宏基因组测序揭示神秘的生命领域
美国国家能源部Lawrence Berkeley实验室和加州大学伯克利分校的研究人员采用科罗拉多蓄水层的沉积物和地下水样本，通过宏基因组测序重建了二千五百多个微生物的基因组。这项研究发表在十月二十四日的Nature Communications杂志上，为人们揭示了地下世界惊人的生物学多样性，给生命之树增添了几十个新的分支。 微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。过去的微生物组研究主要是进行16S rDNA基因测序。随着测序成本的直线下降，针对整个菌群的宏基因组测序越来越受到青睐，因为这一技术能够提供更全面的基因组和功能信息。 这项研究获得的基因组覆盖了已知细菌类群的80%，对于一个特定地点来说这样的生物多样性相当惊人。研究人员还发现了47种新细菌并为它们一一命名。加上去年报告的35种细菌，研究人员使已知细菌的种类增加了......阅读全文
宏基因组及宏转录组测序揭示极端环境微生物的生态学作用
中山大学与千年基因合作应用宏基因组及宏转录组测序对极端环境酸性矿山废水（Acid mine drainage, AMD）中的微生物群落进行研究，相关成果于11月7日发表于The ISME Journal杂志。 本研究是继2012年11月发表于The ISME Journal杂志的微生物群落多样
迄今最久微生物基因组草图出炉
英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告，近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组，这个有48000年历史的微生物的基因组，是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图，研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。 尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲，从1
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
张文宏受聘南大！
7月2日上午，南京大学病毒与感染病研究所正式成立。国家传染病医学中心主任、复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏，被聘为兼职教授和名誉所长，并现场做了《人类传染病的过去现在及未来》的主题演讲。 演讲中，张文宏提到，从人类与传染病的斗争史来看，病毒将长期存在，今天有新冠病毒，明天可能还会有其他病毒
微生物所等发表植物基因组编辑研究综述
序列特异性核酸酶使得基因组编辑成为可能，快速推动了基础和应用生物学的发展。CRISPR-Cas9系统自出现以来，作为可转化植物的基因组编辑工具已得到广泛应用。CRISPR-Cas9对基因组靶位点进行定向切割，造成DNA双链断裂。DNA双链断裂主要通过两种高度保守的机制进行修复，即非同源末端连接
华大基因参与全球最大微生物基因组研究项目
华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称“EMP”)，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 EMP将对来自全球的20万个样本进
“万种微生物基因组计划”在深圳启动
由深圳华大基因研究院联合中国微生物领域顶尖研究机构、院校和企业组成的“万种微生物基因计划”，八月一日在深圳启动。 据悉，该计划是深圳华大基因研究院在“国际千人基因组计划”后启动的又一重大基因组计划，目前该计划的地位为亚洲第一、世界第三。 该计划预计在三年内完成一万种微生物物种全基因组
口腔、肠道微生物菌群元基因组关联分析
2015年7月28日，北京协和医院和华大基因等机构的研究人员共同合作完成了类风湿关节炎（RA）口腔和肠道微生物元基因组研究。本项研究揭示口腔和肠道微生物菌群异常是RA病理生理和疾控的重要环节，并且为元基因组学辅助的RA个性化诊疗方案提供基础。研究成果于今日发表在《自然医学》杂志。 RA是一种致
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
微生物宏基因组测序可以解释地球氮循环？
微生物（细菌和古细等）是全球生物地球化学循环的重要驱动者。阐明微生物生物地理分布及其驱动过程对于预测环境变化将如何影响生物地球化学循环非常重要。以往微生物生物地理学的研究常常聚焦在物种的层面。然而，越来越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能变化通常与其物种组成变化是解耦
张文宏：不是我说的
据东方网报道，12月20日下午开始，一段疑似张文宏的音频流传在微信朋友圈中，音频谈到当前新冠感染威胁、家庭防护推荐等多方面话题。但细心的网友发现，此段音频中包含有一些和张文宏医生之前观点相反的意见，甚至还有推销产品的嫌疑，因此，该段音频遭到质疑。这段音频是张文宏医生说的吗？张文宏向东方网回复：“不是
Cell重磅发布15万人体微生物基因组！－揭示微生物新物种
微生物宏基因组是当今世界最热门的科研领域之一。越来越多的研究表明，人体微生物发挥着重要的健康作用，但大部分多样性仍未得到充分探索，尤其是在除肠道以外的身体部位及非西方人群。 在今日发表在Cell期刊的一项研究中，由意大利特伦托大学Nicola Segata领导的研究团队利用来自不同地理位置、生
我国科学家参与全球最大微生物基因组研究项目
