基因组组装可缩短至几分钟?
当今,研究人员通常依赖新一代测序仪,将独特的DNA碱基序列(只有四个)翻译成字母:A,G,C和T。而DNA链长达数十亿个碱基,这些机器可产生非常短的读数,一次大约50至300个字符。为了从这些字母中提取信息,科学家们需要重建基因组的位置——这个过程类似于重建一本书中文本片段的句子和段落。 但是,这个过程可能很快就变得复杂和耗时,特别是因为一些基因组是巨大的。例如,人类基因组含有约30亿个碱基,小麦基因组包含近170亿个碱基,松树基因组包含约230亿个碱基。有时,测序仪也会在数据集中引入误差,需要过滤掉。大多数时候,基因组需要从头组装。想象一下,这就像将一百亿块拼图拼在一起,而且没有一个完整的图片可供参考。 美国劳伦斯伯克利国家实验室计算研究部(CRD)、联合基因组研究所(JGI)和加州大学伯克利分校(UC Berkeley)的一个研究小组,通过把一些新算法、计算技术与创新的编程语言Unified Parallel C......阅读全文
计算RSD需要几组数据
“RSD值的学名是relative standard deviation(相对标准偏差), 也称变异系数coefficient of variation,CV. Excel中公式如下: RSD=STDEV()/AVERAGE()*100 假设是这五个数据0.100,0.0999,0.0996,0.1
月桂酸的分子数据和计算数据
分子数据1、 摩尔折射率:59.202、 摩尔体积(m3/mol):221.23、 等张比容(90.2K):531.34、 表面张力(dyne/cm):33.25、 极化率(10-24cm3):23.47计算数据1、 疏水参数计算参考值(XlogP):4.22、 氢键供体数量:13、 氢键受体数量:
胸苷的计算化学数据
1、 疏水参数计算参考值(XlogP):-1.22、 氢键供体数量:33、 氢键受体数量:54、 可旋转化学键数量:25、 互变异构体数量:36、 拓扑分子极性表面积(TPSA):99.17、 重原子数量:178、 表面电荷:09、 复杂度:38110、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:
反油酸的计算化学数据
计算化学数据1、 疏水参数计算参考值(XlogP):6.52、 氢键供体数量:13、 氢键受体数量:24、 可旋转化学键数量:155、 互变异构体数量:6、 拓扑分子极性表面积(TPSA):37.37、 重原子数量:208、 表面电荷:09、 复杂度:23410、 同位素原子数量:011、 确定原子
亚精胺的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):-12.氢键供体数量:33.氢键受体数量:34.可旋转化学键数量:75.互变异构体数量:无6.拓扑分子极性表面积64.17.重原子数量:108.表面电荷:09.复杂度:56.810.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:0
尸胺的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):-0.62.氢键供体数量:23.氢键受体数量:24.可旋转化学键数量:45.互变异构体数量:无6.拓扑分子极性表面积527.重原子数量:78.表面电荷:09.复杂度:25.310.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:01
棕榈酸的计算化学数据
疏水参数计算参考值(XlogP):6.4氢键供体数量:1氢键受体数量:2可旋转化学键数量:14互变异构体数量:0拓扑分子极性表面积(TPSA):37.3重原子数量:18表面电荷:0复杂度:178同位素原子数量:0确定原子立构中心数量:0不确定原子立构中心数量:0确定化学键立构中心数量:0不确定化学键
褐煤酸的计算化学数据
1、 疏水参数计算参考值(XlogP):12.92、 氢键供体数量:13、 氢键受体数量:24、 可旋转化学键数量:265、 互变异构体数量:6、 拓扑分子极性表面积(TPSA):37.37、 重原子数量:308、 表面电荷:09、 复杂度:32710、 同位素原子数量:011、 确定原子立构中心数
甲苯酚的计算化学数据
1、疏水参数计算参考值(XlogP):1.9 2、氢键供体数量:1 3、氢键受体数量:1 4、可旋转化学键数量:0 5、互变异构体数量:2 6、拓扑分子极性表面积(TPSA):20.2 7、重原子数量:8 8、表面电荷:0 9、复杂度:62.8 10、同位素原子数量:0 11
胸苷的计算化学数据
1、 疏水参数计算参考值(XlogP):-1.22、 氢键供体数量:33、 氢键受体数量:54、 可旋转化学键数量:25、 互变异构体数量:36、 拓扑分子极性表面积(TPSA):99.17、 重原子数量:178、 表面电荷:09、 复杂度:38110、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:
鸟苷的计算化学数据
1.共价键单元数量:1 2.氢键供体数量:5 3.氢键受体数量:6 4.可旋转化学键数量:2 5.互变异构体数量:9 6.拓扑分子极性表面积155 7.重原子数量:20 8.表面电荷:0 9.复杂度:446 10.同位素原子数量:0 11.确定原子立构中心数量:4 12.不确定原子立构中心数量:0
反油酸的计算化学数据
1、 疏水参数计算参考值(XlogP):6.52、 氢键供体数量:13、 氢键受体数量:24、 可旋转化学键数量:155、 互变异构体数量:6、 拓扑分子极性表面积(TPSA):37.37、 重原子数量:208、 表面电荷:09、 复杂度:23410、 同位素原子数量:011、 确定原子立构中心数量
褐煤酸的计算化学数据
1、 疏水参数计算参考值(XlogP):12.92、 氢键供体数量:13、 氢键受体数量:24、 可旋转化学键数量:265、 互变异构体数量:6、 拓扑分子极性表面积(TPSA):37.37、 重原子数量:308、 表面电荷:09、 复杂度:32710、 同位素原子数量:011、 确定原子立构中心数
松萝酸的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):1.42.氢键供体数量:23.氢键受体数量:74.可旋转化学键数量:25.互变异构体数量:1476.拓扑分子极性表面积:1187.重原子数量:258.表面电荷:09.复杂度:70810.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量
