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真核生物细胞器基因组包括线粒体和质体（包括叶绿体、白色体等）的全部DNA分子，是细胞质遗传的主要载体。在动植物和真菌的单个细胞内，有多个（甚至成千上万个）细胞器基因组单元的拷贝，使得利用低覆盖度的全基因组测序数据组装得到完整的细胞器基因组成为可能。随着DNA高通量测序技术的发展，测序成本下降，低覆盖度的全基因组测序数据得以大规模产生，如何快速、准确地组装细胞器基因组对后续生物学问题的研究非常重要。细胞器基因组序列在研究真核生物系统发育、谱系地理、杂交和物种鉴定等方面具有重要价值。自1986年Shinozaki等破解烟草叶绿体基因组以及近年来二代测序技术的发展，质体系统发育基因组已成为解析植物系统发育关系的手段之一。 中国科学院昆明植物研究所植物多样性与基因组学团队李德铢研究组和伊廷双研究组，关注基于植物质体基因组的系统发育、基因组结构演化和DNA条形码研究，发展基于质体基因组数据分析的研究体系，并取得重要进展（Ma et ......阅读全文
莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii）是一种非常有价值的真核模式生物，被广泛用于与光合作用、呼吸作用、脂类合成、细胞运动（生物鞭毛）、非生物胁迫等生物学过程相关的功能研究（图1）【1】。长期以来，通过同源重组将外源基因插入是敲除莱茵衣藻基因的主要方式，与外源基因的随机插入