葛峰课题组最新文章发布原核生物的蛋白基因组分析软件

蛋白基因组学(Proteogenomics) 是基于高精度的串联质谱数据对基因组进行注释,不仅能在蛋白质水平上验证基因表达和模式,还能提供蛋白质组层面特有的信息,如翻译后修饰、信号肽等,目前 已成为功能基因组学研究不可或缺的重要工具。然而,对海量质谱数据实现全面和精准的解读仍是当前蛋白基因组学研究的瓶颈,目前仍缺乏专业、高效的蛋白基因 组学分析方法与软件,限制了其在生命和健康领域的应用。 近期,来自中科院水生所葛峰课题组在前期完成的模式蓝藻的蛋白基因组学分析工作的基础上(Yang et al., PNAS,2014,111(52):E5633-E5642),基于水生所的超级计算平台,开发了开源的针对原核生物的蛋白基因组学专业分析软件GAPP。 研究成果以“GAPP: a proteogenomic software for genome annotation and global profiling of posttra......阅读全文

串联质谱的分类和主要串联方式

  空间串联和时间串联。空间串联是两个以上的质量分析器联合使用,两个分析器间有一个碰撞活化室,目的是将前级质谱仪选定的离子打碎,由后一级质谱仪分析。而时间串联质谱仪只有一个分析器,前一时刻选定-离子,在分析器内打碎后,后一时刻再进行分析。本节将叙述各种串联方式和操作方式。  质谱-质谱的串联方式很多

液质联用中的质谱——串联质谱篇(下)

  本文举几例常见的串联质谱仪,篇幅较长分为上、中、下三篇。  串联质谱扫描方式  串联质谱的扫描方式包括以下几种:  1、子离子扫描/产物离子扫描/碎片离子扫描(Product Ion Scan/Fragment Ion Scan):  选择某一质量的母离子进入碰撞室,与碰撞室内的碰撞气体发生解离

液质联用中的质谱——串联质谱篇(上)

  在连接了前面的离子源、离子传输后,质谱的质量分析器还可以空间或时间的方式进行串联分析(MS/MS或MSn)。此时,第一个质量分析器用于选择与分离母离子(Parent Ion,又称前体离子Precursor Ion),被选择的母离子碎裂后产生子离子(Daughter Ion,又称产物离子Produ

液质联用中的质谱——串联质谱篇(中)

  本文举几例常见的串联质谱仪,篇幅较长分为上、中、下三篇。  线性离子阱LIT/FTICR和LIT/Orbitrap  QqQ和QTOF都是串联两个“离子束”型分析器,近年来还有一种趋势是串联两个离子捕获型分析器,线性离子阱LIT/FTICR是此类最早的类型,由于维护困难,近年来慢慢被LIT/Or

串联质谱的工作原理

  为了得到更多的有关分子离子和碎片离子的结构信息,早期的质谱工作者把亚稳离子作为一种研究对象。所谓亚稳离子(metastable ion)是指离子源出来的离子,由于自身不稳定,前进过程中发生了分解,丢掉一个中性碎片后生成的新离子,这个新的离子称为亚稳离子。  这个过程可以表示为: m1+m2+ +

液相色谱质谱联用仪包括串联质谱吗

液相色谱质谱联用仪(LC-MS)通常包括液相色谱(LC)和质谱(MS)两部分组成。在LC部分,目标化合物被分离并分解成小分子物质,然后进入MS部分,产生一系列离子化质谱片段,揭示样品的结构信息。联用LC-MS可以为复杂混合物的分析提供更高的分辨率和灵敏度。因此,联用质谱仪是一种非常强大的分析仪器,能

串联质谱及应用技术

1 串联质谱 两个或更多的质谱连接在一起,称为串联质谱。最简单的串联质谱(MS/MS)由两个质谱串联而成,其中第一个质量分析器(MS1)将离子预分离或加能量修饰,由第二级质量分析器(MS2)分析结果。MS/MS 最基本的功能包括能说明 MS1 中的母离子和 MS2 中的子离子间的联系。 MS/MS 

全信息串联质谱MSE-简介

未知物的(一级)母离子与(二级)碎片离子数据是对其进行质谱分析所必须的信息。除了具备DDA串联质谱采集方法外,沃特世质谱更提供了独有的全信息串联质谱(MSE)技术。那么MSE技术是如何获得串联信息,并做到信息收集的最优化与最大化呢? 全信息串联质谱(MSE)能提供什么样的信息?1. 未知分析物的定性

