通量测序技术-454)  转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代

GEN:RNA测序,能否成为精准医疗的主力军?

  基因组学在过去几年中的进步对我们掌握分子生物学和遗传学发挥了巨大的影响。在实验室中,下一代测序(next-generation sequencing ,NGS)已经被用于多个方面,包括鉴定新的基因组、DNA测序、转录组测序和表观遗传学。在临床上,NGS已经被迅速接受为一种极具

GEN:RNA测序,能否成为精准医疗的主力军?

  基因组学在过去几年中的进步对我们掌握分子生物学和遗传学发挥了巨大的影响。在实验室中,下一代测序(next-generation sequencing ,NGS)已经被用于多个方面,包括鉴定新的基因组、DNA测序、转录组测序和表观遗传学。在临床上,NGS已经被迅速接受为一种极具价值的诊断工具。  

华大基因引入亚洲首台Sequel测序仪更全面的基因组研究服务

2015年12月24日,中国深圳--全球最大的基因组研发机构华大基因今天宣布与实时单分子测序技术(SMRT)领导者加利福尼亚太平洋生物科学公司(Pacific Biosciences of California, Inc.,以下简称PacBio)再次合作,购入亚洲第一台Seque

华大基因引入亚洲首台Sequel测序仪器系统

  12月24日,华大基因宣布与实时单分子测序技术(SMRT)领导者加利福尼亚太平洋生物科学公司(PacificBiosciencesofCalifornia,Inc.,以下简称PacBio)再次合作,购入亚洲第一台Sequel测序系统,并有后续购买计划,会将SMRT测序平台纳入其全球业务。今年初华

Cell》重磅!全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制!

  2月7日,加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序,结合后续的功能机制研究,揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制!该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Ci