基因组组装可缩短至几分钟？
当今，研究人员通常依赖新一代测序仪，将独特的DNA碱基序列（只有四个）翻译成字母：A，G，C和T。而DNA链长达数十亿个碱基，这些机器可产生非常短的读数，一次大约50至300个字符。为了从这些字母中提取信息，科学家们需要重建基因组的位置——这个过程类似于重建一本书中文本片段的句子和段落。 但是，这个过程可能很快就变得复杂和耗时，特别是因为一些基因组是巨大的。例如，人类基因组含有约30亿个碱基，小麦基因组包含近170亿个碱基，松树基因组包含约230亿个碱基。有时，测序仪也会在数据集中引入误差，需要过滤掉。大多数时候，基因组需要从头组装。想象一下，这就像将一百亿块拼图拼在一起，而且没有一个完整的图片可供参考。 美国劳伦斯伯克利国家实验室计算研究部（CRD）、联合基因组研究所（JGI）和加州大学伯克利分校（UC Berkeley）的一个研究小组，通过把一些新算法、计算技术与创新的编程语言Unified Parallel C......阅读全文
基因组育种大数据计算新工具“天权”发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494792.shtm近日，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了华中农业大学动物遗传育种团队开发的基因组育种大数据计算新工具HIBLUP，中文名为“天权”。相关论文
基因组育种大数据计算新工具“天权”发布
近日，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了华中农业大学动物遗传育种团队开发的基因组育种大数据计算新工具HIBLUP，中文名为“天权”。相关论文被期刊评为“突破性进展”论文。 该研究系统分析了已有遗传评估算法特点，针对现有算法在处理快速增长的基因组育种大
BCA检测数据计算
原理简介BCA(bicinchoninic acid)法蛋白浓度定量试剂盒是在世界上常用的蛋白浓度检测方法之一BCA法基础上改进而成。众所周知，二价铜离子在碱性的条件下，可以被蛋白质还原成一价铜离子（biuret reaction），一价铜离子和独特的BCA Solution A（含有BCA）相互作
腺苷的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：无氢键供体数量：4氢键受体数量：8可旋转化学键数量：2互变异构体数量：3拓扑分子极性表面积：140重原子数量：19表面电荷：0复杂度：335同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：4不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键立构中心数量：0
尿囊素的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值（XlogP）：-2.22.氢键供体数量：43.氢键受体数量：34.可旋转化学键数量：15.互变异构体数量：246.拓扑分子极性表面积：1137.重原子数量：118.表面电荷：09.复杂度：22510.同位素原子数量：011.确定原子立构中心数量：012.不确定原子立构中心数量
蟾毒色胺的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：无氢键供体数量：2氢键受体数数量：2可旋转化学键数量：3互变异构体数量：9拓扑分子极性表面积：39.3重原子数量：15表面电荷：0复杂度：208同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：0不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键立构中心数量：0
胆碱的计算化学数据
1. 疏水参数计算参考值（XlogP）：-0.42. 氢键供体数量：13. 氢键受体数量：14. 可旋转化学键数量：25. 互变异构体数量：06. 拓扑分子极性表面积：20.27. 重原子数量：78. 表面电荷：19. 复杂度：46.510. 同位素原子数量：011. 确定原子立构中心数量：012.
腺苷的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：无氢键供体数量：4氢键受体数量：8可旋转化学键数量：2互变异构体数量：3拓扑分子极性表面积：140重原子数量：19表面电荷：0复杂度：335同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：4不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键立构中心数量：0
腺苷－的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：无氢键供体数量：4氢键受体数量：8可旋转化学键数量：2互变异构体数量：3拓扑分子极性表面积：140重原子数量：19表面电荷：0复杂度：335同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：4不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键立构中心数量：0
阿糖胞苷的计算化学数据
计算化学数据1、疏水参数计算参考值（XlogP）：无2、氢键供体数量：43、氢键受体数量：54、可旋转化学键数量：25、互变异构体数量：36、拓扑分子极性表面积：1297、重原子数量：178、表面电荷：09、复杂度：38310、同位素原子数量：011、确定原子立构中心数量：412、不确定原子立构中心
泼尼松的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：1.5氢键供体数量：2氢键受体数量：5可旋转化学键数量：2互变异构体数量：27拓扑分子极性表面积（TPSA）：91.7重原子数量：26表面电荷：0复杂度：764同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：6不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键
阿糖胞苷的计算化学数据
1、疏水参数计算参考值（XlogP）：无2、氢键供体数量：4 3、氢键受体数量：5 4、可旋转化学键数量：2 5、互变异构体数量：3 6、拓扑分子极性表面积：129 7、重原子数量：17 8、表面电荷：0 9、复杂度：383 10、同位素原子数量：0 11、确定原子立构中心数量：4 12、不确定原
腺苷的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：无氢键供体数量：4氢键受体数量：8可旋转化学键数量：2互变异构体数量：3拓扑分子极性表面积：140重原子数量：19表面电荷：0复杂度：335同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：4不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键立构中心数量：0
