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南京农业大GenomeBiology构建世界首个植物重复基因数据库

以往的研究发现,有的植物有复制自己基因的功能,即通过不同类型复制方式产生一个与原基因序列相同的新基因。基因复制产生的两个同源基因称为重复基因或“姊妹基因”。近年来,随着测序技术的不断升级和测序成本的大幅度降低,越来越多的植物基因组被破译。 植物在千百年的进化中,怎样变得越来越多姿多彩?一个重要因素,就是植物会复制自己基因,丰富自己的基因库数量。多了自己的“同胞胎”兄弟姐妹,基因在生物体中就“声势壮大了”,团结起来力量大,不仅能抵御外界复杂多变的环境,还能增加进化变异的机会,实现物种分化和多样性。 以往的研究发现,有的植物有复制自己基因的功能,即通过不同类型复制方式产生一个与原基因序列相同的新基因。基因复制产生的两个同源基因称为重复基因或“姊妹基因”。近年来,随着测序技术的不断升级和测序成本的大幅度降低,越来越多的植物基因组被破译。 目前已经完成全基因组测序的植物超过200种,包括单细胞绿藻,苔藓类植物,蕨类植物,裸子植......阅读全文

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

南京农大构建世界首个植物重复基因数据库

图片说明:植物界不同类型重复基因含量分布及其随时间变化规律  2月21日,南京农业大学园艺学院教授张绍铃团队在国际著名学术期刊Genome Biology在线发表研究论文,系统鉴定了梨等141种植物基因组中不同类型重复基因,构建世界首个植物重复基因数据库,揭示重复基因进化的普遍规律。  植物在千百年

说说转基因植物“那点事儿”

设想,你要把一台机器,从生产厂里运输到需要这台机器的工厂里,并让它顺利工作,要通过几个步骤呢?首先呢,我们要先把这台机器生产出来,然后打包,装到汽车上并运输到目的工厂内,安装机器,最后经过一系列调试,才能让工厂使用这台新机器进行新产品的生产。和这一过程相似,生产转基因植物,也需要上面一系列步骤。在一

遗传修饰(转基因)风险评估(二)

3. 慎重向环境释放未经事先批准的转基因植物是不能够释放到环境中去的。在欧洲,2001/18 号欧盟指令( 见注 7 ) 专门规定了慎重向环境中释放转基因植物。该指令涵盖了两种类型的环境释放: 实验释放 ( B 部分)和投放市场的商业释放( C 部分)( 见注 8) 。对于每个授权的 B 释

水稻HAK转运体基因家族的种系特异性扩张和适应性进化

实验概要高亲和力钾离子(high-affinity   K)转运体基因家族是植物中最大的钾离子转运基因家族,在植物的生长发育中起着重要的作用。本研究中通过全基因组搜索,在水稻基因组中发现27个基因编码高亲和力钾离子转运子。通过系统发生树将拟南芥与水稻的HAK转运子基因家族分成4个相互独立的

lncRNA在农业领域的研究成果

  miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar --没想到在农业上大展身手啦   你没看错!不是标题党。说到miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar,想必聪明博学的你就已经猜到了是lncRNA。今天大阅哥要给大家挖一挖lncRNA在农业上的研究进展。为了写这篇主题

TLP基因家族的系统发生分析

实验概要本实验分别从拟南芥、水稻和杨树基因组中鉴定出了11, 14和11个TLP基因。通过系统进化树分析了这三个植物物种中TLP基因的进化关系。通过分析TLP基因的染色体位置分析了在三个物种中的基因重复扩张的模式。利用针对进化距离的相关分析对F-box和TUB结构域的协同进化规律进行了分析。

芥菜型油菜种皮转录组De Novo拼接及类黄酮生物合成基因

   芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物,能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素(proanthocyanidins,PA)的沉积,该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络,研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系黄

一步一步教你使用NCBI数据库资源

相关专题随着ncbi 数据库各种资源的涌现,NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找,数据分析的工具。那么NCBI数据如何使用,新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。一 综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology

