宏基因组及宏转录组测序揭示极端环境微生物的生态学作用
中山大学与千年基因合作应用宏基因组及宏转录组测序对极端环境酸性矿山废水（Acid mine drainage, AMD）中的微生物群落进行研究，相关成果于11月7日发表于The ISME Journal杂志。 本研究是继2012年11月发表于The ISME Journal杂志的微生物群落多样性研究成果后，中山大学与千年基因合作在极端环境微生物研究中取得的进一步成果。在前期的研究中，研究者应用454平台对59个理化差异较大的AMD样本进行16S rRNA测序，测序结果结合理化因素的分析首次揭示了环境因素的变化是极端生境中微生物群落组成差异的主导因素，其中pH影响最为显著。 16S rRNA测序只能揭示微生物群落中各成员多样性的组成情况，为了进一步研究AMD中微生物的潜在代谢功能及活跃菌种的情况，本研究对整个微生物群落的基因组序列进行宏基因组测序。分别构建插入片段为500bp及2Kb的文库，应用HiSeq 2000平台测序......阅读全文
华大基因参与全球最大微生物基因组研究项目
华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称“EMP”)，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 EMP将对来自全球的20万个样本进
微生物所等发表植物基因组编辑研究综述
序列特异性核酸酶使得基因组编辑成为可能，快速推动了基础和应用生物学的发展。CRISPR-Cas9系统自出现以来，作为可转化植物的基因组编辑工具已得到广泛应用。CRISPR-Cas9对基因组靶位点进行定向切割，造成DNA双链断裂。DNA双链断裂主要通过两种高度保守的机制进行修复，即非同源末端连接(
研究揭示功能基因缓解大豆铝毒害的微生物机制
近日，华南农业大学农学院教授年海团队在功能基因缓解大豆（Glycine max L.）铝毒害的潜在微生物机制方面取得新进展。相关研究发发表于Journal of Hazardous Materials。刘灵锐为该论文第一作者，年海、马启彬和连腾祥为共同通讯作者。植物抗性基因可以影响根际微生物群落结构
Nature肠道微生物研究争论：是环境，还是基因影响更大？
关于对微生物组成的相对影响以及微生物对疾病的影响，到底是宿主遗传学，还是环境作用更大，一直都是肠道微生物研究的争论热点。 一项最新研究指出，环境在确定人类肠道微生物群的组成方面起着比宿主遗传学更大的作用。这一研究发现，在预测人类特征（如胆固醇水平或肥胖）时，将微生物组学特征纳入评估标准，能使得
人类肠道微生物基因集－为研究提供精准数据支持
7月7日，由华南理工大学生物科学与工程学院博士研究生李俊桦为第一作者，与深圳华大基因研究院、丹麦哥本哈根大学等单位共同合作完成的《人肠道微生物组参考基因集》研究成果在《自然—生物技术》上发表。这是“华工—华大”基因组科学创新班学子在国际顶级学术期刊上以第一作者身份发表的第二篇文章。 据介绍，人
退化土壤中微生物类群和功能基因的研究
研究背景土壤退化是一个及其严重的全球问题，长期连作和滥用化肥会造成土质变差。全球范围内，每年约有40%的农业土壤发生严重退化，24%的土壤仍在持续恶化。在中国，农业化肥的滥用导致土壤退化，造成土壤养分失衡、土壤酸化、污染物积累和生物多样性下降等现象。但是关于土壤微生物群落对土壤退化及生态系统功能的反
微生物所在人体肠道细菌耐药基因研究方面取得进展
人体肠道中栖息着种类繁多的微生物，其数量超过人体自身细胞的10倍以上。这些微生物的基因组中(microbiome)蕴含大量的遗传信息，被称为是“人体的第二个基因组(the second genome of human body)”。人体肠道微生物对人体肠道内营养物质的代谢、人体自身的发育
研究人员构建人类阴道微生物基因组库
6月21日，深圳市宝安中医院（集团）副院长黄链莎、转化医学中心助理研究员孙文与大连医科大学副教授鄢秋龙等课题组的最新合作成果发表于《自然—微生物学》。人类女性阴道是一个包括细菌、真菌和病毒在内的复杂微生态系统，各微生物之间是相互制约、相互作用、相互依赖、对立统一的关系，其间的平衡关乎女性生殖健康及胎