可的松的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：1.5氢键供体数量：2氢键受体数量：5可旋转化学键数量：2互变异构体数量：45拓扑分子极性表面积（TPSA）：91.7重原子数量：26表面电荷：0复杂度：724同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：6不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键
睾酮的计算化学数据
1、疏水参数计算参考值（XlogP）：无2、氢键供体数量：13、氢键受体数量：24、可旋转化学键数量：05、互变异构体数量：56、拓扑分子极性表面积：37.37、重原子数量：218、表面电荷：09、复杂度：50810、同位素原子数量：011、确定原子立构中心数量：612、不确定原子立构中心数量：01
腺苷的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：无氢键供体数量：4氢键受体数量：8可旋转化学键数量：2互变异构体数量：3拓扑分子极性表面积：140重原子数量：19表面电荷：0复杂度：335同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：4不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键立构中心数量：0
油酸的计算化学数据
1、疏水参数计算参考值（XlogP）：无2、氢键供体数量：13、氢键受体数量：24、可旋转化学键数量：155、互变异构体数量：06、拓扑分子极性表面积：37.37、重原子数量：208、表面电荷：09、复杂度：23410、同位素原子数量：011、确定原子立构中心数量：012、不确定原子立构中心数量：0
吡啶的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：无 氢键供体数量：0 氢键受体数量：1 可旋转化学键数量：0 互变异构体数量：0 拓扑分子极性表面积：12.9 重原子数量：6 表面电荷：0 复杂度：30.9 同位素原子数量：0 确定原子立构中心数量：0 不确定原子立构中心数量：0 确定
溴酚蓝的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值（XlogP）:无2.氢键供体数量:23.氢键受体数量:54.可旋转化学键数量:25.互变异构体数量:36.拓扑分子极性表面积92.27.重原子数量:298.表面电荷:09.复杂度:66210.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:013
肌酐计算化学数据
1.共价键单元数量:1 2.氢键供体数量:1 3.氢键受体数量:1 4.可旋转化学键数量:0 5.互变异构体数量:5 6.拓扑分子极性表面积58.7 7.重原子数量:8 8.表面电荷:0 9.复杂度:151 10.同位素原子数量:0 11.确定原子立构中心数量:0 12.不
赤藓糖醇计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：-2.3 氢键供体数量：4 氢键受体数量：4 可旋转化学键数量：3 拓扑分子极性表面积（TPSA）：80.9 重原子数量：8 表面电荷：0 复杂度：48 同位素原子数量：0 确定原子立构中心数量：2 不确定原子立构中心数量：0 确定化学键立
尿酸的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值（XlogP）:-1.92.氢键供体数量：43.氢键受体数量：34.可旋转化学键数量：05.互变异构体数量：436.拓扑分子极性表面积：99.37.重原子数量：128.表面电荷：09.复杂度：33210.同位素原子数量：011.确定原子立构中心数量：012.不确定原子立构中心数
泼尼松的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：1.5氢键供体数量：2氢键受体数量：5可旋转化学键数量：2互变异构体数量：27拓扑分子极性表面积（TPSA）：91.7重原子数量：26表面电荷：0复杂度：764同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：6不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键
精胺的计算化学数据
1、 疏水参数计算参考值（XlogP）：-1.12、 氢键供体数量：43、 氢键受体数量：44、 可旋转化学键数量：115、 拓扑分子极性表面积（TPSA）：76.16、 重原子数量：147、 表面电荷：08、 复杂度：86.19、 同位素原子数量：010、 确定原子立构中心数量：011、 不确定原
地高辛的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）:1.3氢键供体数量：6氢键受体数量：14可旋转化学键数量:7互变异构体数量：0拓扑分子极性表面积（TPSA）:203重原子数量：55表面电荷：0复杂度：1450同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：21不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学
组胺的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值（XlogP）：无2.氢键供体数量：23.氢键受体数量：24.可旋转化学键数量：25.互变异构体数量：26.拓扑分子极性表面积：54.77.重原子数量：88.表面电荷：09.复杂度：64.710.同位素原子数量：011.确定原子立构中心数量：012.不确定原子立构中心数量：01
草酸的计算化学数据
1.疏水参数计算参考值（XlogP）:-0.32.氢键供体数量：23.氢键受体数量：44.可旋转化学键数量：15.互变异构体数量：无6.拓扑分子极性表面积：74.67.重原子数量：68.表面电荷：09.复杂度：71.510.同位素原子数量：011.确定原子立构中心数量：012.不确定原子立构中心数量
丙酮的计算化学数据
疏水参数计算参考值（XlogP）：-0.1氢键供体数量：0氢键受体数量：1可旋转化学键数量：0互变异构体数量：2拓扑分子极性表面积：17.1重原子数量：4表面电荷：0复杂度：26.3同位素原子数量：0确定原子立构中心数量：0不确定原子立构中心数量：0确定化学键立构中心数量：0不确定化学键立构中心数量
计算RSD需要几组数据
“RSD值的学名是relative standard deviation(相对标准偏差), 也称变异系数coefficient of variation,CV. Excel中公式如下: RSD=STDEV()/AVERAGE()*100 假设是这五个数据0.100,0.0999,0.0996,0.1
胆碱的计算化学数据
1. 疏水参数计算参考值（XlogP）：-0.4 2. 氢键供体数量：1 3. 氢键受体数量：1 4. 可旋转化学键数量：2 5. 互变异构体数量：0 6. 拓扑分子极性表面积：20.2 7. 重原子数量：7 8. 表面电荷：1 9. 复杂度：46.5 10. 同位素原子数量：