建立标准化的RNAseq，为液体活检扫清障碍
检测一管血液或尿液，通过其中的标志物来帮助诊断或治疗疾病，这个新思路让人们激动不已。不过，尽管RNA测序（RNA-seq）越来越多地用于小片段RNA的分析，但文库制备方法的准确性和重复性还是存在问题。 密歇根大学的Muneesh Tewari教授认为：“不同的人采用不同的方法来测序小RNA，有时会得到不同的结果。如果照这样子发展下去，这个领域很难进步。” 于是，Tewari实验室召集了美国和荷兰的九个实验室，希望解决这个问题。这个联盟测试了九种不同的RNA测序方法，以确定测序小RNA的最佳方法。他们的目标是建立一个标准化的实验方案，让不同实验室的结果可以比较。这项研究成果于本周发表在《Nature Biotechnology》上。 新兴的液体活检技术在很大程度上依赖于小RNA的测序，如microRNA。这些小小的片段在癌症等疾病状态下会发生改变，从而有助于人们在最早期阶段检测疾病。不过，血液或尿液都只含有微量的游离RN......阅读全文
计算小RNA分子的单细胞测序新法
最近，卡罗林斯卡学院的研究人员开发出了一种单细胞程序，测量了单个胚胎干细胞中短的非编码RNA序列的绝对数量。这种新方法可以加深我们对于“基因是如何被调节、不同的细胞类型如何发展”的理解。相关研究结果发表在10月31日的《Nature Biotechnology》。当我们基因中的信息被使用时――例如构
单细胞测序，解密小RNA分子的未知功能
随着科研人员对各种遗传疾病和癌症的深入挖掘，单细胞基因组方法捕获的信息变得越来越重要。卡罗林斯卡学院（ Karolinska Institute）的研究人员近日公布了一种新方法，这种方法可以读取个体胚胎干细胞中短的、非编码RNA序列，有助于人们更好地理解基因如何调控不同细胞类型的发展。相关结
吴立刚研究组研发微量小RNA深度测序技术
中科院上海生科院生物化学与细胞生物学研究所国家蛋白质科学中心（上海）吴立刚研究组与上海市计划生育研究所施惠娟研究组合作，优化建立了适用于微量样本的小RNA深度测序文库构建方法，并系统解析了小鼠早期胚胎发育过程中小RNA的动态变化及其生物学功能。相关研究成果日前在线发表于《科学进展》。 目前小
Nature子刊：RNA测序鉴定小胶质细胞独特表达基因
马萨诸塞州综合医院(MGH)的研究者采用一种新的测序方法，鉴定了一组被脑免疫细胞——称为小胶质细胞—— 用来感知需要其做出反应的致病组织、毒素或损伤细胞的基因。这些基因的鉴定，能使我们更好地理解小胶质细胞在正常大脑和神经退行性疾病中的作用，为保护诸如阿尔茨海默氏病和帕金森氏综合症引起的损伤带
小分子RNA
RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”，但越来越多的证据清楚的表明，RNA在生命的进程中扮演的角色远比我们早前设想的更为重要。RNA 干扰（RNA interference）的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识，更因为可以简化/替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具，
军科院：小RNA测序鉴定微生物病原体
最近，研究人员利用小RNA（small RNA，sRNA）深度测序鉴定miRNA在植物和动物基因表达过程中转录和后转录的调控功能，该技术也是植物和无脊椎动物中发现病毒的有效策略。由于小RNA片段中可能含有来自所有RNA分子的RNA代谢物，如rRNAs，tRNAs，mRNA，snRNA，snoRN
双RNA测序技术
在发表于《自然》（Nature）杂志上的一篇研究论文中， 由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。该研究小组描绘了他们的技术、该技术如何更多地帮助了解细菌感染机制，以及在研究中获得的重要发现
研究开发出小分子RNA高通量测序数据整合分析软件
高通量测序技术的普及带来测序数据的高速增加，但分析工具的发展却远远跟不上研究的需要。目前大多数高通量测序数据分析工具的用户对象是具备一定数据分析能力的研究人员，大量的数据分析任务仍然落在少数生物信息实验室上，严重阻碍了整个研究领域的发展。功能更强大、使用更方便的生物信息分析工具亟待开发
