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cDNA宏阵列方法分离拟南芥的臭氧应答基因实验(一)

除 cDNA 微阵列外,基于尼龙膜支持物的 cDNA 宏阵列方法是又一被广泛应用的大规模基因表达数据的收集方法。从新基因的发现到基因表达谱的分析, cDNA 宏阵列被应用于分子生物学研究领域的各个方面。尽 管 cDNA 宏阵列的点阵密度低于微阵列,但由于应用灵敏度较高的同位素标记的 cDNA 探针,宏阵列仍适用于检测大规模基因表达。在 mRNA 表达差异较大的器官中,比如植物分生组织和动物脑部, cDNA 宏阵列是获得基因表达谱的适用方法。本章将介绍 cDNA 宏阵列杂交的应用方法,内容包括 :如何制备不同规模的宏阵列实验步骤##一、 cDNA 宏阵列的样品制备培养基: I : 2 (V7 V ) Gamborg B5 培 养 基(GibcoBRL, Rockville, MD), I : 1000(V /V ) Hyponex肥 料(Hyponex 10 : 5 : 10; Hyponex Japan, Osaka, Japa......阅读全文

DNA microarray相关的基因表达数据处理攻略

基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具,本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因

应用非标记探针法进行基因分型(七)

一般来说,用特定突变探针产生1/3结果。首先,当突变序列与特定突变探针互补时,突变等位基因的熔解Tm要高于野生型(△Tm为-2℃至-5℃)。第二,当突变在相同位置但是与特定突变探针序列不互补时,突变等位基因被野生型等位基因相似的Tm值及稳定性所遮蔽(野生型等位基因Tm±0.5℃)。在这种情况下,没有

应用非标记探针法进行基因分型(六)

外显子14:多重探针分析       主要实验的外显子14, 两个野生型的探针同时用于一个反应,用来检测所有已报道的外显子14的突变,同时消除密码子836(p.S836S)多态性(图4;a和b;表3;补充表5;http:/

利用实时定量PCR和2-△△CT法分析基因相对表达量

利用实时定量PCR和2-△△CT法分析基因相对表达量  METHODS 25, 402–408 (2001)Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2-△△CT M

应用非标记探针法进行基因分型(三)

高分辨率熔解 在高分辨率熔解仪器HR-1(爱荷华科技,盐湖城,犹他州)上进行分析,将LightCycle毛细管加入HR-1中,0.3℃/s加热。主要的实验中,RET外显子的扩增及非标记探针熔解数据从60℃到95℃采集。主要实验分析了每个外显子的扩增子及探针数据,除了外显子14。因为所有报道的外显子1

应用非标记探针法进行基因分型(一)

RET原癌基因单个碱基的突变可以引发多发性内分泌腺瘤2型。RET突变传统的基因分型方法是外显子测序。一种闭管操作的基因分型方法已经成熟,此方法用的是一种饱和DNA染料,非标记探针及高分辨率熔解扩增子分析。此方法需要两个连续的聚合酶链式反应阶段,主要的和第二次实验。主要的实验共用7个反应和8个非标记探

三种基因表达差异的显著性分析方法

DNA微阵列基因表达数据分析 用于检测基因表达水平的 DNA 微阵列实验,应用之一是比较实验,目的是比较两个条件下的基因表达差异,从中识别出与条件相关的特异性基因,例如,识别可用于肿瘤分型的特异基因等。为了提高实验的可靠性,对于同一样本,往往有两次或更多次的重复实验,但是,由于 DNA 微

双荧光素酶报告基因测试

在用萤火虫荧光素酶定量基因表达时 ,通常采用第二个报告基因来减少实验的变化因素。但传统的共报告基因(比如CAT,β-Gal,GUS)不够便利。因为各自的测试化学,处理要求,检测特点存在差异。Promega提供一种先进的双报告基因技术,结合了萤火虫荧光素酶测试和海洋腔肠荧光素酶测试。双荧光素酶报告基因

PCR Array 简单实用的检测基因表达的高通量方法

 简介:什么是PCR芯片?实时定量PCR是检测基因表达zui灵敏,zui可靠的方法。通过在试验过程中,实时监测荧光染料的信号变化,反映样品中的基因拷贝数。实时定量PCR线性范围广(能达到5个数量级),因此可以检测同一样品中表达量极低的基因和表达量很高的基因。但是,由于实时定量PCR需要制备

