《NatureMethods》更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术

　　微流控技术革新促进了单细胞RNA测序发展，它为单细胞基因组学提供了一种低成本、高通量的方法。然而，这种方法捕获完整RNA转录信息的能力有限。

（图片来源：Cornell）

　　康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不仅推动了单细胞基因组学发展，而且为感染和免疫生物学研究提供了一条新途径。

　　这篇题为“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing and Transcriptome Profiling in Single Cells”的文章最近发表在Nature Methods杂志，De Vlaminck实验室的博后研究员Mridusmita Saikia和博士生Philip Burnham是这篇文章的主要作者。

　　2015年，来自哈佛大学和麻省理工学院的研究人员开发了Drop-seq，一种使用纳米级液滴，并向每个细胞的RNA附加唯一的识别符号，同时且有效表征数千细胞特性的方法，而且非常便宜，对许多实验室来说可以很容易实现。

　　“现在这项技术非常流行，因为它降低了这类分析的成本，”De Vlaminck说。然而，缺点是它们只能识别某种信使RNA（mRNA），限制了其他潜在分析范围。

　　De Vlaminck等人提出了一个简单、廉价的改进方法，他们将其命名为：液滴辅助RNA靶向单细胞测序 (droplet-assisted RNA targeting by single-cell sequencing，DART-seq)。

　　Drop-seq将每个细胞封装在启动细胞mRNA逆转录的标记微粒中，DART-seq的改进之处在于，在Drop-seq常规分析之前，采用酶法定制空心珠，从而回收和分析更多种类分子。

　　此外，该技术能够区分病毒感染细胞，并定量病毒和宿主基因表达，从而能够轻而易举地在单细胞水平上检查宿主对病毒感染的反应。

　　“单株病毒极具多样性，正因如此，它们可以做许多不一般的事，”Burnham说。“如果你能缩小到单细胞水平，你就可以看到病毒微小变化是如何导致细胞应答的巨大差异。”

　　Saikia认为DART-seq对癌症治疗可以提供许多有益信息。“癌细胞是非常异质性的，”她说。“如果你不从单细胞水平观察它们，你就会错过重要信息，所以我们才需要有更锋利的工具。”

　　原文检索：Simultaneous multiplexed amplicon sequencing and transcriptome profiling in single cells