测序仪性能知多少

　　2015年二代测序走得更远。因为测序价格下降，技术的提高，测序读长增大，研究人员开始利用二代测序和配套设备来更好的评估长范围的基因组信息。

　　DeciBio最近的市场报告显示， NGS对应的市场已经达到$ 24亿。并预计2019年将增长至 $ 45亿。临床应用将成为推动这一增长的主要原因，包括单细胞测序、人类基因组学以及NGS新的应用。

　　Pacific Biosciences推出Sequel测序仪和大量文献中所使用的Oxford Nanopore Technologies公司的纳米孔测序仪都说明了技术在快速发展。2015年，10X Genomics技术的出现更加激发了该领域专家们的热情。

　　此外，尽管Illumina公司在测序市场仍占据主导地位，但因为第三季度MiSeq和NextSeq的销售量低于预期值，因此它没能达到2015年预期营收。

　　Warp Drive Bio的首席科学家和Omics! Omics! Blog作者Keith Robison说，虽然他自己和一些人猜测2016年Illumina可能会有一个重大的公告，比如图示化的流式细胞仪，重新改进的MiSeq，和纳米孔测序装置，但今年的Illumina确实呈下滑趋势。

　　同时，最初BGI推出Revolocity，看起来要将Complete Genomics公司的技术商业化，期望能与Illumina的HiSeq X Ten相抗衡，但数月之后大反转-将其搁置一边，并表示将主攻桌面测序仪。

　　Thermo Fisher Scientific推出了基于离子流技术-离子S5，的新NGS系统，它主要应用于“即插即用”的靶标序列测序。该公司还继续发展基于AmpliSeq技术的targeted panels，尤其是癌症领域。往前看，靶向测序更可能成为该公司的商机，因为它一直项扩展质子仪器的目标努力。

　　DeciBio的报告说，它相信Thermo Fisher已经失去了市场份额。但由于“PII芯片的技术难题”，但由于该公司将重心转变到为临床的客户改善工作流程，因此它会继续成长与市场接轨，每年占有约17％的市场份额， DeciBio的合伙人Stephane Budel说。

　　总体而言，“Illumina公司仍将占主导地位，”他说，“但会有来自于其他在竞争公司的阻碍，这些竞争公司将占有一小部分的市场商机。”

　　它不是卷土重来

　　在过去的几年里，Pacific Biosciences一直稳步改善RSII仪器—读长，年测序量，生物信息和应用每年都在显著增加。然而，仪器的高标价-$ 695,000和体积都阻碍它被广泛采用。

　　不过，此次推出系列-将是RSII产出的七倍，同时费用降低到$ 350,000，体积仅为RSII的1/3-可能是“PacBio重返市场”的标志，华盛顿大学基因组学教授Jay Shendure告诉GenomeWeb。

　　PacBio预计在2015年售出10台仪器，其中使用到Sequel仪器大部分为罗氏公司。The Icahn Institute for Genomics 、 Multiscale Biology at Mount Sinai's Icahn School of Medicine 、 Baylor College of Medicine也订购了Sequel仪器。

　　如果Sequel “继续稳步改善，这将是非常显着的，以获得低成本-长读长的基因组研究，从而应用于更全面的突变检测，”Shendure说。仪器供应商可能根植于 “铂金品质的基因组学研究，”他定义为向人类参照基因组迈进。

　　英国癌症基因组学研究带头人James Hadfield在CoreGenomics博客中告诉GenomeWeb，如果PacBio继续改进它的加载效率和测序成本降低，它将可能是一个真正的竞争对手。 “如果我们在PacBio花费$ 5,000到基因组上，那就太棒了。”因为虽然测序基因组仍旧比Illumina仪器更贵一些，但它可以提供更大的长度范围和结构信息，他说。

　　罗斯林研究所ARK-基因组学领导人Mick Watson预计在未来的一年里，Illumina技术将完成更多的全基因组研究，通过利用Sequel，将得到一个“对突变体的结构有一个深入的了解”-“那些短读长技术所不能达到的，如HLA区域，重复元件，和着丝粒”。

　　此外，由于长读长在寻找结构性变化的优势，“我认为人们即将利用Sequel开始对癌症基因组测序，”他补充说。

　　不过，Sequel的成功将取决于数据的质量， the Broad Institute的Chad Nussbaum提到，这些还没有公开。

　　此外，作为Oxford Nanopore将继续发展其纳米孔测序技术，它可能盖过PacBio的风头。 “他们是在一只狗的打架，” Watson说，并补充说在长读长上的竞争是一件好事。

　　Oxford Nanopore的回应

　　Oxford Nanopore在近一年为纳米孔测序人员推出了早期使用方案。自那时以后，该方案的应用日益扩大。研究团队纷纷发表了大量的研究，证明该仪器在编辑基因组和微生物基因组测序的潜在价值，以及迅速扩展到环境方面和实验室外的应用。

　　NASA Johnson Space Center 研究人员正计划在2016年将纳米孔测序仪应用到空间站。最后，一??些研究人员认为，纳米孔测序仪可用于定点看护的测试-例如快速测试来诊断未知感染和实时爆发分析，例如，在西非埃博拉的爆发事件。

　　Oxford Nanopore对 “即将到来的有真正的热情”，Hadfield告诉G??enomeWeb。“在今年将有更多的数据出版出来显示这项技术，其实，它也可以用于感兴趣的研究”。

　　Oxford Nanopore是否将超过PacBio仍然有待观察。 “PacBio拥有一定的客户群和成熟的技术，”沃森说。纳米孔测序仪和扑面而来的PromethIon仍处于发展阶段，但Oxford的技术具有潜在“使一切都路出水面”的价值。

　　BGI的转变

　　华大基因六月宣布推出一款基于Complete Genomics公司技术的高通量测序仪-Revolocity。当时，Complete Genomics公司首席执行官Cliff Reid说，该仪器具有每年测序数万人类基因组的能力，将向Illumina的HiSeq X Ten看齐。该公司此前还获得三个顾客 - 荷兰Radboud大学医学中心，澳大利亚卫生服务中心和英国癫痫协会-尽管直到2016上半年，BGI并没有计划向客户展示仪器。