关于小干扰RNA的RNA激活介绍
已经发现dsRNA还可以激活基因表达，这种机制被称为“小RNA诱导的基因激活”或RNAa。已经显示靶向基因启动子的dsRNA诱导相关基因的有效转录激活。使用合成的dsRNA在人细胞中证明RNAa，称为“小活化RNA”（saRNA）。尚不清楚RNAa是否在其他生物体中是保守的。
环状－RNA－测序案例分析
案例：以结肠癌，卵巢癌，特发性肺纤维化及正常的人组织为例探讨 circular RNAs 的富集与增殖的相关性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是构成生物体 RNA 网络的一部分，而且研究者们推测 circular RNAs 与 miRNAs 一样具有生物学功能。 目的
核糖核酸（RNA）测序
RNA在细胞中的稳定性较差，在实验中也更容易受到核酸酶的攻击。因为RNA是由DNA转录产生的，所以信息已经存在于细胞的DNA中。然而，有时也需要对RNA分子进行测序。虽然DNA测序给出了生物体的遗传图谱，但RNA测序却反映了细胞中活跃表达的序列。为了给RNA测序，通常的方法是首先对从样品中提取的
RNA甲基化测序
1、NSUN2影响m5C在HEK293细胞中整体分布情况NSUN2被报道是RNA甲基转移酶，能使tRNAs和mRNA发生m5C甲基化修饰。为了探究NSUN2对HEK293细胞mRNA m5C甲基化修饰的影响。作者利用CRISP/Cas9技术敲减NSUN2（NSUN2-/-HEK293细胞）后进行
核小RNA的用途
核小RNA是真核生物转录后加工过程中RNA剪接体（spliceosome）的主要成分，参与mRNA前体的加工过程。
小分子RNA的简介
MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个miRNA可以有多个靶基因，而几个miRNA也可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达，也可以通过几个miRNA的组合来精细调控某
时序小RNA的定义
中文名称时序小RNA英文名称small temporal RNA;stRNA定 义一类长度约为22核苷酸的非编码RNA，是微RNA大家族的成员。与生物发育时间顺序调控有关，如早期报道的线虫lin-4和let-7时序小RNA。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
什么是小分子RNA？
MicroRNA (miRNA) 是一类由内源基因编码的长度约为22 个核苷酸的非编码单链RNA分子，它们在动植物中参与转录后基因表达调控。在动植物以及病毒中已经发现有28645个miRNA 分子(Release 21: June 2014) 。大多数miRNA 基因以单拷贝、多拷贝或基因簇(c
核小RNA的特点
①稳定，半寿期常与核糖体相近；②含量丰富，如U1分子在每个核中的含量可有10^6个；③普遍性，在动、植物细胞中均含有snRNA；④高度保守，如人和爪蟾的U1snRNA有90%的序列相同。
小分子RNA（miRNA）简介
一、什么是小分子RNA（ MicroRNA）? MicroRNA (miRNA) 是一类长度约为20-24个核苷酸长度的具有调控功能的非编码RNA。 miRNA 主要参与基因转录后水平的调控。这些miRNA基因首先在细胞核内转录成原始miRNA转录本（primary transcrip
核小RNA的特点
①稳定，半寿期常与核糖体相近；②含量丰富，如U1分子在每个核中的含量可有10^6个；③普遍性，在动、植物细胞中均含有snRNA；④高度保守，如人和爪蟾的U1snRNA有90%的序列相同。通常snRNA不是游离存在，而是与蛋白质结合成复合物，成为小核核糖核蛋白颗粒（small nuclear ribo
“RNA测序”通用模板新突破
通过检测血液或尿液中少量的RNA来诊断或治疗疾病是一个新兴领域。随着技术的进步，研究人员可以对RNA片段进行测序，但不同的人使用不同的方法来测序RNA，有时会得到不同的结果，这是影响成功的一个重大障碍，使得此领域很难取得进展。近来，密歇根大学Tewari教授的实验室领导了美国和荷兰的9个实验室组
