三代测序数据漫谈
三代明星：PacBio及其序列数据再来看看江湖呼声渐涨的三代测序技术。目前三代测序市场上，表现最为抢眼的莫过于以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies为代表的纳米孔单分子测序技术。与前两代相比，三代测序最为核心的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。PacBio SMRT技术其实也应用了边合成边测序的思想，并以SMRT芯片为测序载体。测序时，不需要对目标DNA进行PCR扩增，而是直接在目标片段两端加上两个发卡结构的接头，形成一个连续的环状结构。也因此，PacBio系统在读长上显示了极大的优势。目前比较受市场热捧的三代测序是PacBio的RSⅡ和2015年推出的Sequel。PacBio下机产生的序列文件以HDF5格式存储。可以采用h5dump命令来查看H5文件内容。1. 查看碱基序列：h5dump –d /PulseData/BaseCalls/Baseca......阅读全文
三代测序数据漫谈
三代明星：PacBio及其序列数据再来看看江湖呼声渐涨的三代测序技术。目前三代测序市场上，表现最为抢眼的莫过于以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies为代表的纳米孔单分子测序技术。与前两代相比，三代测序最为核心的特点就是单分子测序，测序过程无需进
漫谈单细胞测序及其临床应用
一、概述随着现代生物学的发展，细胞群体的研究已不再能满足科研需求。单细胞测序解决了用组织样本测序或样本少时无法解决的细胞异质性难题，为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向。单细胞测序正在成为科研热点。二、单细胞测序倍受青睐的原因人们最初以为一个细胞类群是均质的（即各细胞都是
第三代DNA测序技术
测序技术在近两三年中又有新的里程碑。以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies纳米孔单分子测序技术，被称之为第三代测序技术。与前两代相比，他们最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。其中PacBio SMRT技术其实也应用了边合成边测序的思想
第三代基因测序仪
基因测序仪（即DNA测序仪），是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定基因片段的高档精密仪器。2009年12月3日，中科院北京基因组所与浪潮成立“中科院北京基因组研究所—浪潮基因组科学联合实验室”将研发国产第三代基因测序仪。该基因测序仪几十分钟就可完成一个人的完整基因组测序
中国学者发文，介绍三代测序数据计算方法的突破
9月18日，中山大学中山眼科中心谢志、肖传乐、谢尚潜，中山大学数据科学与计算机学院陈颖，湖南农业大学罗峰等学者合作在 Nature Methods 杂志上发表了三代基因组测序数据计算方法，解决了该领域的关键技术难题。 这一项目负责人谢志教授和主要完成人肖传乐副研究员表示：以 PacBio 和
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点
一代测序，二代测序，三代测序的优点缺点分别介绍如下：一代测序优点是读长较长、准确性高。缺点是测序成本高、通量低，使得de novo测序、转录组测序等应用难以普及。二代测序优点是相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内。缺点是序列读长方面
一代测序、二代测序及三代测序的应用对比
一、初现庐山真面目 一代测序：又称Sanger测序(多分子，单克隆) 历史：第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用
一代测序、二代测序及三代测序的应用对比
一、初现庐山真面目 一代测序：又称Sanger测序(多分子，单克隆) 历史：第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用
第三代基因测序仪应用
该仪器可广泛用于基因测定，癌细胞的表达普测定、亲子鉴定、个体识别、基因档案、父系鉴定、母系鉴定、种族鉴定、种属鉴定、传染病毒的测定及胎儿遗传缺陷的分析，比如癌细胞有起固有的表达方式，通过测定可得知人体癌细胞的发生和变化情况。另外，国产第三代基因测序仪的研发将极大地拓宽生命科学、生物化学、生物医药等领
第三代基因测序仪应用
该仪器可广泛用于基因测定，癌细胞的表达普测定、亲子鉴定、个体识别、基因档案、父系鉴定、母系鉴定、种族鉴定、种属鉴定、传染病毒的测定及胎儿遗传缺陷的分析，比如癌细胞有起固有的表达方式，通过测定可得知人体癌细胞的发生和变化情况。另外，国产第三代基因测序仪的研发将极大地拓宽生命科学、生物化学、生物医药