碱基编辑器的效能差异并构建可编辑致病突变数据库

　　近日，中国科学院上海营养与健康研究所杨力研究组与上海科技大学生命科学与技术学院陈佳研究组通过合作，系统揭示了一系列具有代表性的基因组碱基编辑器（baseeditor）的效能差异，并进一步构建了可利用20种已报道碱基编辑器进行编辑的人类疾病相关单碱基突变位点的数据库（BEable-GPS, Base Editable prediction of Global Pathogenic SNVs），相关成果以Comparison of cytosine base editors and development of the BEable-GPS database for targeting pathogenic SNVs 为题，于10月22日在线发表在国际学术期刊Genome Biology上。

　　由CRISPR/Cas基因编辑酶（如Cas9, Cpf1等）与胞嘧啶脱氨编辑酶（如APOBEC等）整合而成的胞嘧啶碱基编辑系统，可在单碱基水平实现高效率的靶向C-to-T编辑。理论上来讲，这种碱基编辑效果的实现不依赖于DNA双链切割活性，可避免对基因组造成损伤，因此具有较高的安全性，未来有望运用于人类疾病相关单碱基突变的定向矫正，在临床应用中拥有巨大的潜力。自胞嘧啶碱基编辑器2016年被首次报道以来，目前已有数十种改良版本被开发，它们分别由不同的基因编辑酶（如SpCas9, SaCas9, LbCpf1等）和不同的胞嘧啶脱氨酶（如rat APOBEC1, human APOBEC3A等）组成。但是，由于这些碱基编辑器作用位点的偏好性差异，目前尚未有研究对这些编辑器的效能进行系统性比较，同时，基因编辑领域中对不同碱基编辑器可作用的人类疾病相关单碱基突变位点也未见整合和总结。

　　在这项最新的合作研究中，科研人员首先对五种具有代表性的碱基编辑器（包括BE3，eBE-S3, BE4max, hA3A-eBE-Y130F和dCpf1-eBE）可共同编辑的单碱基位点进行了生物信息学分析，通过对这5种碱基编辑器在共同靶向位点的编辑效率和编辑产物纯度的系统研究，发现BE4max和hA3A-eBE-Y130F可实现最高的编辑效率；同时，由于hA3A-eBE-Y130F碱基编辑器整合了高催化活性的hA3A胞嘧啶脱氨酶，其在人类疾病相关突变位点的编辑能力最为突出。另一方面，由于dCpf1-eBE碱基编辑器整合了完全丧失DNA内切酶活性的dCpf1（dCas12a）基因编辑酶，其在碱基编辑过程中能产生最少的编辑副产物，因此具有最高的编辑产物纯度。为了更好地促进碱基编辑器在人类疾病相关突变位点的基础理论和潜在临床应用研究，科研人员收集整合了所有目前已知人类疾病相关突变位点的信息，并运用生物信息学算法预测了约20种碱基编辑器在这些突变位点的作用潜力（图）。预测结果显示，利用这些碱基编辑器可模拟产生约94.34%的疾病相关C-to-T单碱基突变，同时可纠正约94.28%的疾病相关T-to-C单碱基突变，相关信息以BEable-GPS数据库的形式供研究人员查询使用（http://www.picb.ac.cn/rnomics/BEable-GPS）。同时，该数据库还整合了对任意序列进行碱基编辑预测的服务功能，为碱基编辑器的广泛应用研究提供了计算生物学理论支持。

　　杨力长期从事核酸系统生物学及相关新技术拓展研究，近期通过大数据整合分析揭示了DNA/RNA碱基编辑及相关分子机制（Nat Struct Mol Biol 2018； Mol Cell 2018），并利用核酸编辑酶创建多种高效基因组碱基编辑新体系（Cell Res 2017； Nat Biotechnol 2018a； Nat Biotechnol 2018b）。该项研究成果在杨力和陈佳的共同指导下完成，受到了国家自然科学基金委、科技部基金的支持。杨力研究组2015级硕博连读研究生王滢和陈佳研究组2016级硕博连读研究生高润泽和研究助理吴晶为同等贡献共同第一作者。该研究使用的高通量测序数据由PICB Omics Core完成，并储存于PICB大数据中心（NODE: OEP000459）和NCBI（GEO: GSE136749）。

图：计算生物学方法预测可编辑的致病突变位点及BEable-GPS数据库构建。（a）可编辑的人类疾病相关单碱基突变位点的筛选流程。（b）判断人类疾病相关单碱基突变位点能否被碱基编辑器编辑的流程示意图。（c）统计20种碱基编辑器可编辑的人类疾病相关单碱基突变位点的数目。（d）BEable-GPS分析显示一个可编辑的人类疾病相关单碱基突变位点信息及相应单碱基编辑器的gRNA设计结果。