2013新一代测序仪将走向何方

　　尽管今年的摩根大通保健大会没有出现去年的新品频发的盛况，但新一代测序仪仍在不断进步。读长、准确性、通量、软件，无一不在变化，让测序更高、更快、更强。

　　Illumina公司在2012年第三季度推出了HiSeq 2000的升级版――HiSeq 2500。它是Illumina第一台特有两种运行模式的测序系统，包括快速运行和高产量运行模式，可使用一个或两个流动槽，相当灵活。据 Illumina介绍，今年下半年会实现快速运行模式下对2x250 bp读长的支持，这样就能够在大约60小时内获得300 Gb。

　　同时，Illumina的个人型测序仪MiSeq很快也将支持2x300 bp末端配对读取，产生15 Gb测序数据。不过，更为劲爆的消息在后面。Illumina在收购长读取测序公司Moleculo之后，很快将提供新的文库制备试剂盒及分析软件，这有望使Illumina测序仪的读长达到10 kb。

　　据Illumina市场部人员Abizar Lakdawalla介绍，10 kb读取的一致准确性是Q50。他表示：“目前还没有一种技术能同时实现长读取和超高准确性。因此你能够轻松地开展大型基因组的de novo测序，分析复杂的宏基因组。”长读取技术首先将作为一项服务提供，之后会推出试剂盒，让用户在Illumina现有测序仪上实现。

　　另一家提供长读取的是罗氏旗下454生命科学。GS FLX+系统，再加上其最新软件(v2.8)能产生1,000 bp或以上的读取。超长读取更易于检测复杂基因组的全新变异，可对基因组、转录组和宏基因组学研究中一些测序困难的区域进行分析。据介绍，2.9版本的软件将在今年上半年推出，实现超长读取的扩增子测序。

　　在目前的测序仪中，一提起读长，PacBio便笑了。从上市伊始，PacBio RS系统一直有着傲视群雄的读长。最初是1,000 bp，之后是3,000 bp。去年底，Pacific Biosciences发布XL系列超长测序试剂，使平均读长达到5,000 bp，其中5%的读长将超过13,000bp，最长超过20,000bp。据公司CTO Steve Turner介绍，到今年年底，这些数字可能再翻倍。

　　Life Technologies也于去年9月推出了新款测序仪Ion Proton。它有着目前最快的新一代测序流程以及最快的测序运行时间，在Ion PI™ 芯片上2-4小时内完成外显子组和转录组测序。Ion PI™ 芯片产量达10 Gb，读长达200 bp，一致准确性与PGM相当。据介绍，Ion PII™芯片将在今年上半年推出，每次运行可带来一个人类基因组，覆盖度达20倍。

　　当然，为了促进NGS在临床中的采用，样品制备的过程必须简化和加速。Illumina最新发布了一系列样品制备的新品，其中TruSeq DNA PCR-Free试剂盒让样品制备不再需要PCR，从而降低了文库偏向，带来了出色的数据质量。这能够缩短流程，对最具挑战性的区域进行测序，并检测大量的变异。

　　同时，Life Tech也发布了两款自动化模板制备仪器：Ion OneTouch™ 2系统和Ion Chef™系统。Ion OneTouch™ 2系统适用于中等通量需求的实验室，而Ion Chef™ 系统则是一款高端产品，适用于高通量需求的实验室。Ion OneTouch™ 2 仪器可扩展，支持Ion PI™ 和Ion PII™ 芯片。Ion Chef™系统预计在今年上半年发售。

　　不久之后，AGBT 2013将会如往常一样在佛罗里达州马可岛召开。测序公司以及各大研究机构的代表将会介绍测序方面的进展。然而，令人失望的是，Oxford Nanopore Technologies公司将缺席今年的AGBT会议。这是否意味着，我们要了解纳米孔测序的最新进展，还需要耐心等待。