SNP研究过程中的经验分享和一些问题

对于SNP 研究，我个人的感觉是：曾经非常的“热”过，而现在，似乎有些降温。

这种降温在国内的研究领域内主要表现为：SNP研究做得非常多，甚至有些滥了，就象前面有的朋友说的，随便做点PCR就可以在国内的杂志发文章了，文章太多太滥，没有多大的价值。

对于国外SNP研究领域，我认为现在也进入了理性思考期。SNP的文章还有很多，但是研究的思路和风格已经和以往不同了。记得2002-2004年的时候，几乎每一期的cancer research上面都有好几篇纯粹做SNP研究的文章，那时候的SNP多半都是老美做的，一边样本不过100，200例，位点不过2-3个，甚至只有1 个，方法学方面也有很多是基于PCR的方法，但是cancer research好像是来者不拒。我想那应该是SNP研究的兴起和加速期吧。当然，实际上的源头还要早得多。

而现在，要想在SCI杂志上面发表SNP的文章，尤其是影响因子大于5的杂志，就没有那么容易了。我认为，目前SNP研究的方向大致发生了以下一些变化：

首先， 对于病例对照的分子流行病学研究，不仅要有非常大的样本量（通常几百例，最好大于1000例），而且一定要结合相关的环境风险因素（如吸烟）一起进行统计学分析。当然，LD，单体型分析也都是不可缺少的。对于样本量，我们是比较有优势的，人口基数大，有大量的病例资源。而老外对于这一点的解决方法是：开展多中心的联合研究，横跨欧洲和北美，比如，2006年有一篇非何杰金氏淋巴瘤的文章发在Lancet Oncol上面，就是一个典型例子。为了避免实验室之间的偏倚，设立了严格的质量控制标准和实验的重复次数，从而使这类型研究更具有说服力。

第二，对于候选SNP的遴选，有很多种考虑，总的趋势和出发点是能够涵盖的SNP越多越好。可以根据以往文献，在所研究疾病的多个候选基因上面选择多个SNP，比如选择DNA修复通路中几个基因的重要SNP，一次研究的SNP大概有十几个到几十个，这是比较早期的做法。我感觉，现在国外的趋势更倾向于，对于某一疾病的重要候选基因，对于其基因全长进行重新测序（这一过程称为SNP rediscovery 或者是SNP resequencing），然后选出有意义的位点再进行genotype，并构建haplotype。

第三，是SNP的研究方法。目前国外SNP研究中用得比较多的是ABI 7900和测序。其他有些超高通量的SNP检测仪器，老外买得起的也不多，所以看来主要还是这两种。现在国内用ABI 7900和测序的也很多啦，比如2006年年初复旦大学的关于DDB2的一篇文章就发在Carcinogenesis上面，用的就是这两种方法。

第四，关于SNP的功能验证。记得对我很震撼的一件事情就是：2005年2月北京协和在Cancer Research上面发了一篇关于基因多态性的文章，病例数为1000例。2006年3月，在Cancer Research上面发了一篇同样是该基因多态性的文章，不仅病例数量超过1000例，而且同时还做了功能验证！这件事对我的震撼是：一，说明未来SNP 研究的方向，功能验证将是重要的一环；二，SNP研究正在快速缩水，去年能发Cancer Research的素材，今年恐怕能发了5分出头的就不错了，所以“与时俱进”非常重要！

总体来说，我相信SNP研究的前景是非常光明的，未来将越来越向全基因组的方向靠拢，与此伴随的是大样本，高通量和功能验证。希望从事SNP研究的各位XDJM对未来充满信心，应该看到，目前在nature genetics和cell这样的顶级杂志，也不乏SNP的文章。只是偶是做肿瘤的，所以提Cancer Research提得比较多。另外就是，可能偶比较功利，花太多心思研究SCI，先自我检讨一下，呵呵。不过，有的时候也确实是“人在江湖，身不由己”，希望各位XDJM谅解！

最后，用我最近看到一篇文章中的一句话作为结束吧“The contribution of these rare variants to NHL susceptibility will likely only be assessed fully when higher throughput sequencing methods allow comprehensive sequencing of the whole gene in hundreds, or even thousands of NHL cases and controls.”