中国实验动物学科发展40年

  实验动物学是一门新兴交叉学科,它集成了生物学、兽医学、生物工程、医学、药学、生物医学工程等学科的理论和方法,以实验动物和动物实验技术为研究对象,产生实验动物资源、动物模型资源、动物实验技术、生物信息和动物实验设备等,为生命科学、医学、药学、食品、农业、环境、航空航天等相关学科发展提供系统性生物学

中国修改人类胚胎DNA引热议:婴儿可被设计

  在科幻电影中,“蜘蛛侠”被放射性蜘蛛咬了一口后,DNA改变,运动能力突破人类极限,拥有了超强的力量与敏捷性。现实生活中,对基因的优化和改造同样是科学家致力研究的方向。今年四月,中山大学生命科学院黄军就副教授修改了人类胚胎中导致β型地中海贫血的基因,作为世界首例人类胚胎基因修改,这项实验成果引发了

国内外实验动物模型概览

  生命是“能够自我营养并独立生长和衰败的力量”,这是亚里士多德(Aristotle,公元前384—322)通过动物、植物的研究对生命的哲学概括。动物也成为古代先哲们探索生命奥秘的主要对象之一,盖伦(Galen,公元130—200)开创了动物解剖学和实验生理学,他将来源于动物的知识推广到对人体的认识

基因表达数据分析主成分分析 PCA

DNA微阵列基因表达数据分析 主成分分析 ( Princ ipal Component Analysis , PCA ) 是一种掌握事物主要矛盾的统计分析方法,它可以从多元事物中解析出主要影响因素,揭示事物的本质,简化复杂的问题。计算主成分的目的是将高维数据投影到较低维空间。给定 n 个变

通过2 -△△CT 方法,利用实时定量PCR技术分析相对基...(二)

要使△△ C T 计算方法有效,目标序列和内参序列的扩增效率必须相等。看两个反应是否具有相同的扩增效率的方法是看他们模板浓度梯度稀释後扩增产物△ C T 如何变化。图 1 显示的是 cDNA 样品在 100 倍稀释范围内的实验结果。对于每一个稀释样本,都用 GAPDH 和 c-myc 特异的荧光

英科学家将开展人兽混合基因实验

  据美联社报道,英国医学科学院的科学家们近日决定将开展一项具有争议的医学研究课题,即人兽混合基因实验。他们将考虑如何把人类的DNA应用到动物医学实验中,并判断这项争议性医学研究究竟能够走多远,确定人类基因究竟可以在动物体内占多大比例。   事实上,科学家们将动物DNA与人类DNA互换的科研实验已

史上最全的QPCR数据分析

  用参照基因 ( 如GAPDH 或 ß-actin)能准确量化初始材料的载量,尤其当初始材料量常常受限时,进行相对基因表达分析实验十分方便。缺点是这个方法要求得到一个或多个在所有测试样本中恒定表达的已知参照基因,而且表达水平不受研究条件下处理方式的影响。确定这样的参照基因十分重要,最近有报道提出在

如何进行qpcr结果分析?这篇文章或许能帮到你

  为了分析qPCR数据,呃,我也是蛮拼的,下载了好多qPCR的分析软件,什么LinRegPCR、Markergaul、qCalculator、pyQPCR。  结果发现,这些软件,对我来说,都没什么卵用。比如这个pyQPCR,打开是这样的:  要输入qPCR中导出的TXT文件,但因为这个软件挺老的

基因编辑培育出首例白化西藏小型猪

  从南方医科大学获悉,该校实验动物中心科研团队运用CRISPR/Cas9基因编辑技术,成功培育出世界首例白化西藏小型猪,同时敲除了与免疫相关的基因,这标志着自主构筑的基于小型猪受精卵制备基因修饰猪的平台取得了突破性进展。而在此之前,全世界尚未有纯白藏猪的先例。  藏猪作为我国独有的高原特殊品种,全

Chip Q-PCR定量分析方法分享

相关专题Q-PCR定量分析CHIP最近做了CHIP,用Q-PCR方法进行定量分析,现将我对一些文献资料的总结传上,希望对大家有帮助!i. Normalizeeach ChIP DNA fractions’ Ct value to the Input DNA fraction Ct

