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甲基化测序要躲哪些坑?甲基化检测的局限性剖析

表观组学研究滞后于基因组学是可以理解的。一方面,在分析碱基修饰或染色体活性之前,我们需要知道基因组的确切序列,即得到基因组的参考序列,在这个基础之上基因组的表观调控研究才能得以进行;另一方面,造成表观组学研究发展相对缓慢的一个重要原因,是目前支撑表观组学研究的技术手段都或多或少存在一定的局限性,限制了研究人员的思路;比如在DNA甲基化研究中,基于化学试剂-亚硫酸氢盐(BS)处理的转化技术仍然是该领域研究的主要方法,然而该技术产生的一系列问题(样本质量要求高,序列偏好等)也极大的影响了甲基化标志物在临床上的转化。图1:拟南芥和人类基因组甲基化图谱的部分研究成果接下来,我们先和大家分享一个多年前关于拟南芥甲基化研究的故事[1],其中,DNA甲基化测序技术所暴露出的问题,也将为目前液体活检等领域的应用提供借鉴和指导。因此,通过本文,希望各位在将来的精准医学实践过程中可以躲过这些“坑”。随着二代测序技术的发展,DNA甲基化研究取得了丰硕......阅读全文

甲基化测序要躲哪些坑?甲基化检测的局限性剖析

表观组学研究滞后于基因组学是可以理解的。一方面,在分析碱基修饰或染色体活性之前,我们需要知道基因组的确切序列,即得到基因组的参考序列,在这个基础之上基因组的表观调控研究才能得以进行;另一方面,造成表观组学研究发展相对缓慢的一个重要原因,是目前支撑表观组学研究的技术手段都或多或少存在一定的局限性,限制

RNA甲基化测序

1、NSUN2影响m5C在HEK293细胞中整体分布情况NSUN2被报道是RNA甲基转移酶,能使tRNAs和mRNA发生m5C甲基化修饰。为了探究NSUN2对HEK293细胞mRNA m5C甲基化修饰的影响。作者利用CRISP/Cas9技术敲减NSUN2(NSUN2-/-HEK293细胞)后进行

RNA甲基化研究深度剖析

  一、听说最近 RNA甲基化很火,它是何方神圣?   1、高分文章频现   说起近来的科研热点,RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一,亮点文章频出,着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的,就有高达 17 篇。

lncRNA启动子DNA甲基化/羟甲基化测序分析

技术优势:●   专注非编码RNA领域,完善的lncRNA启动子分析流程●   可与lncRNA表达谱芯片联合应用,实现平台间无缝对接●   可视化数据展示,提供paper级结果图表●   

lncRNA启动子DNA甲基化/羟甲基化测序分析综述

  技术优势:   ● 专注非编码RNA领域,完善的lncRNA启动子分析流程   ● 可与lncRNA表达谱芯片联合应用,实现平台间无缝对接   ● 可视化数据展示,提供paper级结果图表   ● 优化的IP实验方法,可信赖的检测平台及数据结果   介绍:    人类基因组中仅有

RNA甲基化研究深度剖析(一)

一、听说最近 RNA甲基化很火,它是何方神圣?1、高分文章频现 说起近来的科研热点,RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域最热门的方向之一,亮点文章频出,着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的,就有高达 17 篇。

DNA 甲基化测序常用方法

随着高通量测序技术(NGS)技术的发展,使我们能够从全基因组水平来分析 5’甲基胞嘧啶及组蛋白修饰等事件,由此能够发现很多传统的基因组学研究所不能发现的东西,这就是所谓的“DNA 甲基化测序”!DNA 甲基化测序方法按原理可以分成三大类: 1、重亚硫酸盐测序; 2、基于限制性内切

甲基化荧光PCR检测

       甲基化荧光检测(methylight)是利用荧光定量性PCR检测亚硫酸氢钠处理后的序列改变。在TaqManR技术中,可以使用3种不同的单核苷酸(正义引物、反义引物和荧光杂交探针),进行不同序列的检测。与已存在的技术相比,甲基化

甲基化荧光PCR检测

 甲基化荧光检测(methylight)是利用荧光定量性PCR检测亚硫酸氢钠处理后的序列改变。在TaqManR技术中,可以使用3种不同的单核苷酸(正义引物、反义引物和荧光杂交探针),进行不同序列的检测。与已存在的技术相比,甲基化荧光检测最明显的优点就是能同时对几百甚至几千例样品迅速检测。&

一次RNA甲基化测序的多项成果-云序RNA甲基化测序技术...-1

一次RNA甲基化测序的多项成果-云序RNA甲基化测序技术大公开文章导读RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程,目前对m6A RNA修饰的研究已进行的如火如荼,而除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达,其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修饰以及ac