Cystatin基因家族的生物信息学分析

实验概要半胱氨酸蛋白酶抑制剂(cystatin)基因广泛存在于植物物种中。该类基因能够起到抑制某些病原微生物和昆虫体内半耽氨酸蛋白酶的作用,在植物的防卫体系中起到重要作用。我们利用已经分离出植物cystatin基因的cystatin结构域为检索序列在基因组水平上对拟南芥和水稻中的cystatin基因

植物CPP基因家族的分子进化研究

实验概要类CPP基因家族(CPP-like gene family)属于一类成员数目较少的基因家族,该基因家族成员编码的蛋白质序列含有一到两个富含半耽氨酸的结构域,即CXC结构域。该基因家族在植物和动物中广泛存在,但是没有在酵母中发现。为了解CPP-like基因家族在植物中的进化规律,本研究

全球最大基因库在深圳开门迎客 专家解读该大库用意

  深圳东南部大鹏半岛被政府规划为“生态岛、生物岛、生命岛”,也被称为深圳最后的“桃花源”。这里有一座状似哈尼梯田的建筑依山面海而建,这就是目前世界最大的基因库。9月22日,国家基因库开门迎客的当日,来自国内外政界、产业界以及媒体界的人士聚集于此。人们欣赏着别致建筑,也在探寻,如此大库究竟何用?  

EST技术及其在基因全长cDNA克隆上的应用策略

第二军医大学细胞生物学教研室;上海200433 何志颖;姚玉成(综述);胡以平(审校)关键词:EST技术;“电子”基因克隆;生物信息学;基因摘要: 随着人类基因组计划的顺利进行,EST技术被广泛应用于基因识别、绘制基因表达图谱、寻找新基因等研究领域。利用人类基因组研究不断产生的数据,从ES

lncRNA在农业领域的研究成果(三)

【结论】①通过lncRNA测序,在上万条白菜中候选的lncRNA中挑出了1,300余条与花粉授粉相关的lncRNAs。分析结果显示一部分lncRNA在花蕾到授粉受精整个发育过程中持续表达,其余的部分为阶段、部位特异性表达。lncRNA在白菜不同发育阶段花蕾种的表达呈现出较明显的差异,在V级花蕾中特异

不同植物SBP-box基因家族的比较分析

实验概要本研究利用生物信息学资源和工具,对双子叶和单子叶模式生物拟南芥和水稻中的SBP-box基因家族进行了比较分析。利用两个物种的SBP-box基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树。在系统发生树的末端节点上鉴定出12对旁系同源基因。利用非同义替换率与同义替换率(KalKs)分析了同源基因分离之后所

2006年中国植物科学若干领域重要研究进展

4  光合作用与碳循环 光系统Ⅱ (PSⅡ)是叶绿体类囊体膜中的一个色素蛋白复合体,在光合作用 光反应过程中起重要作用。为了阐明 PSⅡ 的组装过程,中国科学院植物研究所张立新研究组对 PSⅡ 低 含量的拟南芥突变体(lpa1)进行了研究。结果表明,体外蛋白质标记实验显示 lpa1

科技部发布科技基础资源调查专项2016年度项目指南

科技部关于发布科技基础资源调查专项2016年度项目指南的通知国科发基〔2016〕228号国务院各有关部门,军委科技委:   根据中央财政科技计划(专项、基金等)管理改革的总体要求,科技部、财政部按照需求导向和分类整合的原则,在原“科技基础性工作专项”基础上,重新整合设立“科技基础资源调查”专项。现将

RNAi相关术语

1.RNAi :(RNA interference)RNA干扰一些小的双链RNA可以高效、特异的阻断体内特定基因表达,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型,称为RNA干扰(RNA interference,RNAi ,也译作RNA干预或者干涉)。它也是体内抵御外在感