南京专家发现神奇基因

摘要: “也许在不久的将来,人们吃个药品,就可以增加、减少人体某个基因!”昨天,南京医科大学周建伟教授笑着告诉记者,一个基因有望能成治病“开关”,通过调控这个基因的多少,有可能让人们戒掉毒瘾,甚至有可能让人类酒量似海,比如多点基因酒量似海,少点基因清除毒瘾等。而这个基因,就是“建伟”基因。 “也许

身负重任的猪:让异体移植离临床更近

  在中国科学院广州生物医药与健康研究院赖良学课题组用于研究的养猪场里,生活着一群特别的猪。这里不仅有十几头带有基因剪刀的工具猪,而且拥有六七百头其他在生物医药领域具有重要应用价值的基因修饰猪。而这些猪的用途听起来更加“骇人”,有些基因修饰猪可以模拟人类疾病,如老年痴呆症、渐冻人症和亨廷顿舞蹈症等,

Real time PCR mRNA 定量实验路线选择F&Q

问题一:Real time PCR mRNA的相对定量和绝对定量的选择;测定mRNA, 一般采用相对定量,因为绝对定量,标准品的制备和定量是有难度的,具体可以参考这篇文献:http://www.biotnt.com/news/news_105.htm;“Analysis of Relative Ge

RNAi 实验介绍

1. RNAi 介绍 RNA 干扰(RNAi:RNA interference)是由诺贝尔生理学/医学奖得主 Andrew Z. Fire 和 Craig C. Mello(1)在线虫实验中发现的,2001 年 Elbashir 等人发现哺乳类的 siRNA 可以进行 RNAi 诱导

RNAi 实验介绍

1. RNAi 介绍RNA 干扰(RNAi:RNA interference)是由诺贝尔生理学/医学奖得主 Andrew Z. Fire 和 Craig C. Mello(1)在线虫实验中发现的,2001 年 Elbashir 等人发现哺乳类的 siRNA 可以进行 RNAi 诱导。这个方法与常规方

基因芯片优缺点分析

基因芯片的最大优点在于其高通量。基因芯片出现之前,研究众多基因在特定研究体系中的表达变化的手段为原位杂交技术和NORTHERN技术。这两种技术有其各自优点。原位杂交技术可以精确定位待检测基因在组织中分布于哪些细胞类型,而NORTHERN技术可以显示待检测基因的分子量信息。但两个技术的致命缺点是极低的

“修改人类胚胎基因”论文,发还是不发?

  如果不是国外媒体的爆炒,中国科学家团队关于“修改人类胚胎基因”的论文或许真的就“静悄悄”地发表在国内刊物上,不动声色地被翻过去了。   缘起——对人类胚胎基因动手术   基因编辑技术CRISPR/Cas9,这已不是一项陌生的技术了。在最近两三年里,科学家们普遍都用它作为编辑基因的“手术刀”。该技

哺乳动物细胞中进行RNA干扰:设计,实验和分析siRNA效应

 转录后基因沉默,也称为RNA干扰,是指双链RNA分子阻断或者降低同源基因的表达的现象。这种现象可能是作为一种抑制病毒感染和转座子跳跃的细胞防御机制(Ketting et. al., 1999; Tabara et. al., 1999; Jensenet. al., 1999; Ratc

荧光定量PCR标准曲线有几个梯度

  相对定量  相对定量得到的结果为特定样本中目的基因相对于另一参照样本的量的变化。  在某些不需要对基因进行绝对定量,只需要确定基因相对表达差异的情况下,如某样品在经过某种处理后目的基因表达量是增加了还是减少了,用相对定量的方法就可以得到结果,相对定量是一种更普遍、更简单的方法。  内参基因  实

Affymetrix水稻芯片在水稻强弱势颖花异步灌浆分子应用

  稻穗籽粒灌浆过程不是同步的,一个圆锥花序中颖花开花迟早与灌浆速率和粒充实率密切相关。先开的颖花(强势颖花)灌浆速率和粒充实率高;后开的颖花(弱势颖花)灌浆速率低,甚至不结颖果,因此弱势颖花低的灌浆速率严重影响和限制了“超级”水稻产量。水稻灌浆过程实际上是一个淀粉积累的过程,受

Affymetrix水稻芯片在水稻强弱势颖花异步灌浆分子机制...

Affymetrix水稻芯片在水稻强弱势颖花异步灌浆分子机制研究中的应用Guohui Zhu, Nenghui Ye, Jianchang Yang, Xinxiang Peng, and Jianhua ZhangRegulation of expression of starch synthes