中美合作在三代基因测序软件领域再次取得重要突破
针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%—40%的现实，该团队研发出了一套“线性复杂度”（复杂性最低）的算法，Sparc软件即基于该新算法完成。 综合测试显示：采用测序深度仅为30x的三代基因测序数据，Sparc取得组装共识（Consensus)时错误率低于0.5%；同时与目前最优秀的同类软件比，Sparc可节省计算时间和内存达80%。这一重要突破为推进基因测序技术迈向三代技术的产业升级提供了又一关键软件技术。 Sparc是马占山研究员2011年回国后该团队在基因测序领域所研发公布的第三款重要软件。2011-2012年发布的SparseAssembler-I和II系为第二代测序技术所设计。2014年发布的DBG2OLC为新兴的三代测序技术（单分子测序）设计。此两款软件目前在各自所处的二代和三代测序技术领域其性能仍处于国际先进水平。此次发布的Sparc软件旨在解决三代测序超高错误率的硬件技术难题。 事实上，三代测序的错误......阅读全文
第三代基因组测序仪实现单分子速读
第三代基因组测序仪实现单分子速读在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子
第三代基因组测序仪实现单分子速读
第三代基因组测序仪实现单分子速读在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子
第三代基因组测序仪实现单分子速读
在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子进行测序，而目前市场上的主流测序
第三代测序重大突破！首次完成人类基因组测序
第二代测序是当今应用最为广泛的技术，但读长短是它的软肋，并且它无法解决高度杂合的基因组、高度重复序列、高GC区域、拷贝数变异、大的结构变异等问题。第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点，近年来渐渐被应用于各大研究中。以前谈到第三代测序，也许你想到的是病毒基因组或细菌基因组测序，而如今随着技
第三代DNA测序技术
测序技术在近两三年中又有新的里程碑。以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies纳米孔单分子测序技术，被称之为第三代测序技术。与前两代相比，他们最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。其中PacBio SMRT技术其实也应用了边合成边测序的思想
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点分别介绍如下：一代测序优点是读长较长、准确性高。缺点是测序成本高、通量低，使得de novo测序、转录组测序等应用难以普及。二代测序优点是相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内。缺点是序列读长方面
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点分别介绍如下：一代测序优点是读长较长、准确性高。缺点是测序成本高、通量低，使得de novo测序、转录组测序等应用难以普及。二代测序优点是相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内。缺点是序列读长方面
基于纳米孔的第三代测序技术：每个人支付得起的基因测序
典型的纳米孔测序过程示意图 最近的一项研究发现，在低NaCl浓度下长链DNA更利于纳米孔测序，这为纳米孔测序技术的发展提供了线索。 这篇名为“链长对DNA构象及摩擦行为的影响”的研究论文发表于《中国科学：技术科学》英文版2013年第12期，从摩擦学角度初步探讨了不同链长DNA在纳米孔测序
小麦基因组测序－为第三代育种绘制“高清地图”
不久前，中国科学院遗传与发育生物学研究所发表于国际著名期刊《自然》的论文称，该所研究团队已完成小麦A基因组测序和染色体精细图谱绘制。这是继2013年，该团队成功绘制出小麦A基因组祖先种乌拉尔图小麦基因组草图并发表于《自然》之后，在此领域的又一项重大成果。图片来源于网络 中国科学院遗传与发育生
第三代基因组测序仪问世－实现单分子速读
据《自然》杂志网站2月8日报道，在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。 研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA(
关于三代基因测序，你所需要知道的都在这儿！
一、导读： 在大部分投资者对“二代测序”（NGS）还没有搞清技术细节的情况下，“三代测序”（3GS）又火了。 6月17日，医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅，我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此，我们结合各方面资料归纳总结了三代
关于三代基因测序，你所需要知道的都在这儿！
一、导读： 在大部分投资者对“二代测序”（NGS）还没有搞清技术细节的情况下，“三代测序”（3GS）又火了。 6月17日，医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅，我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此，我们结合各方面资料归纳总结了三代
三代基因测序融资频爆错误率、成本高制约商用
二代测序还未唱罢，三代测序就已登台。 上周，北京希望组宣布完成由经纬中国和赛富投资领投、清科创投跟投的近亿元人民币A轮融资。12月12日，英国公司Oxford Nanopore Technologies宣布在最近一轮融资中获得了1亿英镑（合计1.26亿美元）融资。 12月13日，第三代基因测
一代测序、二代测序及三代测序的应用对比
一、初现庐山真面目 一代测序：又称Sanger测序(多分子，单克隆) 历史：第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用
一代测序、二代测序和三代测序各有什么优势
