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来自加州大学伯克利分校、德国马克斯普朗克生物物理化学研究所的研究人员揭示出了为识别靶DNA，预先组织形成的一种Cas9-导向RNA(gRNA)复合物的构象。这项研究发布在近期的《科学》(Science)杂志上。 文章的通讯作者是加州大学伯克利分校的Jennifer A. Doudna博士。Doudna是CRISPR技术的共同开发者，曾因这一技术获得了“生命科学突破奖”（Breakthrough Prize），是CRISPR专利的有力竞争者。 CRISPR序列源于原核生物的一种获得性免疫系统，协同Cas（CRISPR-associated）蛋白家族参与抵抗噬菌体或其他病毒的二次感染，广泛存在于细菌和古细菌中。目前已发现三种不同类型的CRISPR/ Cas系统，比较常见的是II型CRISPR/ Cas获得性免疫系统。 在II型CRISPR/ Cas系统中，成熟的crRNA与反式激活的crRNA（tracrRNA）形成双链R......阅读全文
计算方法一直在蛋白质设计中发挥重要作用。本工作主要集中在搜索蛋白质序列空间，以找到一条或数条与已知结构和功能相容的蛋白质序列。在期望的功能和结构限制下，概率性计算方法为所容许的氨基酸变化范围提供信息。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。实验步骤蛋白质设计中的概
采用计算方法的组合式蛋白质设计策略 实验步骤 蛋白
实验步骤 蛋白质设计中的概率性方法是提供在一个特定的蛋白质结构中对某氨基酸（出现）在一指定位点的概率估计。这里，我们讨论几种估计这些概率的方法并将重点放在直接解出这些概率的基于熵的自洽公式。2.1 关联序列的比对蛋白质结构的序列可变性可用序列和结构数据库来探讨。已知折叠为非常相似结构的序列可以从蛋白
一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质，基因规定了组成蛋白质的氨基酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成，但是，它们只有折叠成特定的空间构象才能具有相应的活性和相应的生物学功能。了解蛋白质的空间结构不仅有利于认识蛋白质的功能，也有利于认识蛋白质是如何执行其功能的。确定蛋白质的结构对于生物
实验概要本实验分别从拟南芥、水稻和杨树基因组中鉴定出了11, 14和11个TLP基因。通过系统进化树分析了这三个植物物种中TLP基因的进化关系。通过分析TLP基因的染色体位置分析了在三个物种中的基因重复扩张的模式。利用针对进化距离的相关分析对F-box和TUB结构域的协同进化规律进行了分析。
三、装备制造业 (一)基础机械 1. 机械基础零部件抗疲劳、长寿命制造的纳米技术 主要技术内容： 纳米基础技术研究，包括提高纳米金属陶瓷镀层与基体结合强度试验研究，纳米金属陶瓷镀层技术与构件喷丸强化、热处理技术的复合应用研究，纳米金属陶瓷电沉积对微裂纹修复技术研究，纳
实验概要类CPP基因家族(CPP-like gene family)属于一类成员数目较少的基因家族，该基因家族成员编码的蛋白质序列含有一到两个富含半耽氨酸的结构域，即CXC结构域。该基因家族在植物和动物中广泛存在，但是没有在酵母中发现。为了解CPP-like基因家族在植物中的进化规律，本研究
线索化模型产生的背景及发展上面已经提到，两个自然进化的蛋白质如果具有30%的等同序列，则它们是同源的蛋白质，具有基本相同的三维结构。那么，其余的是否就不是同源的呢？实际并非如此。在最新的蛋白质数据库PDB中，有上千对蛋白质具有同源的空间结构，但它们的序列等同部分小于25%，即远程同源。许多结构相似的
1. DNASIS 2.5 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，
早期，由于数据的缺乏，预测方法多基于单条序列。随着序列和结构数据的增加，人们的研究转向同源序列分析，充分利用隐藏在同源序列中的结构信息，使得结构预测的准确率得到了较大的提高。同源分析的基础是序列比较，通过序列比较发现相似的序列，根据相似序列具有相似结构的原理，将相似序列（或者序列片段）所对应的二级结
常用生物软件（windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0
自DNA重组技术和蛋白亲和纯化方法问世以来，研究人员利用蛋白异源表达纯化技术与X射线晶体衍射学方法解析了大量蛋白的高分辨结构，极大地丰富了我们对细胞中各种重要生命过程分子机制的认知【1】。然而这种方法需要大量高纯度蛋白样品，无法应用于异源系统表达量较低或或不易结晶的蛋白样品，比如大的蛋白复合物。
来自美国加州大学旧金山分校药理化学系，得克萨斯农工大学（Texas A&M University），Albert Einstein 医学院的研究人员利用一种变通的分子对接方法（一种用来寻找潜在药物的计算机辅助的模拟方法），设计出一种根据结构来预测某种具有未知活性的酶的功能的方法。如果这一新方
为了保证新合成的分泌蛋白和膜蛋白能够到达它们正确的目的地，这些蛋白一般都会带有一段信号序列作为一种运送标签。除此之外，它们还会利用信号识别颗粒将其导向到细胞膜。在最近发表在国际学术期刊Nature Communication的一项科学研究中，研究人员通过结构生物学的方法证明了信号识别颗粒是如何识