科学家开发完成水稻多组学数据整合和信息共享数据库

  水稻不仅是世界近一半人口的主要粮食作物,同时也是一种重要的模式生物。高通量测序技术的迅速发展促进了水稻组学数据的广泛积累,使深入研究控制水稻重要农艺性状、种质资源多样性以及水稻驯化过程的机制成为可能。为此,研究人员构建了相关的水稻数据库,主要包括RAP-DB(日本农业生物资源研究所构建的水稻注释

基因国库“存”“用”并重 综合能力世界最强

  位于深圳大鹏新区的国家基因库今天正式运营,这是我国首个、全球第四个国家级基因库。国家基因库将致力于构建从资源到科研、产业的全贯穿、全覆盖模式,实现大资源、大数据、大科学、大产业的联动。未来这里将储存全球生物样本、生物信息数据,而且将依照相关规则开放样本、数据资源,成为一个公共服务平台。  世界最

质谱沙龙第十五期活动报道

    2008年12月21日下午,质谱沙龙第十五期活动在第二炮兵总医院远程会诊中心会议室举行。来自发酵研究院、清华大学、二炮总医院、朝阳医院、北大医学院、北医三院、安贞医院、解放军307医院、中科院植物所、AB公司的各位专家、老师、学生20余人。  

TLP基因的表达模式分析

实验概要本实验对水稻、拟南芥及杨树的TLP基因表达模式进行了分析,为进一步研明植物中TLP基因的功能奠定基础。实验步骤1. 水稻TLP基因的RT-PCR分析   1) 植物材料选取水稻的根、茎、叶、花和种子的新鲜组织用于RNA的提取。水稻材料采集后,用液氮速冻,以保证RNA不被降

我国建成首个以耐盐植物为主的种质资源库

  盐渍地上寸草不生?在山东省科学院生物所的试验田里,盐渍地上照样能开出花朵。近日,我国第一个以耐盐植物为主的种质资源数据库在山东省科学院生物所建成。该数据库涵盖了自1953年以来世界上各相关研究单位公开发表的耐盐植物信息,涉及99638个分类种。同时,与数据库相对应的,耐盐植物种质资源实体库正在建

昆明植物所等首次成功破译茶树基因组

  茶是世界上最为古老也是最为广泛饮用的含咖啡因软饮料,目前全球160多个国家的30亿人喝茶爱茶。普遍认为,茶树起源于中国的云南、四川等地;作为传播中国文化的使者,在茶从中国起身向世界各地传播的数千年的漫长历程里,与全球100多个国家多元的文化邂逅交融,发展形成了地球上复杂而美妙的茶文化。除了因为迷

北京基因组所开发系列特色科学数据库

  近日,中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心(BIG Data Center,BIGD)有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)杂志在线发表,并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas

北京基因组所开发系列特色科学数据库

  近日,中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心(BIG Data Center,BIGD)有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)杂志在线发表,并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas

芥菜型油菜种皮转录组De Novo拼接及类黄酮生物...(二)

COG分类:将49,758个能比对到 Nr蛋白数据库的基因进行COG分类,结果显示25,140个基因聚成25种功能组。其中最大的COG分类组为信号转导机制组(10,471个基因大约占41.6%),详见Figure 5。Figure 5. COG function classification of

范晓荣:促生物技术转化我们欠缺什么

  讲这个话题,先从我的亲身经历说起。   从2008年到目前,我申请和获得了4个关于氮素利用关键基因的中国专利,其中LSD基因专利进入了PCT(国际专利合作条约)。但所有知识产权都没有能够转化,因为没有相关公司愿意投资到植物功能基因的应用上,原因主要是民间对于转基因技术应用前景的担心,一个专利保护

王韧:基因编辑就在眼前,一周生产几十吨农作物不是梦

  日前,在复旦大学管理学院举办的复旦·思源全球领袖论坛上,华大基因董事长特别顾问、联合国粮食与农业组织原助理总干事、中国农科院原副院长王韧给出了一个令人遐想万千的农作物生产未来图景——通过基因编辑技术,可能在一星期时间内完成几十吨的农作物生产量。  “基因编辑出新的农业细菌或者酵母,这种细菌或者酵