什么是串联质谱筛查

串联质谱筛查:两个或更多的质谱连接在一起,称为串联质谱(MS-MS)。最简单的串联质谱由两个质谱串联而成,其中第一个质谱仪(MS1)作为分离器,第二个质谱仪(MS2)作为分析仪来对混合物直接进行分析。串联质谱技术可以应用于其他领域:疾病生物标记物(Biomarker  of Diseases),临床

什么是串联质谱筛查

串联质谱筛查:两个或更多的质谱连接在一起,称为串联质谱(MS-MS)。最简单的串联质谱由两个质谱串联而成,其中第一个质谱仪(MS1)作为分离器,第二个质谱仪(MS2)作为分析仪来对混合物直接进行分析。串联质谱技术可以应用于其他领域:疾病生物标记物(Biomarker  of Diseases),临床

什么是串联质谱筛查

串联质谱筛查:两个或更多的质谱连接在一起,称为串联质谱(MS-MS)。最简单的串联质谱由两个质谱串联而成,其中第一个质谱仪(MS1)作为分离器,第二个质谱仪(MS2)作为分析仪来对混合物直接进行分析。串联质谱技术可以应用于其他领域:疾病生物标记物(Biomarker  of Diseases),临床

分析串联质谱的优、缺点

所谓的串联质谱就是两个或者更多的质谱仪连接在一起,进行分析样品的技术。两个质谱串联而成的质谱联用技术是简单的,通常个质量分析器(ms1)将离子预分离或加能量修饰,由第二级质量分析器(ms2)分析结果。三级四极杆串联质谱是常用的串联质谱,级和第三级四极杆分析器分别为ms1和ms2,第二级四极杆分析器所

什么是串联质谱筛查

串联质谱筛查:两个或更多的质谱连接在一起,称为串联质谱(MS-MS)。最简单的串联质谱由两个质谱串联而成,其中第一个质谱仪(MS1)作为分离器,第二个质谱仪(MS2)作为分析仪来对混合物直接进行分析。串联质谱技术可以应用于其他领域:疾病生物标记物(Biomarker  of Diseases),临床

10标串联质谱标签(TMT)能更快速定量肿瘤蛋白

  在过去十年中,基因组学研究已经系统绘制了人类癌症的遗传改变,但这些改变对蛋白质组的直接影响还知之甚少。NIH临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)的蛋白组学研究表明,将蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据与基因组数据相整合,才能改善癌症通路的鉴定。图片来源于网络  然而,实体瘤组织在组成上比细胞系要复

什么是全信息串联质谱(MSE)?

MS E 是在一次液质分析中同时获得高精确的母离子及碎片离子信息的串联质谱方法。  2. MS E 由“无碰撞能”与“高碰撞能”两种扫描交替构成,分别记录母离子及碎片信息。  3. MS E 通过母离子与其碎片离子具有相同色谱行为的特性进行母-子离子的关联归属。

AB-串联质谱联用仪共享应用

仪器名称:串联质谱联用仪仪器编号:10020328产地:中国生产厂家:AB公司型号:API3200出厂日期:201007购置日期:201012所属单位:环境学院>环境化学研究所>新兴污染物研究组放置地点:中意环境楼地下B102固定电话:固定手机:固定email:联系人:李玉清(010-6277163

什么是液相色谱串联质谱平台

高效液相色谱-质谱联用技术是以液相色谱作为分离系统,质谱作为检测系统,经纯化后的样品在液相色谱和质谱部分经过分离和离子化,经由检测器得到质谱图。液质联用体现了色谱和质谱优势的互补,结合了色谱对复杂样品的高分离能力和质谱的高选择性,高灵敏度及能够提供相对分子量和结构信息的优点,在临床检验、临床研究领域

全信息串联质谱(MSE)有哪些特点?