一代测序、二代测序和三代测序的优势如下：第一代测序：指双脱氧末端终止法，（Sanger法）扩增后通过毛细管电泳读取序列，每次获取数据量少。优势：由于ddNTP的2’和3’都不含羟基，其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断DNA合成反应。在4个DNA合成反应体系中分别加入一定比例带
一代测序、二代测序及三代测序的应用对比
一、初现庐山真面目 一代测序：又称Sanger测序(多分子，单克隆) 历史：第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用
一代测序、二代测序和三代测序各有什么优势
一代测序、二代测序和三代测序的优势如下：第一代测序：指双脱氧末端终止法，（Sanger法）扩增后通过毛细管电泳读取序列，每次获取数据量少。优势：由于ddNTP的2’和3’都不含羟基，其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断DNA合成反应。在4个DNA合成反应体系中分别加入一定比例带
干货：三代测序技术和原理（一）
摘要：从1977年第一代DNA测序技术（Sanger法）1，发展至今三十多年时间，测序技术已取得了相当大的发展，从第一代到第三代乃至第四代，测序读长从长到短，再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置，但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中
干货：三代测序技术和原理（二）
Solid技术 Solid测序技术是ABI公司于2007年开始投入用于商业测序应用的仪器。它基于连接酶法，即利用DNA连接酶在连接过程之中测序（图6）2,4。它的原理是： （1）DNA文库构建 片段打断并在片段两端加上测序接头，连接载体，构建单链DNA文库。 （2）Emulsion PCR
三代测序技术的优点有哪些
第三代测序技术是指单分子测序技术。DNA测序时，不需要经过PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。第三代测序技术也叫从头测序技术，即单分子实时DNA测序。第三代测序技术发明人：Stephen W Turner1 & Jonas Korlach1博士。基因测序技术逐渐成为临床分子诊断中重要技术
三代测序技术和原理介绍（二）
Solid技术 Solid测序技术是ABI公司于2007年开始投入用于商业测序应用的仪器。它基于连接酶法，即利用DNA连接酶在连接过程之中测序（图6）2,4。它的原理是： 图6-a. Solid测序技术 （1）DNA文库构建 片段打断并在片段两端加上测序接头，连接载体，构建单链DNA文库。
三代测序技术和原理介绍（一）
摘要：从1977年第一代DNA测序技术（Sanger法）1，发展至今三十多年时间，测序技术已取得了相当大的发展，从第一代到第三代乃至第四代，测序读长从长到短，再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置，但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快
第三代基因组测序仪问世－实现了单分子速读
据《自然》杂志网站2月8日报道，在上周末于美国佛罗里达州马可岛召开的“基因组生物学与技术进展大会”上，来自加利福尼亚门洛帕克市的太平洋生物科技公司介绍了其研制的第三代基因组测序仪，该测序仪实现了一次标记一个分子式的单分子速读。 研究人员指出，第三代测序仪的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核
英研发第三代基因测序技术－用纳米孔单分子读取
基于纳米孔的单分子读取技术，英国牛津纳米孔公司成功研发出第三代基因测序技术。该测序技术读取数据更快、有望大大降低测序成本，改变个人医疗的前景。 当前，基因测序工作费时且昂贵，测序时，分子必须进行多次复制(这一步被称为扩增)，同时进行荧光示踪标记，这一过程会带来错误，因此，一个基因要被测序多
南方科技大学“孔雀团队”第三代基因测序仪上市
由南方科技大学孔雀团队“贺建奎教授团队”研发的具有全自主知识产权的第三代基因测序仪，7月31日在此间宣告上市。南方科技大学“孔雀团队”第三代基因测序仪上市。南科大供图 记者从当天举行的“南方科技大学‘孔雀团队’第三代基因测序仪重大成果发布会”上获悉，该测序仪是目前全球准确率最高，且唯一用于临床
第三代人类基因测序技术获得重大进展
据中国之声《全国新闻联播》报道，由东南大学担纲的第三代人类基因测序关键技术研制取得重大进展：人体全基因测序有望只需1000美元、在1天时间内完成，提前预测、干预潜在遗传类疾病的可能性大大增加。 人体基因由30亿个碱基对组成，基因测序就是做纳米孔让30亿个碱基对排队通过。测定基因序列后，就能判断
第三代基因测序取得重大突破－多公司已抢得先机
周五，大盘平开高走，题材股继续活跃。其中基因测序板块领涨，新开源(58.950, 5.36, 10.00%)、安科生物(27.200, 2.47, 9.99%)、北陆药业(21.380, 1.94, 9.98%)涨停，达安基因(30.130, 2.74, 10.00%)、千山药机(32.580,
三代测序的DNA提取和宏基因组学分析（二）
优势与局限这种DNA提取方法已被优化用于从人类粪便样本中提取高分子量(HMW)DNA，但也已在模拟微生物群落和细菌分离株上得到验证。我们希望该方案可以适用于其他样品类型，尽管可能需要对裂解前和裂解后步骤进行修改以解释特定于样品的制备和污染物清除的问题是必要的。机械裂解方法（如珠子击打）仍然是连续裂解
三代测序的DNA提取和宏基因组学分析（一）
改进的人类肠道微生物组的高分子量DNA提取，纳米孔测序和宏基因组学装配Improved high-molecular-weight DNA extraction,nanopore sequencing and metagenomicassembly from the human gut microb
三代测序技术实现44倍测序序列连续性提升
2019年9月3日，PNAS（美国科学院院报）在线发表了上海交通大学王文琴副教授团队课题组题为“Plant evolution and environmental adaptation unveiled by long-read whole-genome sequencing of Spirodel