植物病原体的生命之树

　　一个开创性的植物病原体在线资源已经被开发出来，旨在帮助全世界的研究人员识别、检测和监测嗜酸菌的种类。这些病原体引起了各种植物疾病，从19世纪40年代灾难性的爱尔兰土豆饥荒到正在影响西海岸橡树的橡树猝死。

　　这个创新的病原体"生命之树"提供了超过192个官方认可的物种的广泛信息，如它们的进化史和群体内的相互关系。此外，它还包括30多个非正式确认的分类群。该工具纳入了来自每个物种基因组内多个位置的基因序列数据，以及每个物种的全球位置、它们的植物宿主以及病原体居住在宿主植物内或宿主植物上的位置等关键细节。

　　北卡罗来纳州立大学植物病理学William Neal Reynolds特聘教授Jean Ristaino说："我们正在利用我的同事Ignazio Carbone开发的基于树的排列选择器（T-BAS）工具包，将所有已知的植物病菌物种放入一个活的'生命之树'中，研究人员可以将新出现的威胁物种放入开放的树中，并查看哪些群体正在扩大和演变"。他是PLOS ONE上描述该工具的论文的通讯作者。

　　来自智利的马铃薯植株展示了由Phytophthora引起的晚疫病的影响。资料来源：Jean Ristaino，北卡罗来纳州立大学

　　这个新工具将使研究人员能够实时更新植物疾病信息。

　　Ristaino说："预防疾病爆发的真正关键是在疾病爆发之前抓住信号，T-BAS可以作为疾病监测和弄清可能出现的下一个新品系的工具。研究人员可以查询这个数据库，该树将纳入新的物种"。他是北卡罗来纳州新出现的植物疾病和全球食品安全集群的负责人。

　　Phytophthora属的第一个物种，即"植物破坏者"，于1876年被描述和命名。噬菌体存在于空气、土壤和水中，可以对粮食作物、观赏植物和树木造成疾病。

　　北卡罗来纳州的博士生Allison Coomber说："自2000年以来，大约有150种新的嗜酸菌被鉴定出来，他和团队一起开发了这个工具。"

　　"这是一个异常庞大的植物病原体物种数量，"Ristaino说。"许多Phytophthora物种具有广泛的宿主范围，因此它们可以在更广泛的地区'移动'。"

　　Ristaino于2001年在《自然》杂志上发表了一篇论文，确定了造成爱尔兰马铃薯歉收的Phytophthora infestans菌株，他希望最终能将物理地图与T-BAS数据结合起来，以帮助在各州或国家之间提供更好的病原体监测。

　　Ristaino说："我们已经挖掘了所有已发表的关于Phytophthora的数据。合作和分享数据比保密要有意义得多"。

　　Ristaino补充说，Phytophthora T-BAS工具被放置在DeCIFR网络门户中，可通过北卡罗来纳州的综合真菌研究中心获得，该中心探索真菌及其在农业、动物、环境和人类健康系统中发挥的作用。关于访问该工具的进一步信息可以在Ristaino实验室的网站上找到。