建立标准化的RNAseq，为液体活检扫清障碍

　　检测一管血液或尿液，通过其中的标志物来帮助诊断或治疗疾病，这个新思路让人们激动不已。不过，尽管RNA测序（RNA-seq）越来越多地用于小片段RNA的分析，但文库制备方法的准确性和重复性还是存在问题。

　　密歇根大学的Muneesh Tewari教授认为：“不同的人采用不同的方法来测序小RNA，有时会得到不同的结果。如果照这样子发展下去，这个领域很难进步。”

　　于是，Tewari实验室召集了美国和荷兰的九个实验室，希望解决这个问题。这个联盟测试了九种不同的RNA测序方法，以确定测序小RNA的最佳方法。他们的目标是建立一个标准化的实验方案，让不同实验室的结果可以比较。这项研究成果于本周发表在《Nature Biotechnology》上。

　　新兴的液体活检技术在很大程度上依赖于小RNA的测序，如microRNA。这些小小的片段在癌症等疾病状态下会发生改变，从而有助于人们在最早期阶段检测疾病。不过，血液或尿液都只含有微量的游离RNA，让测序难以进行。

　　“对诊断学而言，液体活检无疑是一个激动人心的新领域。不过，它也需要我们这样的联盟，因为不同方法往往会带来无法重复的结果，”Tewari谈道。他还指出，这项工作集合了各个领域的专家，从分子生物学家到生物信息学专家。

　　在这项研究中，研究人员以同样的手段制备样本，并将它们送往九个实验室进行分析。每个实验室采用各自的方法测序四个样本，包括一个血浆样本和三个合成RNA样本。

　　他们总共测试了九种不同的实验方案，包括三种商业化的文库制备方法，其接头带有确定序列，以及六种由实验室开发的方案，其接头带有简并碱基。他们共产生了50亿条测序序列。

　　这篇论文的第一作者、Tewari实验室的博士后研究员Maria D. Giraldez表示：“我们意识到，不仅不同的方法产生了不同的结果，即使是同一方法的小小改变，也引入了明显的变化。若要比较不同实验室的结果，最好使用高度标准化的实验方案。”

　　研究人员发现，在评估各个标志物的丰度时，不同的文库制备方法产生了不同的结果，往往也不太准确。不过联盟实验室开发的文库制备方法提高了结果的准确性。在利用RNA测序来比较不同样品的microRNA相对量时，各个实验室都产生了准确而重复的结果。

　　“我们发现，如果各个实验室都采用相同的实验方案，那么结果变化不大，”另一名作者Ryan Spengler谈道。“这意味着，如果你想要协调不同实验室的研究，关键是采用相同的实验方案，无论它是什么。然后你才能比较结果。”

　　这项分析为研究人员建立标准的实验方案奠定基础，并推动RNA测序和液体活检向前发展。研究人员目前向公众提供合成的参考材料，这意味着各地的研究人员都能运行检测，并将结果与实验室联盟的结果进行比较。