应用OrbitrapFusion对TMT标记样本进行MS2定量方法...（一）
应用Orbitrap Fusion对TMT标记样本进行MS2定量方法以及SPS MS3定量方法的比较1. 前言目前，蛋白质组学研究已经由传统的大规模鉴定逐步转向了靶向蛋白质组学，研究内容已经由蛋白质鉴定扩展到了蛋白质相对和绝对定量，蛋白质相对定量方法中应用最普遍的为标记定量，包括：ICAT，DIART，ICPL，TMT，iTRAQ 等等，其中又以TMT 以及iTRAQ 的应用最为广泛。 传统的TMT 以及iTRAQ 标记实验均使用MS2 碎片报告离子来进行定量，但是Steven P Gygi 等人发现该方法由于母离子筛选过程易受到基质干扰，因而定量结果与真实值相比偏低，而使用MS3 碎片报告离子来进行定量，则可以很好的解决这一问题，该方法的基本原理为：母离子碎裂产生的MS2 子离子用于定性，同时挑选碎片离子中强度最高的一个或者多个碎片离子，使用HCD 进行进一步的碎裂，产生的报告离子用于定量，虽然质......阅读全文
应用Orbitrap Fusion对TMT标记样本进行MS2定量方法...（一）
应用Orbitrap Fusion对TMT标记样本进行MS2定量方法以及SPS MS3定量方法的比较1. 前言目前，蛋白质组学研究已经由传统的大规模鉴定逐步转向了靶向蛋白质组学，研究内容已经由蛋白质鉴定扩展到了蛋白质相对和绝对定量，蛋白质相对定量方法中应用最普遍的为标记定量，包括：ICAT，DIAR
应用Orbitrap Fusion对TMT标记样本进行MS2定量方法...（二）
3．数据分析3.1 MS2 定量方法原始文件（raw file）使用Proteome Discoverer 1.4 软件搜索Uniprot_mouse.fasta 数据库( 数据库编号10090)，检索结果通过严格标准进行筛选（1% FDR）。 3.1.1 鉴定结果汇总 Distribution
应用Orbitrap Fusion对TMT标记样本进行MS2定量方法...（三）
Peptide and Unique Peptide Identified Using SPS MS3 Quantitation Method among 16 Samples Distribution of Protein Group Identified and Quantified Usin
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（二）
同步母离子选择(Synchronous precursor selection, SPS)技术的出现彻底解决了MS3 响应弱的问题。SPS 技术利用多频切迹的选择波形电压(MultiNotch) [27] ,在线性离子阱中实现一次选择同时获得多个离子,最多可同时选择15 个(图2A)。利用这一原理,
Q Exactive中TMT定量工作流程的参数优化和Proteome Di...（六）
图 17. TMT-标记的纯 E. coli 中的比值。预期比例用虚线表示。请注意对于 128/126 和 129/126 比例，方法 4 的定量分析准确度最高。 MS2 自动增益目标值（AGC）自动增益目标值是需要设置的另一个关键参数，其大小决定了 C trap 能积累并进入 Orbitra
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（一）
摘要 质谱是定量蛋白组学的主要工具。近年来随着定量蛋白质组学研究的深入,传统质谱定量技术面临着复杂基质干扰、分析通量限制等诸多问题。而最近一系列质谱新技术的发展,包括同步母离子选择(SPS)、质量亏损标记、平行反应监测(PRM)、多重累积(MSX)和多种全新数据非依赖性采集(DIA)等,为解决目前蛋
Q Exactive中TMT定量工作流程的参数优化和Proteome Di...（一）
Q Exactive中TMT定量工作流程的参数优化和Proteome Discoverer2.1数据处理方法Xiaoyue Jiang1, Tabiwang Arrey2, Eugen Damoc2, Michaela Scigelova2, David Horn1, Rosa Viner1, an
Q Exactive中TMT定量工作流程的参数优化和Proteome Di...（五）
MS1 参数 TMT 标记对于母离子来说是真正的同量异序标签，因此 MS1分辨能力的设置是与未标记样品完全相同的: 对于 Q Exactive Plus MS 和 Q Exactive HF MS 来说，其分辨率分别为 70,000 和 120,000。这样的设置足以在不显著影响数据依赖扫描
定量蛋白质组表达谱分析技术---iTRAQ/TMT
iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术是分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术。这两种技术采用2-10种稳定同位素标签，通过特异性 标记多肽的
定量蛋白质组表达谱分析技术——iTRAQ/TMT
iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术是分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术。这两种技术采用2-10种稳定同位素标签，通过特异性 标