截至2019年12月23日，中国学者在Cell，Nature及Science在线发表了107篇文章（2019年的Cell ，Nature 及Science 已经全部更新），iNature团队对于这些文章做了系统的总结： 按杂志来划分：Cell 发表了31篇，Nature 发表了44篇，Scie
一直以来，科学家们都希望能够设计出新一代的药物来对抗一系列致命的疾病。理解细胞表面的一类特殊蛋白（即药物靶点）是实现这一目标的关键挑战之一。 4月5日，发表在Nature杂志上题为“Structural basis for selectivity and diversity in angiot
人工神经网络是一种复杂的信息处理模型。随着神经网络研究的兴起，科学家们也将神经网络用于生物信息学，其中包括二级结构的预测、蛋白质结构的分类、折叠方式的预测以及基因序列的分析等等。将神经网络用于二级结构预测的最早是由Qian和Sejnowskit提出的，他们受到神经网络在文字语言处理方面应用的启发，将
一蛋白质数据库 1.UniProt (The Universal Protein Resource) 网址：http://www.uniprot.org/ http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞
根据一项新的研究，从多种环境中收集的DNA序列数据有助研究人员构建出600多种蛋白家族的三维结构模型，而在此之前，它们的结构是未知的。这些宏基因组数据能够让人们在多种物种之间进行蛋白序列比较，从而允许利用统计学力量预测这些之前不可能预测的蛋白结构。相关研究结果发表在2017年1月20日那期Sci
在蛋白质组学分析方法中，质谱获得的是多肽序列结构的信息；那么用质谱是否可研究大分子蛋白的结构信息？近几年来，董梦秋实验室在中国做出了多项先驱性工作，主要集中在化学交联质谱领域。在用单颗粒冷冻电镜技术研究结构生物学屡创佳绩的当下，很多研究者都把样品一分为二，一份做冷冻电镜，一份做交联质谱。那么交联
截止2020月7月27日，中国学者在Cell，Nature 及Science 发表了共计102项生命科学的研究成果，其中新冠肺炎领域占了近一半（共43篇）。iNature系统总结了这些研究成果： 按杂志来划分：Cell 发表了30篇，Nature 发表了45篇，
分析其实也属于技术的一部分，且在蛋白质组学研究中显得尤为重要，因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的，而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性，因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。
近日，刊登在Nucleic Acids Research杂志上的一项研究报告中，来自瑞典于默奥大学（Umea University）的研究人员通过研究发现，在裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)细胞中含量鸟嘌呤的特殊DNA序列或可形成四链DNA结构，而且运动蛋白Pfh1
蛋白质结构预测的生物学意义生物信息学研究的一个主要目标是了解蛋白质序列与三维结构的关系，但是序列与结构之间的关系是非常复杂的。人们已经掌握了一些蛋白质序列与二级结构之间的关系，但是对于蛋白质序列与空间结构之间的关系了解得比较少。预测蛋白质的二级结构只是预测折叠蛋白的三维形状的第一步。一些结构不是很规
一、葡萄糖转运蛋白GLUT1-4的结构与机理研究 10月18日，清华大学医学院教授颜宁研究组在Nature以Research Article的形式发表了题为Crystal structure of a bacterial homologue of glucose transporter
一、葡萄糖转运蛋白GLUT1-4的结构与机理研究 10月18日，清华大学医学院教授颜宁研究组在Nature以Research Article的形式发表了题为Crystal structure of a bacterial homologue of glucose transporter
一、葡萄糖转运蛋白GLUT1-4的结构与机理研究 10月18日，清华大学医学院教授颜宁研究组在Nature以Research Article的形式发表了题为Crystal structure of a bacterial homologue of glucose transporter
结构： 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB：分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook
来自巴西圣保罗州立大学（UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA），美国纽约州立石溪大学（Stony Brook University），以及中科院长春应用化学研究所电分析化学国家重点实验室（State Key Laboratory of Electroanalytical Ch
【分子伴侣】 1978 年,Laskey 在进行组蛋白和DNA 在体外生理离子强度实验时发现,必须要有一种细胞核内的酸性蛋白———核质素(nucleoplasmin) 存在时,二者才能组装成核小体,否则就发生沉淀。据此Laskey 称它为“分子伴侣”。分子伴侣是指能够结合和稳定另外一种蛋白质的