近日，深圳华大基因研究院宣布，我国科学家将参与全球最大微生物基因组研究项目，对来自全球的20万个样本进行环境DNA测序或宏基因组测序，从而建立一个全球性的基因图谱，并承担核心工作。该项目旨在全方位、系统性研究全球范围内微生物群落功能及进化多样性，以便更好地造福社会及人类。 与以往的微
中美携手合作“十万食源性病原微生物基因组计划”
5月28日，北京诺赛基因组研究中心（国家人类基因组北方研究中心）、北京师范大学、中国科学院微生物研究所与美国加州大学戴维斯分校在北京师范大学就“十万食源性病原微生物基因组计划”达成合作协议。据悉，中美双方将共同参与十万食源性病原微生物基因组计划的研发，建立重要的食源性致病微生物基因序列综合数据库
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA
基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀
中国科学家参与全球最大微生物基因组研究项目
中国科学家22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目(Earth Microbiome Project，EMP)，并承担核心工作。该项目旨在全面、系统地研究全球范围内的微生物群落的功能及进化多样性，以便更好地造福人类。 与以往的微生物研究有所不同，该项目的研究对象不仅仅集中于海洋和
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA
概 述 基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则
张文宏：莫忽视科研行为本身
“创新本身不能被预先设计，也没有既定的方向。”近日，在复旦大学管理学院医疗健康产业峰会圆桌对话环节，国家传染病医学中心主任、复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏，围绕“细胞与基因领域技术创新的产业化和国际化”主题，发表了自己的看法。 创新转化为什么有时候很快，有时候又很慢？张文宏认为，如果仅仅
研究发现锑氧化依赖的化能自养固氮过程
广东省科学院生态环境与土壤研究所研究员孙蔚旻团队发现了锑氧化依赖自养固氮的全新生物地球化学过程，同时利用DNA-SIP和宏基因组分箱确定了微生物红环菌科（Rhodocyclaceae）和根瘤菌科（Rhizobiaceae）参与此过程。相关研究发表于Environmental Science &
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA（二）
5. 仔细移取上清液至另一50ml离心管,加入1倍体积异丙醇,混匀,室温下放置片刻即出现絮状DNA沉淀。 6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用钩状玻璃棒捞出DNA絮团,在干净吸水纸上吸干,转入含TE的离心管中,DNA很快溶解于TE。 7. 如DNA不形成絮状沉淀,则可用500
微生物所在古菌基因组复制起始领域取得新进展
基因组复制是生命得以存在和延续的最重要和最基本的遗传过程。与细菌染色体通常只有一个复制起点不同，真核生物和许多古菌的染色体均具有多个复制起始位点。这些复制起始元件可能具有不同的活性以适应体内外环境的变化，如在真核生物中普遍存在休眠状态的复制起始位点，如何解析这些休眠复制起点的激活机制及
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA（一）
基因组DNA的提取概 述基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DN
张文宏等获评2020“最美教师”
为热烈庆祝第36个教师节，由中宣部、教育部、中央广播电视总台举办的“闪亮的名字——2020寻找最美教师”发布仪式日前在京举行。在发布仪式上，公布了10位最美教师、1个最美教师团队的先进事迹。 荣获2020年“最美教师”称号的教师有：复旦大学教授张文宏，中国人民大学教授王易，北京航空航天大学教
张文宏称新冠已成常驻病毒
我们都知道新冠肺炎病毒已经存在长达大半年之久了，但是病毒依旧还在传染并未消停，更有消息表示新冠肺炎病毒以后将会成为常伴的病毒，近来张文宏称新冠已成常驻病毒跟着小编一起来看看是怎么回事吧! 转眼已是秋冬季，全球已与新冠病毒抗争了大半年。在预测第二波疫情成为必然、疫情还要延续相当长的时间之后，复旦
南京疫情跨省传播，@张文宏医生－解读！
7月29日凌晨，@张文宏医生 在微博上发声： 南京疫情促使全国经受压力测试，为未来疫情防控提供更多思考。 近期南京疫情跨省传播，成为输入性疫情引发国内传播的新模式。在严格管控疫情和加速疫苗接种的今天发生多省疫情扩散引发公众对于未来的巨大不安，这份不安其实来自对于未来巨大不确定性的不安。 1
刘宏涛：做科普当先立品牌
金秋十月，中国科学院武汉植物园一年一度的“斗菊”大赛又进入了白热化的阶段。 “我们每年都到社区里去，给老百姓赠送菊苗。到秋天举办菊花展时，市民再把自己养的菊花带过来，参加我们的斗菊擂台赛。”中科院武汉植物园园艺中心主任刘宏涛说，“几年下来，这个活动已经发展成很受欢迎的品牌。” 200
刘畊宏新书：别让健康走错路
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/506304.shtm8月8日是我国第15个全民健身日，“全民健身，练就对了”新书首发发布会暨全民健身日活动在北京举办，活动邀请《练就自由：开启无限可能的人生》（以下简称《练就自由》）作者、健身教练刘畊宏和