丁香酸的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):无2.氢键供体数量:23.氢键受体数量:54.可旋转化学键数量:35.互变异构体数量:46.拓扑分子极性表面积767.重原子数量:148.表面电荷:09.复杂度:19110.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:013.确
松萝酸的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):1.42.氢键供体数量:23.氢键受体数量:74.可旋转化学键数量:25.互变异构体数量:1476.拓扑分子极性表面积:1187.重原子数量:258.表面电荷:09.复杂度:70810.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量
鸟苷的计算化学数据
1.共价键单元数量:12.氢键供体数量:53.氢键受体数量:64.可旋转化学键数量:25.互变异构体数量:96.拓扑分子极性表面积1557.重原子数量:208.表面电荷:09.复杂度:44610.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:412.不确定原子立构中心数量:013.确定化学键立构中心
植酸的计算化学数据
1、疏水参数计算参考值(XlogP):-10.32、氢键供体数量:123、氢键受体数量:244、可旋转化学键数量:125、互变异构体数量:06、拓扑分子极性表面积:4017、重原子数量:368、表面电荷:09、复杂度:81810、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:012、不确定原子立构中
环孢菌素A的计算化学数据
疏水参数计算参考值(XlogP):7.5氢键供体数量:5氢键受体数量:12可旋转化学键数量:15互变异构体数量:16拓扑分子极性表面积(TPSA):279重原子数量:85表面电荷:0复杂度: 2330同位素原子数量:0确定原子立构中心数量:12不确定原子立构中心数量:0确定化学键立构中心数量:1不确
泼尼松龙的计算化学数据
1、疏水参数计算参考值(XlogP):1.62、氢键供体数量:33、氢键受体数量:54、可旋转化学键数量:25、互变异构体数量:96、拓扑分子极性表面积(TPSA):94.87、重原子数量:268、表面电荷:09、复杂度:72410、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:712、不确定原子立
非洛地平的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):无2.氢键供体数量:13.氢键受体数量:54.可旋转化学键数量:65.互变异构体数量:56.拓扑分子极性表面积64.67.重原子数量:258.表面电荷:09.复杂度:61410.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:113
EDTA四钠计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):无 2.氢键供体数量:4 3.氢键受体数量:14 4.可旋转化学键数量:7 5.互变异构体数量:无 6.拓扑分子极性表面积171 7.重原子数量:28 8.表面电荷:0 9.复杂度:293 10.同位素原子数量:0 11.确定原子立构中心
黄嘌呤的计算化学数据
1、 疏水参数计算参考值(XlogP):-0.7 2、 氢键供体数量:3 3、 氢键受体数量:3 4、 可旋转化学键数量:0 5、 互变异构体数量:15 6、 拓扑分子极性表面积(TPSA):86.9 7、 重原子数量:11 8、 表面电荷:0 9、 复杂度:217 10、 同
黄嘌呤的计算化学数据
1、 疏水参数计算参考值(XlogP):-0.72、 氢键供体数量:33、 氢键受体数量:34、 可旋转化学键数量:05、 互变异构体数量:156、 拓扑分子极性表面积(TPSA):86.97、 重原子数量:118、 表面电荷:09、 复杂度:21710、 同位素原子数量:011、 确定原子立构中心
鸟苷的计算化学数据
1.共价键单元数量:1 2.氢键供体数量:5 3.氢键受体数量:6 4.可旋转化学键数量:2 5.互变异构体数量:9 6.拓扑分子极性表面积155 7.重原子数量:20 8.表面电荷:0 9.复杂度:446 10.同位素原子数量:0 11.确定原子立构中心数量:4 12.不确定原子立构中心数量:0
胸苷的计算化学数据
1、 疏水参数计算参考值(XlogP):-1.22、 氢键供体数量:33、 氢键受体数量:54、 可旋转化学键数量:25、 互变异构体数量:36、 拓扑分子极性表面积(TPSA):99.17、 重原子数量:178、 表面电荷:09、 复杂度:38110、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:
丁香酸的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):无2.氢键供体数量:23.氢键受体数量:54.可旋转化学键数量:35.互变异构体数量:46.拓扑分子极性表面积767.重原子数量:148.表面电荷:09.复杂度:19110.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:013.确
雄酮的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):无2.氢键供体数量:13.氢键受体数量:24.可旋转化学键数量:05.互变异构体数量:26.拓扑分子极性表面积37.37.重原子数量:218.表面电荷:09.复杂度:45910.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:712.不确定原子立构中心数量:013
鸟苷的计算化学数据
性质与稳定性常温常压稳定,避免与强氧化剂、热接触。贮存方法储存于阴凉、通风的库房。远离火种、水源。应与氧化剂分开存放,切忌混储。配备相应品种和数量的消防器材。储区应备有合适的材料收容泄漏物。
玉米素的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值(XlogP):0.72.氢键供体数量:33.氢键受体数量:54.可旋转化学键数量:45.互变异构体数量:86.拓扑分子极性表面积:86.77.重原子数量:168.表面电荷:09.复杂度:25810.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量: