CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中的任意序列进行精确修改了。 而且这也不是生物学家第一次利用到CRISPR 的作用。早在十年前，奶酪和酸奶制造商们其实就已经通过 CRISPR 生产能够更好抵御外来噬菌体的发酵材料。“这是一种非常有效的去除病毒的方法，”杜邦营养健康研发部主任Martin Kullen说，“CRISPR 一直被用于解决食物浪费的问题”。 发酵过程中噬菌体感染是乳制品生产过程中一直存在的问题，也是一个重要的问题。据世界著名的丹麦科汉森（Chr. Hansen）公司估计，全球大约有2%生产出来的奶酪都受到了噬菌体的攻击。这种感染还会减少牛奶发酵剂的酸化过......阅读全文
世卫组织——中国已分享新型冠状病毒基因序列信息
世界卫生组织12日宣布，已收到中国分享的从武汉不明原因病毒性肺炎病例中检测到的新型冠状病毒基因序列信息。世卫组织还表示，不建议对中国实施任何旅行或贸易限制。 世卫组织在一份声明中说，12日已从中国国家卫生健康委员会获得更多有关武汉不明原因病毒性肺炎的详细信息，包括从病例中检测到的新型冠状病毒基
我国首例输入性裂谷热病毒全基因组序列测定完成
记者从国家质量监督检验检疫总局获悉：7月24日凌晨，该局和军事医学科学院微生物流行病研究所联合攻关，获得了我国首例输入性裂谷热病例的病毒全基因组序列。 “测序结果确认了该输入性病例为非洲流行的裂谷热病毒感染所致。”军事医学科学院微生物流行病研究所研究员童贻刚告诉科技日报记者，经测定，该病毒基因
无需PCR，这项技术半小时就能获得新冠病毒基因序列
当前，针对新型冠状病毒的主要检测技术有免疫、PCR和高通量测序(NGS)三类，其中免疫和PCR方法是一种定向检测，可以对病毒进行筛查，适合对患者标本中是否存在病毒进行诊断。图片来源于网络 高通量测序作为一种全面的基因组检测技术，虽然它可以有效防止病毒变异产生的漏检，但因实验流程耗时长，操作繁
新冠病毒全基因组大小和序列的研究进展
2月3日，《自然》在线发表论文介绍了上海公共卫生临床中心和复旦大学公共卫生学院教授张永振等人对2019-nCov的基因组序列的分析。该病毒基因组从就职于出现首批患者的海鲜市场的一名病人身上获得。基因组分析显示，该病毒与此前在中国蝙蝠体内找到的一组SARS样冠状病毒密切相关。 通过对从患者收集的
炎症性肠病的产生竟然是“它”导致的！
肠道微生物群体的功能紊乱与炎症性肠病（inflammatory bowel diseases，IBD）的产生有关。图片来源：H. Hendricks, NC State Phage Hunters, E. Miller, NC State University. 过去试图探索微生物对IBD作用
深圳先进院首次揭示肠道噬菌体组与II型糖尿病的相关性
近日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所（筹）研究团队，在人体微生物组研究领域取得进展，相关研究成果以A Human Gut Phage Catalog correlates the Gut Phageome with Type 2 Diabetes为题，发表在Microbiome（《
利用FRW的分子制作第一张完整的大脑血管系统图谱
开发能够结合大脑血管的药物的主要障碍是血脑屏障，这是一种选择性渗透的细胞边界，可保护中枢神经系统免受血液中潜在的有毒物质的侵害。然而，该研究表明FRW与血脑屏障中的内皮细胞连接精确结合。因此，除了生成大脑血管系统的完整图谱之外，新技术还可用于检测血脑屏障中的间隙类型，这可能是阿尔茨海默氏症和帕金
Nature：以彼之道，还施彼身！揭开病毒对抗细菌CRISPR免疫系统的全新方式
噬菌体（Phage）和其他可移动遗传元件（MGE）对细菌施加了巨大的选择压力，作为回应，细菌也发展出了广泛的防御机制。其中最我们熟知的就是——CRISPR-Cas系统，这是一组在细菌中广泛存在的RNA引导的适应性免疫系统。 CRISPR-Cas系统的特异性和可编程性导致了基因组编辑、分子诊断等
细菌噬菌体细菌防御方法
细菌防御噬菌体的主要方法是合成能够降解外来DNA的酶。这些酶被称为限制性内切酶，它们能够剪切噬菌体注入细菌细胞的病毒DNA。细菌还含有另一个防御系统，这一系统利用CRISPR序列来保留其过去曾经遇到过的病毒的基因组片段，从而使得它们能够通过RNA干扰的方式来阻断病毒的复制。这种遗传系统为细菌提供
噬菌体的防御方法的介绍
细菌防御噬菌体的主要方法是合成能够降解外来DNA的酶。这些酶被称为限制性内切酶，它们能够剪切噬菌体注入细菌细胞的病毒DNA。细菌还含有另一个防御系统，这一系统利用CRISPR序列来保留其过去曾经遇到过的病毒的基因组片段，从而使得它们能够通过RNA干扰的方式来阻断病毒的复制。这种遗传系统为细菌提供
细菌防御噬菌体的主要方法
细菌防御噬菌体的主要方法是合成能够降解外来DNA的酶。这些酶被称为限制性内切酶，它们能够剪切噬菌体注入细菌细胞的病毒DNA。细菌还含有另一个防御系统，这一系统利用CRISPR序列来保留其过去曾经遇到过的病毒的基因组片段，从而使得它们能够通过RNA干扰的方式来阻断病毒的复制。这种遗传系统为细菌提供了一
单链丝状噬菌体展示系统、λ噬茵体展示系统和T4噬茵体...
单链丝状噬菌体展示系统、λ噬茵体展示系统和T4噬茵体展示系统一、单链丝状噬茁体展示系统 1、pIII展示系统及噬苗体抗体 丝状噬茵体是单链DNA病毒，pIII是病毒的次要外完蛋白（minor coatprotein）、位于病毒颗粒的一端，每个病毒颗粒都有3—5个拷贝pIII蛋白，pIII有两个位
噬菌体展示技术
1985年，Smith G P第一次将外源基因插入丝状噬菌体f1的基因Ⅲ，使目的基因编码的多肽以融合蛋白的形式展示在噬菌体表面，从而创建了噬菌体展示技术。该技术的主要特点是将特定分子的基因型和表型统一在同一病毒颗粒内，即在噬菌体表面展示特定蛋白质，而在噬菌体核心DNA中则含有该蛋白的结构基因。另
肠道病毒研究揭示噬菌体与炎性肠炎相关的主要变化
肠道微生物群体的功能紊乱与炎症性肠病（inflammatory bowel diseases，IBD）的产生有关。图片来源：H. Hendricks, NC State Phage Hunters, E. Miller, NC State University.过去试图探索微生物对IBD作用的研究主
单链丝状噬菌体展示系统
一、单链丝状噬茁体展示系统 1、pIII展示系统及噬苗体抗体 丝状噬茵体是单链DNA病毒，pIII是病毒的次要外完蛋白（minor coatprotein）、位于病毒颗粒的一端，每个病毒颗粒都有3—5个拷贝pIII蛋白，pIII有两个位点可供外源序列插入，即N端和近N端可伸屈胃内。当抗体片段或蛋
Lambda噬菌体
· Lambda DNA Preparation (Stanford DNA Sequence & Technology Center)Detailed protocol for lambda DNA preparation with recipes· Isolati
武汉病毒所在芽孢杆菌噬菌体的相关研究中取得系列成果
芽孢杆菌属（Bacillus）细菌是一类广泛存在的革兰氏阳性菌，其中诸如炭疽芽孢杆菌（B. anthracis）、蜡样芽孢杆菌杆菌（B. cereus）、短小芽孢杆菌（B. pumilus）、苏云金芽孢杆菌（B. thuringiensis， Bt）等为人类、动物、植物或昆虫的病原菌。噬菌体为细
关于基因重组的自然重组的介绍
自然界不同物种或个体之间的基因转移和重组是经常发生的,它是基因变异和物种进化的基础。自然界的基因转移的方式有： 接合作用：当细胞与细胞、或细菌通过菌毛相互接触时,质粒DNA就可从一个细胞（细菌）转移至另一细胞(细菌）,这种类型的DNA转移称为接合作用（conjugation ）。 转化作用（
通过噬菌体ELISA鉴定得到的噬菌体克隆
经过3～4轮的筛选后，应该能够富集到能与受体特异性结合的噬菌体群体。通常而言，在后几轮的筛选中，每次获得的噬菌体总量都会增加，但是单就这个现象并不一定能说明已经筛选到了受体特异性结合的肽段。能与靶分子非特异性结合或者能与筛选基质的噬菌体克隆也会造成这一现象。噬菌体ELISA可以说是最灵敏的鉴定所获取
关于同源重组的基本内容介绍
我们可以看到，同源重组一般都在染色体内仍按DNA序列的原来排列次序。但是在所谓位点特异性重组（site-specific recombination）中，DNA节段的相对位置发生了移动，从而得到不同的结果─DNA序列发生重排。位点特异性重组不依赖于DNA顺序的同源性（虽然亦可有很短的同源序列），
瑞丽：此次疫情病毒基因组序列与德尔塔变异株高度同源
7月7日，记者从瑞丽市新冠肺炎疫情防控新闻发布会（第三场）上获悉，为加快基因测序速度，云南省疾控中心紧急调运一台基因测序设备到瑞丽，设立临时基因测序实验室，并派出专业技术人员对检出的阳性样本进行新冠肺炎基因测序。目前，已完成7份阳性样本测序，结果表明，基因组序列与德尔塔（Delta）变异株高度同
血清丙型肝炎病毒感染指标及序列变异的动态研究(2)
二、血液透析患者HCV E2/NS1区序列变异 扩增的PCR产物经双向引物直接进行序列测定得到长度为388bp的一段序列(HCV e2/NS1区序列，核苷酸位置1110-1497，氨基酸位置371-499)，发现6例患者感染的HCV株E2/NS1序列间存在差异(序列未列出)，核苷酸同源性范围为82
一文读懂如何破解新冠病毒基因组全长序列
随着疫情进入攻坚阶段，基于实时荧光RT-PCR法的核酸检测技术在新冠病毒快速鉴定及确诊中发挥了重要作用。然而，若要对新冠病毒来源、变异进化及致病机理等进行研究，需获取完整的病毒基因组信息，这离不开高通量测序和病毒序列组装。 为全面深入地揭示新冠病毒的相关特性，华大智造可为新型冠状病毒高通量测序、序列
一文读懂如何破解新冠病毒基因组全长序列
随着疫情进入攻坚阶段，基于实时荧光RT-PCR法的核酸检测技术在新冠病毒快速鉴定及确诊中发挥了重要作用。然而，若要对新冠病毒来源、变异进化及致病机理等进行研究，需获取完整的病毒基因组信息，这离不开高通量测序和病毒序列组装。 为全面深入地揭示新冠病毒的相关特性，华大智造可为新型冠状病毒高通量测序、序列
核酸序列分析
【实验目的】1、 掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤；2、 掌握使用BioEdit软件进行核酸序列的基本分析；3、 熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；4、 了解基因的电子表达谱分析。【实验原理】针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置和
病毒基础知识（3）
（四）分子病毒学的研究时期 自从1953年DNA双螺旋结构理论建立以来，由于分子生物学的迅速发展，新技术和新方法的应用，使得病毒学的研究步入了分子病毒学的发展时期。50年代至60年代是分子生物学的奠基时代，而病毒特别是噬菌体和植物病毒为此做出了巨大的贡献,因此分子病毒学也正是分子生物学的发展过程中
Nature揭秘CRISPR系统的选择识别机制
细菌具有一种免疫系统来对抗称作为噬菌体的入侵病毒，也许会让你感到有些惊讶。并且像从单细胞到人类的所有免疫系统一样，细菌免疫系统面临的第一个挑战就是要检测出 “外源物质”与“自身物质”的差异。这并不简单，因为病毒、细菌和所有其他的生物都是由DNA和蛋白质构成。来自Weizmann研究所和以色列特拉
冲激序列信号与阶跃序列信号各有什么特性
单位脉冲序列只在n=0 处有一个单位值1，其余点上皆为0；单位阶跃序列只有在n>=0时，才取非零值1，当n
设计引物用cds序列和cdna序列的区别
cDNA和mRNA的序列是互补的，如果用两个引物，最后的两条DNA序列分别对应于mRNA和cDNA中的一段。由于引物方向从5‘至3’，所以两个引物对应于mRNA和cDNA中相应序列即可。
与CRISPR/Cas系统相爱相杀的抗CRISPR蛋白研究最新进展－一
CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种免疫系统，被用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。在CRISPR/Cas系统中，CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindr