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通常来说，退火温度是由引物的GC%含量决定的，但是反应体系的条件改变也会影响引物的退火温度（如Mg,Na等离子浓度）。建议你去http://www.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/分析一下你的PCR体系中的引物退火温度，而不是仅仅由公式计算得出。一般情况下，退火温度过低只会导致反应体系中引物与DNA模板的非特异性结合，致使反应结果中出现大量非特异性结合条带。但是，你所需的产物也应该是包含在其中的，如果完全没有结果，说明你反应体系中其他步骤还存在问题，例如扩增时间等比较关键的步骤。另：不同的hot taq酶对Tm要求也是不同的。例如今年clontech新出了一种十分nb的hot taq酶，它需要的Tm温度是引物Tm温度再高5度。所以，弄清楚你试剂盒的反应条件要求也是很有必要的.........阅读全文
一般低4、5度就好了。如果你用软件设计的引物，比如oligo6什么的，它会在tm之外给你一个operate t，就是操作温度，用这个就好了。
primer的一个重要参数是熔解温度(Tm)。这是当50%的primer和互补序列表现为双链DNA分子时的温度.Tm对于设定PCR退火温度 是必需的。在理想状态下，退火温度足够低，以保证primer同目的序列有效退火， 同时还要足够高，以减少非特异性结合。合理的退火温度从55℃到70℃。退火温度一般
我用primer 5设计出来的Tm值从来都是直接当退火温度用。用引物primer-blast的话我都是直接贴序列上去。有其他菌的匹配很正常，有些进化亲缘性很近的，只要在同一物种中没有匹配上的问题应该不大！
温度梯度PCR是指在退火温度不太明确时，为了找到最优退火温度，在一台PCR仪上同时做多管PCR，每一管放在仪器 内不同列(有的是不同行)上，分别进行PCR(如50℃~60℃可以分6管，分别为50，52，54，56，58，60度)，最后看看哪个温度的效果最好。总之是用来进行退火温度优化的。
PCR中退火的那步是引物与模板结合，一般来说，退火温度比Tm值要低上5度左右。另外，也可以根据你设计引物的软件比如primer5.0或Olige 6 推荐的温度。但这些都不是绝对的。你要是在他的推荐温度下没有目的条带，你可以试试做一个温度梯度，摸索一下退火温度。
说影响得看情况，退火温度太高肯定会影响引物的结合效率的。但是，实际上，好的引物一般是上下游引物的退火温度比较接近。有时候，我们可能会通过牺牲特异性的手段（当GC含量过高时，减少引物长度）来平衡两条引物的退火温度。高的退火温度是不利于复性的，所以不会因为使模板复性而降低扩增效率，倒是可能因为影响引物结
引物退火温度是影响PCR的主要因素之一，一般来说每个引物都对应着各自的退火温度。影响：以文献作参考，在一定的温度范围内，退火温度越高，扩增的特异性也就越高。退火温度越低，扩增产物的特异性也就降低。如果退火温度过高，引物与模板结合差，电泳条带差，甚至没有扩增。如果温度过低，扩增特异性差，杂带较多，背景
通常来说，退火温度是由引物的GC%含量决定的，但是反应体系的条件改变也会影响引物的退火温度（如Mg,Na等离子浓度）。建议你去http://www.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/分析一下你的PCR体系中的引物退火温度，而不是仅仅由公式计
在模板变性后温度快速冷却至40℃～60℃(某个退火温度 )的时候，可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞，这就使PCR后期的过程成为可能。退火温度与时间，取决于引物的长度、碱基组成及其浓度，还有靶基序列的长度。对于20个核苷酸
引物退火温度是影响PCR的主要因素之一，一般来说每个引物都对应着各自的退火温度。影响：以文献作参考，在一定的温度范围内，退火温度越高，扩增的特异性也就越高。退火温度越低，扩增产物的特异性也就降低。如果退火温度过高，引物与模板结合差，电泳条带差，甚至没有扩增。如果温度过低，扩增特异性差，杂带较多，背景