细胞化学词汇时序小RNA
中文名称：时序小RNA英文名称：small temporal RNA;stRNA定 义：一类长度约为22核苷酸的非编码RNA，是微RNA大家族的成员。与生物发育时间顺序调控有关，如早期报道的线虫lin-4和let-7时序小RNA。应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
小分子RNA的特征介绍
已经被鉴定的miRNAs据推测大都是由具有发夹结构，约70个碱基大小形成发夹结构的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成的，有5’端磷酸基和3’羟基，大小约21—25nt的小分子RNA片段，定位于RNA前体的3’端或者5’端。 3个研究小组分别从线虫、果蝇和Hela细胞中鉴定的100个新mi
小分子RNA的功能介绍
科学家开始认识到这些普遍存在的小分子在真核基因表达调控中有着广泛的作用。在线虫，果蝇，小鼠和人等物种中已经发现的数百个miRNAs中的多数具有和其他参与调控基因表达的分子一样的特征——在不同组织、不同发育阶段中miRNA的水平有显著差异，这种miRNAs表达模式具有分化的位相性和时序性（diff
简述核小RNA的特点
①稳定,半寿期常与核糖体相近； ②含量丰富,如U1分子在每个核中的含量可有10^6个； ③普遍性,在动、植物细胞中均含有snRNA； ④高度保守,如人和爪蟾的U1snRNA有90%的序列相同。 通常snRNA不是游离存在,而是与蛋白质结合成复合物,成为小核核糖核蛋白颗粒（small nu
小分子RNA——microRNA综述(1)
RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”，但越来越多的证据清楚的表明，RNA在生命的进程中扮演的角色远比我们早前设想的更为重要。RNA 干扰（RNA interference）的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识，更因为可以简化/替代基因敲除而成为研究基因功能的有
关于小干扰RNA的简介
小干扰RNA（siRNA），有时称为短干扰RNA或沉默RNA，是一类双链RNA分子，长度为20-25个碱基对，类似于miRNA，并且在RNA干扰（RNAi）途径内操作。它干扰了表达与互补的核苷酸序列的特定基因的转录后降解的mRNA，从而防止翻译。 siRNA由双链RNA (double str
核小RNA的存在形式
通常snRNA不是游离存在，而是与蛋白质结合成复合物，成为小核核糖核蛋白颗粒（small nuclear ribonucleoprotein particle, Sn RNP)。snRNA不参与蛋白质合成活动，其重要功能是在RNA进行加工方面具有重要作用。U3 snRNA与核仁内28S rRNA的成
胞质小RNA的概念
中文名称胞质小RNA英文名称small cytoplasmic RNA;scRNA定 义细胞质中的小分子RNA。通常指转移核糖核酸(tRNA)和小的核糖体RNA(rRNA)，如5S rRNA、5.8S rRNA等。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
核小RNA的基本结构
细胞内有核小RNA(small nuclearRNA，snRNA)。它是真核生物转录后加工过程中RNA剪接体（spliceosome）的主要成分，参与mRNA前体的加工过程。其长度在哺乳动物中约为100-215个核苷酸，共分为7类，由于含U丰富，故编号为U1~U7。snRNA只存在于细胞核中，其中U
小分子RNA——microRNA综述(2)
未来要解决的问题miRNAs在多个物种中广泛被发现，而且在进化上高度保守。这些“小玩意儿”留给我们一大堆谜团：miRNA的确切功能是什么？它的目标靶是什么？作用机制是什么？也许需要对植物或者线虫的基因组进行miRNAs突变株的筛选，在果蝇中可以用targeted-disruption缺失miRNA序