一百五十年前,Dmitri Mendeleev创建了元素周期表,这是一种根据原子核性质对原子进行分类的系统。本周,一群研究生命树的生物学家推出了一种新的细胞核分类系统,并发现了将一种细胞核转变为另一种细胞核的方法。
这项研究发表在5月27日的Science杂志上,它是由几项曾经分开的工作衍生出来的。其中一个以 DNA Zoo为中心, DNA Zoo是一个大型学术协会,包括数十个机构,比如贝勒医学院,科学基金会支持的莱斯大学理论生物物理中心(CTBP),西澳大利亚大学等。
DNA Zoo团队的科学家一直在共同努力,对长达几米的染色体如何折叠,适合整个生命树中不同物种的细胞核进行分类。
这项新研究的第一作者,同时也是贝勒医学院的Olga Dudchenko博士说:“无论我们是在观察线虫,海胆,海鞘还是珊瑚,我们都不断看到相同的折叠模式。”
最终,该团队意识到,它只是看到了两个总体核设计的变体。 “在某些物种中,染色体的结构就像印刷报纸的页面一样,其外部边缘在一侧,而折叠的中间在另一侧,然后在其他物种中,每个染色体都被弄成一个小球。”
文章通讯作者,分子与人类遗传学副教授,贝勒荣誉学者Erez Lieberman Aiden博士说:“但由此我们也感到困惑。数据表明,在进化过程中,物种可以从一种类型转换为另一种类型。我们想知道:控制机制是什么?在实验室中是否有可能将一种类型的核改变为另一种类型的核?”
同时,荷兰的一个独立团队发现了一些意想不到的事情。“我正在对一种叫做凝聚素II(condensin II,生物通注)的蛋白质进行实验,我们知道这种蛋白质在细胞的分裂中起着作用。但是我们发现了最奇怪的事情:当我们在人类细胞中突变蛋白质时,染色体将完全重排。这令人费解!”
两支团队在奥地利的一次会议上见面,Rowland介绍了他实验室的最新工作。结果研究人员很快意识到,他们找到了一种将人类细胞从一种核型转化为另一种核型的方法。
“当我们观察DNA Zoo正在研究的基因组时,发现进化已经完成了很多次我们的实验!当一个物种的突变破坏凝缩蛋白II时,它们通常会颠倒整个细胞核的结构,一直困在实验中有些令人失望,但是进化有很长的起点。”
该团队决定共同努力,确认凝聚素II的作用。但是随后发生了COVID-19疫情,世界上许多机构都关闭了。
“在无法进入实验室的情况下,我们只有一种方法来确定冷凝素II的作用。” “我们需要创建一个计算机程序,模拟凝聚素II对构成每个人类染色体的数亿个遗传字母链的影响。”
该小组求助于物理学教授José Onuchic等人。 “我们的模拟表明,通过破坏凝聚素II,可以使人的核重组为类似于蝇核的核。”
Brahmachari说:“我们从对20亿年的核进化进行了令人难以置信的广泛调查开始。发现这些归结为一个简单的机制,我们可以在试管中自行模拟和概括。这是通往新型基因组工程(3D)道路上激动人心的一步 !!”
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