退化土壤中微生物类群和功能基因的研究
研究背景 土壤退化是一个及其严重的全球问题，长期连作和滥用化肥会造成土质变差。全球范围内，每年约有40%的农业土壤发生严重退化，24%的土壤仍在持续恶化。在中国，农业化肥的滥用导致土壤退化，造成土壤养分失衡、土壤酸化、污染物积累和生物多样性下降等现象。但是关于土壤微生物群落对土壤退化及生
退化土壤中微生物类群和功能基因的研究
研究背景 土壤退化是一个及其严重的全球问题，长期连作和滥用化肥会造成土质变差。全球范围内，每年约有40%的农业土壤发生严重退化，24%的土壤仍在持续恶化。在中国，农业化肥的滥用导致土壤退化，造成土壤养分失衡、土壤酸化、污染物积累和生物多样性下降等现象。但是关于土壤微生物群落对土壤退化及生
我国科学家参与全球最大微生物基因组研究项目
近日，深圳华大基因研究院宣布，我国科学家将参与全球最大微生物基因组研究项目，对来自全球的20万个样本进行环境DNA测序或宏基因组测序，从而建立一个全球性的基因图谱，并承担核心工作。该项目旨在全方位、系统性研究全球范围内微生物群落功能及进化多样性，以便更好地造福社会及人类。 与以往的微
微生物果胶酶基因
近10年来，已从不同属的真菌、细菌和放线菌中克隆和测序的果胶酶基因至少有70个(表1)，其中来自真菌的超过40个，且大多是多聚半乳糖醛酸酶基因。从中克隆到果胶酶基因的真菌主要有曲霉菌、炭疽菌、镰刀菌和灰霉菌等。例如目前已从黑曲霉(Aspergillus niger)中克隆到6个多聚半乳糖醛酸酶基因，
微生物所多粘菌素耐药基因mcr1的比较基因组研究获进展
12月17日，国际学术期刊《柳叶刀感染性疾病》杂志在线发表了中国科学院微生物研究所病原室研究员朱宝利课题组对多粘菌素耐药基因mcr-1的比较基因组分析通讯文章。 11月18日，华南农业大学教授刘健华和中国农业大学教授沈建忠领导的团队在《柳叶刀感染性疾病》杂志发表文章，在动物和住院患者中发现多粘
微生物所多粘菌素耐药基因mcr1的比较基因组研究获进展
12月17日，国际学术期刊《柳叶刀感染性疾病》杂志在线发表了中国科学院微生物研究所病原室研究员朱宝利课题组对多粘菌素耐药基因mcr-1的比较基因组分析通讯文章。 11月18日，华南农业大学教授刘健华和中国农业大学教授沈建忠领导的团队在《柳叶刀感染性疾病》杂志发表文章，在动物和住院患者中发现多粘
研究揭示植物抗病基因与根际微生物群落新型关系
近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜病害防控创新团队揭示了抗病基因（R基因）可重塑植物根际微生物群落，并通过招募有益微生物作为核心微生物种群，构建更加稳定和复杂的微生物网络结构，从而提高植物抗病性的新机制。相关研究结果发表在《微生物组》(microbiome)上。接种NA13的植株（左）可提高植物
微生物基因有助昆虫生存繁衍
数亿年前，微生物和植物可能通过水平基因转移将基因传递给了昆虫，从而给昆虫带来了进化优势。浙江大学与美国范德堡大学科学家合作发现，蝴蝶、飞蛾等218种昆虫的1400多个基因来自细菌、病毒、真菌和植物。这项研究认为，这些基因可能对昆虫的进化至关重要，使它们在交配、营养、生长和适应环境变化等方面发展出有益
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
深圳华大基因研究院揭示女性生殖系统中微生物群
近日，深圳华大基因研究院贾慧珏研究组在《自然—通讯》发表文章，报告了女性生殖系统（从阴道到输卵管）中存在特殊微生物群。这些发现挑战了人类胚胎发育在无菌环境下开展的传统观点。该研究还表明这些微生物群落中的变异与某些子宫病症相关，或许能用作某些疾病的生物标记。 已知阴道中有大量微生物，但在无感
微生物所在H7N9病毒致病基因方面取得研究进展
2013年3月在我国出现了一种新型H7N9亚型禽流感病毒，是典型的低致病力禽流感病毒。感染该病毒的家禽没有明显的临床症状，病毒仅可以在家禽的上呼吸道有限复制。然而，这种新型的H7N9病毒对人类却表现出了强劲的致病力。截至目前已报道有453例感染病例，其中175例死亡，病死率高达38.6％。作为一
赵立平专访：人类微生物组研究，解密人体第二基因组
