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应用非标记探针法进行基因分型(七)

一般来说,用特定突变探针产生1/3结果。首先,当突变序列与特定突变探针互补时,突变等位基因的熔解Tm要高于野生型(△Tm为-2℃至-5℃)。第二,当突变在相同位置但是与特定突变探针序列不互补时,突变等位基因被野生型等位基因相似的Tm值及稳定性所遮蔽(野生型等位基因Tm±0.5℃)。在这种情况下,没有互补的突变及野生型等位基因与探针在同一位置有一个错配,但是错配的精确的核苷酸形式是不一样的。遮蔽等位基因Tm值与野生型等位基因Tm值的接近程度取决于错配序列,其它与探针错配的数目及互补核苷酸周边的环境。例如:A::G错配突变等位基因比A::C错配野生型等位基因熔解温度高2℃(表2b,TAC突变和MS618/620TCC探针)。不管突变密码子序列改变在RET密码子618、620或609(611不能用于测试),结果都适用。第三,当突变在特定突变探针序列改变的不同位置,突变等位基因和探针有另一个错配且熔解Tm值低于野生型等位基因(△Tm为0......阅读全文

应用非标记探针法进行基因分型(七)

一般来说,用特定突变探针产生1/3结果。首先,当突变序列与特定突变探针互补时,突变等位基因的熔解Tm要高于野生型(△Tm为-2℃至-5℃)。第二,当突变在相同位置但是与特定突变探针序列不互补时,突变等位基因被野生型等位基因相似的Tm值及稳定性所遮蔽(野生型等位基因Tm±0.5℃)。在这种情况下,没有

应用非标记探针法进行基因分型(五)

用相似的方法分析外显子11(表3;补充图2;补充表3;http://jmd.amjpathol.org),且所有外显子11的RET序列变化用扩增子高分辨率熔解分析进行检测(没有显示数据)。外显子11的主要实验用一个在致病密码子630和634上的野生型探针。检测的外显子11的8个序列变化均有一个等位基

应用非标记探针法进行基因分型(四)

外显子10和11:多重突变热点MEN2A和FMTC的主要突变位于外显子10(密码子609、611、618和620)和11(密码子630和634),且野生型半胱氨酸的密码子DNA序列“TGC”发生单核苷酸改变。外显子10和11报道的序列变化>40(表1)。RET10外显子的主要实验包括两个单独的实验和

应用非标记探针法进行基因分型(三)

高分辨率熔解 在高分辨率熔解仪器HR-1(爱荷华科技,盐湖城,犹他州)上进行分析,将LightCycle毛细管加入HR-1中,0.3℃/s加热。主要的实验中,RET外显子的扩增及非标记探针熔解数据从60℃到95℃采集。主要实验分析了每个外显子的扩增子及探针数据,除了外显子14。因为所有报道的外显子1

应用非标记探针法进行基因分型(六)

外显子14:多重探针分析       主要实验的外显子14, 两个野生型的探针同时用于一个反应,用来检测所有已报道的外显子14的突变,同时消除密码子836(p.S836S)多态性(图4;a和b;表3;补充表5;http://jmd.amjpathol.org)。WT14A探针在65℃-76℃

应用非标记探针法进行基因分型(二)

材料和方法样品      此报道中用到的野生型RET基因的DNA基因组样品或有RET序列变化的样品在以前描述过。RET基因序列变化改变RET蛋白的功能引发MEN2综合症的是突变,然而RET序列改变不会引发MEN2综合症是多态。不能确定意义的稀有的或不会引起MEN2综合症的RET基因序列变化成为“序列

应用非标记探针法进行基因分型(一)

RET原癌基因单个碱基的突变可以引发多发性内分泌腺瘤2型。RET突变传统的基因分型方法是外显子测序。一种闭管操作的基因分型方法已经成熟,此方法用的是一种饱和DNA染料,非标记探针及高分辨率熔解扩增子分析。此方法需要两个连续的聚合酶链式反应阶段,主要的和第二次实验。主要的实验共用7个反应和8个非标记探

Lightscanner 和Lightscanner32 非标记探针法基因分型

Lightscanner 和Lightscanner32 非标记探针法基因分型载脂蛋白(ApoE)多重实验密码子112(T>C)密码子158(C>T)实验背景      载脂蛋白(ApoE)是一种糖蛋白,包括299个氨基酸,在身体调节胆固醇水平上起主要作用。胆固醇水平过高是冠心病的主要因素,在美国,

用PCR进行基因分型

与许多一次做数百块Southern blots的研究人员一样,我第一次用PCR做基因分型(genotyping)时觉得见效很快,不再需要等几天才能看到结果,不再需要DNA显微图像或者操作紫外线了。随着技术的不断进步,RCR使基因组学和转录组学发生了翻天覆地的变化,甚至随着免疫PCR的普及开始进军蛋白

非放射性地高辛标记DNA探针法

实验概要掌握非放射性地高辛标记DNA探针法。  实验原理以往人们是用放射性同位素来标记探针DNA。近年来,非同位素标记方法发展很快,已有取代同位素标记法的趋势。地高辛配基随机标记DNA探针法,是较为成功的一种非同位素标记方法(Saiki等,1985)。其原理是:用化学方法把类固醇类半抗原地高辛分子连