发布时间:2019-04-20 10:10 原文链接: OsAGAP的Northern杂交

实验概要

本实验参照Sambrook等(1989)的方法进行转膜,杂交。

实验步骤

1. RNA样品的电泳转膜

将适量的琼脂糖溶于水,微波炉加热使之完全溶解,并冷却至60℃;将甲醛溶液、琼脂糖水溶液、5X甲醛凝胶电泳缓冲液按1:3.5:1.1比例混合,灌制凝胶。将不同材料的上样量调成一致,均为35ug,与样品buffer混合制样,65℃温育15min,冰浴冷却后,加入loading buffer上样。DEPC水浸泡过的电泳槽中,加入1X甲醛凝胶电泳缓冲液((5X甲醛凝胶电泳缓冲液:MOPS 10.3g;乙酸钠2.72g;EDTA(0.5M pH8.0)5ml;ddH2O加至500mI;pH 7.0),3-4v/cm电泳。待溴酚蓝迁移至凝胶的2/3处,停止电泳。

将凝胶转移至一个培养皿内,切去凝胶左上角以作标记;将凝胶用灭菌的DEPC水淋洗3-4次,然后浸泡于数倍体积的20 X SSC温和摇动45min;利用毛细作用转膜(转移缓冲液为20XSSC),转移18小时;120℃烤膜30分钟。

样品buffer:5 X甲醛凝胶电泳缓冲液2.0ul;甲醛3.5ul;甲酰10.0ul

10 X loading buffer:0.5M EDTA (pH8.0) 2ul;甘油500ul;溴酚蓝250mg;二甲苯青FF 250mg;ddH2O加至lml。

2. 杂交、压片

放射性药品操作完全按照放射安全防护守则进行。

将结合有RNA的尼龙膜先用6 X SSC完全浸湿,然后再放入杂交管中,加入适量预杂液,65℃预杂交2-3hr;标记好的探针,利用PCR产物纯化试剂盒(QIAGEN )加以纯化,100℃煮沸变性,l0min;预杂交结束后,加入适量杂交液和纯化的、变性的探针,65℃杂交过夜(17小时以上);用不同浓度的洗脱液65℃洗脱,一般先用低严谨洗脱液,再用高严谨洗脱液,根据实际情况确定洗脱时间。其间,用放射性检测仪检查硝酸纤维素膜上放射性杂交信号的强弱。用保鲜膜包裹尼龙膜后,在暗室中,用X-光胶片进行放射自显影;-80℃曝光3-7天后,按常规洗片。

预杂液:20 X SSC 15ml;50 X denhardt 5ml;10%CDS 2.5ml;鲑精DNA (Sigma) (l0mg/ml) 0.5mI;ddH2O 27ml

杂交液:20X SSC15ml;10%SDS 2.5ml;鲑精DNA(Sigma) (l0mg/ml) 0.5mI;ddH2O 32ml

洗脱液:2 X SSC加0.1%SDS;1 X SSC加0.1%SDS;0.1 X SSC加0.1%SDS