NatMethods：科学家开发出首个进行DNA模拟平台
分子动力学是一种可以模拟DNA运动的技术，DNA的运动包括折叠形成双股、三股或者四股链条，甚至是同蛋白和药物进行相互作用；分子动力学技术常被用于描述发生于皮秒到分钟时间的分子事件，其也可以被用于不同尺寸的分子系统研究中。近日刊登于国际杂志Nature Methods上的一项研究报告中，来自巴塞罗那生物医药研究所的研究人员开发了多种方法，其或许可以帮助在时空尺度更好地理解生物大分子的行为，尤其是核酸分子，这对生物医药和生物技术或将带来巨大的应用潜力。 文章中研究者实现了在高精确的情况下在原子水平上对DNA的动态进行模拟，目前研究人员可对超过100个DNA系统进行检测；相关的研究数据储存于一个公共站点上，其包括了超过4TB的信息量；文章中研究人员开发了一套称为力场的数学函数，其可以描述形成DNA的原子运动方式，而力场此前并未允许在时间尺度上进行不同结构的研究来帮助理解生物现象的发生机制。 研究者发布了首个用于模拟核酸分子的在......阅读全文
单分子高速AFM：每秒50帧实时跟踪分子动力学
分析测试百科网讯 布鲁克今天宣布发布NanoRacer高速AFM系统。凭借每秒50帧的前所未有的成像速度，这为高速扫描功能树立了新的里程碑，从而可以使用原子力显微镜（AFM）实时实时显示动态生物过程。与该领域的领先专家紧密合作开发的NanoRacer还具有原子分辨率和无与伦比的用户友好性，有望提
研究揭示分子伴侣的动力学机制
3月20日，国际期刊《美国国家科学院院刊》（PNAS）在线发表了中国科学院生物物理研究所柯莎（Sarah Perrett）研究组题为Kinetics of the conformational cycle of Hsp70 reveals the importance of the dynami
使用分子动力学模拟红外光谱
化学中经常用红外光谱来分析溶液的组成和变化，因为某些分子基团有红外特征指纹。问题是，溶剂和溶质的峰常常叠在一起，分析起来甚是棘手。所以，我们可以借助于分子动力学模拟来模拟溶剂的红外光谱，以便帮助分析整个溶液的红外光谱。 要想计算一种物质的红外光谱，最简单的方法是用量子化学计算气相中的一个单分子
蛋白质结构预测和分子动力学
作为结构基因组研究的互补，蛋白质结构预测的目标是发展出有效的能够提供未知结构（未通过实验方法得到）蛋白质的可信的结构模型。目前最为成功的结构预测方法是同源建模；这一方法是利用序列相似的蛋白质（已知结构）的结构作为“模板”。而结构基因组的目标正是通过解析大量蛋白质的结构来为同源建模提供足够的模板
简述低分子肝素的药代动力学
低分子肝素的抗凝血因子Xa活性t1/2。明显长于普通肝素，体内t1/2约为普通肝素的8倍，其抗凝血因子Xa活性的生物利用度是普通肝素的3倍。静注维持12h，皮下给药的生物利用度几乎达100%。1次/d即可，使用方便。
双分子亲核取代反应的反应动力学
SN2属于二级反应，决速步与两个反应物的浓度相关：亲核试剂[Nu]和底物[RX]。r=k[RX][Nu]与此相对比的是单分子亲核取代反应—SN1反应，亲核取代反应的另一种机理。此类反应中，底物中的C-X键首先异裂为碳正离子和X-，是较慢的一步，然后亲核试剂Nu立即与碳正离子结合，得到含C-Nu键的产
聚焦“超分子组装” 建设“高分子结构与动力学”研究平台
鸡蛋煮熟后为何会凝固？肥皂为何能去除污物？如何精准控制材料的功能与性质……这些看似寻常的问题中蕴含着丰富的科学原理，是基础研究领域科学家们孜孜以求的课题。 11月21日至23日，美国工程院院士Edwin L. Thomas，欧洲科学院院士Egbert W. Meijer，以色列科学院、欧洲科
单分子动力学研究阐释UvrD解旋酶的工作机理
解旋酶是一种常见的马达蛋白，它以核酸单链为轨道沿着核酸链定向移动，并利用ATP水解提供的能量打开互补的核酸双链, 获得单链。解旋酶在DNA的复制、修复、重组以及转录等代谢过程都起着重要作用。但是人们迄今还没有完全理解解旋酶的解旋机制。单分子操纵技术帮助人们在单分子水平定量研究解旋酶的解旋动力学，
飞秒激光场原子分子动力学研究取得进展
不同原子分子体系在飞秒激光场中的光电子角分布 强飞秒激光诱导产生的电离电子束具有超高时间（亚飞秒尺度）和空间（亚埃尺度）分辨特征，是一种探测原子分子内部结构及超快动力学演化的有力工具。原子分子在强飞秒激光场中的高阶阈上电离现象由电离电子与母核发生弹性碰撞引起。由于电离电子携带了初始原子分子结构信息
单分子动力学研究阐释UvrD解旋酶的工作机理
解旋酶是一种常见的马达蛋白，它以核酸单链为轨道沿着核酸链定向移动，并利用ATP水解提供的能量打开互补的核酸双链, 获得单链。解旋酶在DNA的复制、修复、重组以及转录等代谢过程都起着重要作用。但是人们迄今还没有完全理解解旋酶的解旋机制。单分子操纵技术帮助人们在单分子水平定量研究解旋酶的解旋动力学，