上海药物所对BACE1关键区域flap区域进行研究
上海药物所通过晶体学以及分子动力学模拟对BACE1关键区域flap区域进行研究 b-分泌酶BACE1(b-site amyloid precursor protein-cleaving enzyme 1)是切割淀粉样前体蛋白APP产生阿尔茨海默病病理特征老年斑的主要成分b-淀粉样多肽的限速酶，是目前研究治疗阿尔茨海默病药物的重要靶标。已有晶体结构表明，BACE1底物结合口袋巨大且柔性较大，因而造成寻找其非肽类的小分子抑制剂十分困难。如何充分考虑底物结合口袋的柔性，对设计和改造获得高效抑制剂非常重要。 中科院上海药物研究所许叶春课题组成员测定了同一抑制剂与不同晶形条件下BACE1的不同复合物结构，分析所有PDB库中的BACE1及其与抑制剂的复合物晶体结构，并对特定晶形条件的BACE1进行分子动力学模拟，模拟其在结晶条件下构象变化。研究结果表明，BACE1活性口袋周围的三个loop柔性很大，其中flap......阅读全文
上海药物所对BACE1关键区域flap区域进行研究
上海药物所通过晶体学以及分子动力学模拟对BACE1关键区域flap区域进行研究 b-分泌酶BACE1(b-site amyloid precursor protein-cleaving enzyme 1)是切割淀粉样前体蛋白APP产生阿尔茨海默病病理特征老年斑的主要成分b
研究揭示分子伴侣的动力学机制
3月20日，国际期刊《美国国家科学院院刊》（PNAS）在线发表了中国科学院生物物理研究所柯莎（Sarah Perrett）研究组题为Kinetics of the conformational cycle of Hsp70 reveals the importance of the dynami
使用分子动力学模拟红外光谱
化学中经常用红外光谱来分析溶液的组成和变化，因为某些分子基团有红外特征指纹。问题是，溶剂和溶质的峰常常叠在一起，分析起来甚是棘手。所以，我们可以借助于分子动力学模拟来模拟溶剂的红外光谱，以便帮助分析整个溶液的红外光谱。 要想计算一种物质的红外光谱，最简单的方法是用量子化学计算气相中的一个单分子
单分子高速AFM：每秒50帧实时跟踪分子动力学
分析测试百科网讯 布鲁克今天宣布发布NanoRacer高速AFM系统。凭借每秒50帧的前所未有的成像速度，这为高速扫描功能树立了新的里程碑，从而可以使用原子力显微镜（AFM）实时实时显示动态生物过程。与该领域的领先专家紧密合作开发的NanoRacer还具有原子分辨率和无与伦比的用户友好性，有望提
蛋白质结构预测和分子动力学
作为结构基因组研究的互补，蛋白质结构预测的目标是发展出有效的能够提供未知结构（未通过实验方法得到）蛋白质的可信的结构模型。目前最为成功的结构预测方法是同源建模；这一方法是利用序列相似的蛋白质（已知结构）的结构作为“模板”。而结构基因组的目标正是通过解析大量蛋白质的结构来为同源建模提供足够的模板
聚焦“超分子组装” 建设“高分子结构与动力学”研究平台
鸡蛋煮熟后为何会凝固？肥皂为何能去除污物？如何精准控制材料的功能与性质……这些看似寻常的问题中蕴含着丰富的科学原理，是基础研究领域科学家们孜孜以求的课题。 11月21日至23日，美国工程院院士Edwin L. Thomas，欧洲科学院院士Egbert W. Meijer，以色列科学院、欧洲科
Science：我国研究团队发布新冠Mpro小分子抑制剂最新成果
记者19日从四川大学获悉，四川大学华西医院生物治疗国家重点实验室联合中科院昆明动物研究所，于当日在《Science》上在线发表题为“SARS-CoV-2 Mpro inhibitors with antiviral activity in a transgenic mouse model”的研究
复杂分子体系反应动力学研究获新进展
近日，中科院大连化物所研究员韩克利带领复杂分子体系反应动力学研究团队，在全无机钙钛矿光电探测器动力学研究中取得新进展。该研究团队发现全无机钙钛矿微晶激发态载流子存在快速扩散行为，以此制备出的光电探测器具有超高灵敏度和快速时间响应。相关研究成果发表在《先进材料》上。 光电探测器在信号处理、通讯、
单分子动力学研究阐释UvrD解旋酶的工作机理
解旋酶是一种常见的马达蛋白，它以核酸单链为轨道沿着核酸链定向移动，并利用ATP水解提供的能量打开互补的核酸双链, 获得单链。解旋酶在DNA的复制、修复、重组以及转录等代谢过程都起着重要作用。但是人们迄今还没有完全理解解旋酶的解旋机制。单分子操纵技术帮助人们在单分子水平定量研究解旋酶的解旋动力学，是研
单分子动力学研究阐释UvrD解旋酶的工作机理:
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