2007年12月美国《科学》杂志预测：人体共生微生物的研究将可能是国际科学研究在2008年取得突破的7个重要领域之一。就如何研究共生微生物与人体健康的关系等问题，4月刚刚出席了巴黎国际人类微生物组研究联盟筹委会会议的上海交通大学生命科学技术学院教授赵立平接受了《科学时报》的采访。 深圳华大基因
微生物所在链霉菌启动子元件和内参基因研究中获进展
链霉菌是重要的抗生素产生菌，对链霉菌进行代谢工程和合成生物学改造需要大量不同强度的启动子元件。然而，前期链霉菌只有一个组成型启动子ermEp* 被广泛应用。中国科学院微生物研究所杨克迁课题组在2013年开发了活性明显高于ermEp* 的强启动子kasOp*（Appl. Environ. Micr
中科院微生物所在细菌耐药基因组学研究获进展
中科院微生物所朱宝利课题组在细菌耐药基因组学研究中的最新进展，研究首次以基因组学大数据为依托，深入解析了耐药基因在细菌间的传播网络和规律，对深入认识细菌耐药性的进化、细菌耐药的形成机制等具有重要意义。成果近日在线发表于《应用与环境微生物学》，并将于第82卷22期以“封面故事”形式发表。副研究员
聚焦微生物研究（系列三）
BLU-V Viability PMA Kit、BLU-V 系统和 BLU-V Incubation Box（孵育盒）共同组成了 BLU-V 产品套装。它们组合在一起，为您提供了一个开始活菌 PCR 应用的简化工作流程。BLU-V Viability PMA KitBLU-V Viability P
聚焦微生物研究（系列二）
活菌 PCR 是一项崭新的技术，能够选择性地扩增存活细胞的 DNA。这使得研究人员能够快速、可靠地区分存活和死亡细胞，而不再依赖耗时的培养方法进行判断。传统 PCR 法的缺陷传统 PCR 法的一个主要缺点就是无法分辨存活和死亡的微生物。这会导致误导性结果的生成，例如高估污染水平。此外仅对于存活微生物
聚焦微生物研究（系列一）
适用于您微生物学应用的活菌 PCR 技术对存活微生物实施快速、敏感和特异性检测是许多微生物学研究和质控对照领域的基本需求。real-time PCR 等基于 DNA的扩增技术能够提供所需的速度和特异性。活菌 PCR 是微生物学研究的新一代技术，它将细胞的存活信息与 PCR 类检测法的速度和
华大基因构建全球首个小鼠肠道微生物参考基因集
2015年9月28日，中国深圳—深圳华大基因研究院、哥本哈根大学等研究机构共同构建了全球首个小鼠肠道微生物参考基因集，为以小鼠为基础的人类疾病模型研究提供有益参考。最新研究成果今日在线发表于《自然生物技术》。 人类的肠道中居住着种类繁多，数量惊人的微生物，而在这些微生物中，细菌的比例高达90%
微生物基因检测——基因检测新蓝海产业简析
一、抗生素“退潮”，抗生素“精准应用”成难题 1. 高昂的研发成本及不匹配的市场前景，曾拯救全人类的抗生素正在被众多药企“抛弃”。 2018年6月，美国FDA批准Achaogen新一代氨基糖苷类抗生素Plazomicin用于治疗成人复杂性尿路感染，包括由肠杆菌科细菌、假单胞菌属等引起的肾盂肾
首个草鱼肠道微生物基因目录构建
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515836.shtm10日，记者从中国农业科学院获悉，该院饲料研究所水产微生物与饲料创新团队成功构建了首个草鱼肠道微生物基因目录。该成果日前发表于国际期刊《微生物组》。肠道菌群在鱼类的新陈代谢过程和免疫系
中科院微生物所等在油棕基因组学研究获进展
中科院微生物所叶健课题组与中科院外籍院士、美国洛克菲勒大学教授蔡南海和新加坡淡马锡生命科学研究院教授岳根华等人合作，完成了高产母本厚壳Dura基因组的高质量的序列测定和多个种质资源的基因组重测序以及进化分析。研究为油棕分子辅助育种和基因组编辑抗性育种工作奠定了坚实基础，对日趋竞争激烈的全球食用
中科院应用微生物研究网络农业微生物研究中心启动会召开
近日，中国科学院应用微生物研究网络农业微生物研究中心启动会暨学术研讨会在武汉召开。本次会议由农业微生物研究中心依托单位中国科学院武汉病毒研究所主办。上海交通大学邓子新院士，中科院生物局副局长苏荣辉，生物局工业生物技术处处长邢雪荣、副处长刘斌，应用微生物研究网络总中心主任