英国科学家找到检测癌症新突变特征

　　一个英国研究小组通过分析肿瘤和匹配的正常序列数据，检测到一系列新的突变特征，这些数据代表了通过基因组学英格兰 100,000 基因组计划 (100kGP) 分析的各种癌症类型。

　　正如他们周四在《科学》杂志上报道的那样，研究人员拥有超过 15,800 个匹配的 100kGP 肿瘤和正常样本的全基因组序列数据，这些样本来自通过英国国家卫生服务基因组医学中心登记的患者，重点关注来自 12,222 个前瞻性收集的基因组学的序列来自 11,585 名参与者的 19 种癌症类型的英格兰肿瘤。

　　他们还考虑了通过国际癌症基因组联盟分析的另外 3,001 个病例的基因组序列数据和由 Hartwig 医学基金会评估的 3,417 个转移性癌症病例的基因组序列数据。

　　在用于识别体细胞突变的生物信息学管道的帮助下，该团队追踪并分析了来自所考虑的每个受影响位点的肿瘤中数亿个 DNA 序列替换、小插入或缺失和重排，发现了 82 个单碱基替换突变标记和 27 个在肿瘤中具有一定频率范围的双碱基替换标记。

　　“每种癌症都有数千个突变，我们拥有前所未有的能力来寻找 NHS 患者的共性和差异，在此过程中，我们发现了 58 个新的突变特征并拓宽了我们对癌症的认识，”第一作者、医学遗传学研究员 Andrea Degasperi剑桥大学临床医学院及其早期癌症研究所在一份声明中说。

　　研究人员解释说，其中包括以前未报告的 40 个以单碱基取代为标志的突变特征，以及 18 个涉及双碱基取代的新突变特征。总之，这些突变特征反映了从过去暴露于诱变剂（如吸烟、紫外线、铂化疗或马兜铃酸）到 DNA 修复或其他细胞过程中的内源性错误的一切。

　　突变特征还提供了反映肿瘤起源组织的常见和更罕见的特征。虽然在所考虑的队列中出现了一组核心的常见突变特征，但该团队指出，增加样本量可以促进对相对罕见的突变特征的检测。

　　此外，突变特征提供了特定于肿瘤起源部位的见解，尽管有一些共同的突变贡献者。作者指出，在 100kGP、ICGC 和 Hartwig 医学基金会队列中代表的 16 种组织类型中，“来自不同队列中同一器官的特征比其他组织类型中的特征更相似，提供了令人放心的证据表明突变特征在每个器官中都具有高度可重复性，具有组织特异性，并且无论测序平台或突变调用算法如何都可以检测到。”

　　他们认为检测突变特征的能力可能有助于开发尚未开发的治疗目标、治疗策略和疾病管理选项，从而促进开发一种新的“特征拟合多步”（FitMS）算法，以可靠地发现肿瘤中的突变特征— 一种在 100 个模拟基因组序列中测试的方法，其中包含在乳腺癌中发现的几种常见或罕见的单碱基替换特征。

　　该研究的资深作者，隶属于剑桥大学和剑桥大学医院的基因组医学和生物信息学研究员 Serena Nik-Zainal 指出，突变特征“可以突出可能被特定药物靶向的异常情况，或者可能表明潜在的‘阿喀琉斯之踵’ ’在个别癌症中。”