1.全面:所有的离子信息都被记录,定量、定性更加准确。2. 精准:全部母离子与碎片离子信息都是高精度、高分辨的质谱数据。3. 简单:方法设置仅需:质量范围、采集时间、碰撞能量三个参数。4. 灵活:碰撞能量为线性升高的方式,因此不同分析物可在其最佳碰撞能下实现碎裂。

利用纳升级液相色谱-串联质谱进行蛋白质鉴定实验

实验材料修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒消化缓冲液萃取液清洗液脱色液仪器、耗材多通道移液枪Eppendorf Repeater 分液器Combitips 分液管实验步骤3.1 胶内蛋白的水解和多肽的提取(一天的实验方案)对于从 SDS-PAGE,2D-PAGE,BN-PAGE 电泳(经考马斯亮蓝 G-250

利用纳升级液相色谱--串联质谱进行蛋白质鉴定实验

实验材料 修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒 消化缓冲液萃取液清洗液脱色液仪器、耗材 多通道移液枪Eppendorf Repeater 分液器Combitips 分液管实验步骤 3.1 胶内蛋白的水解和多肽的提取(一天的实验方案)对于从 SDS-PAGE,2D-PAGE,BN-PAGE 电泳(经考马斯亮蓝

利用纳升级液相色谱-串联质谱进行蛋白质鉴定实验

实验材料:修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒:消化缓冲液                                                                  萃取液                                                          

沃特世全信息串联质谱—MSE简介

未知物的(一级)母离子与(二级)碎片离子数据是对其进行质谱分析所必须的信息。除了具备DDA串联质谱采集方法外,沃特世质谱更提供了独有的全信息串联质谱(MSE)技术。那么MSE技术是如何获得串联信息,并做到信息收集的最优化与最大化呢?全信息串联质谱(MSE)能提供什么样的信息?1. 未知分析物的定性与

安捷伦在2018中国质谱学术大会:串联质谱应用渐入佳境

  分析测试百科网讯 2018年11月24日-26日,以“中国质谱新时代”为主题的2018年中国质谱学术大会在广州盛大召开。25日,安捷伦科技举办了午间研讨会,重点介绍ICP-MS/MS和GC-MS/MS技术及应用,吸引了众多质谱从业人员的参加,还在“质谱新方法与新技术”分会场介绍了在体积和性能上大

8年风雨,三重四极杆串联质谱迎来国产质谱新时代

  2019年7月10日,国家重大科学仪器设备开发专项2011年首批启动项目——“三重四极杆串联质谱系统的研制及其在痕量有机物分析中的应用(2011YQ060084)”综合验收会议在杭州举行,来自中国科学院的柴之芳院士等专家组成了项目综合验收专家组,根据该项目的汇报内容进行了综合验收。  验收会议由

质领未来|-凯莱谱CalQuantS液相色谱串联质谱检测系统上市

2022年3月16日,由杭州凯莱谱精准医疗检测技术有限公司旗下全资子公司凯莱谱质造自主生产的CalQuant-S液相色谱串联质谱检测系统(浙械注准20222220116)正式经浙江省药品监督管理局批准上市。CalQuant-S作为全新一代高端国产临床质谱检测系统,将性能优异的二元液相色谱和高性能串联

串联质谱方法属于临床哪个专业组

蛋白质结构分析方法:X射线晶体衍射分析和核磁共振x 射线衍射法的分辨率可达到原子的水平,使它可以测定亚基的空间结构、各亚基间的相对拓扑布局,还可清楚的描述配体存在与否对蛋白质的影响。多维核磁共振波谱技术已成为确定蛋白质和核酸等生物分子溶液三维结构的唯一有效手段。NM R技术最大的优点不在于它的分辨率

sanger、endman、串联质谱测序三者优缺点

SANGER是直接对DNA分子进行测序,优点是测序结果直观、便于分析,适用于已知序列的验证测序、文库筛选、克隆鉴定、PCR重测序等.缺点是必须有已经序列设计测序引物,对于未知序列必须构建克隆后才能测序,难以实现基因组水平的大规模测序.ENDMAN、串联质谱是进行蛋白测序的,前者主要是用的色谱分析,能

电喷雾四极杆飞行时间串联质谱

  液相色谱-电喷雾四极杆飞行时间串联质谱是一种用于化学、生物学、基础医学、临床医学领域的分析仪器,于2014年1月3日启用。  技术指标  质量精度:MS模式 2 ppm MS;MS/MS模式5 ppm 质量范围:m/z 25-40,000 动态范围:5个数量级 分辨率:≥20000 图谱采集速率

蛋白质质谱测序

蛋白质谱一般来讲是用来对某个蛋白质进行鉴定的方法而蛋白质测序实际上就是检测蛋白质的多肽链数目,不一定要用到质谱技术简单说,蛋白质测序的方法有很多,一般是在构建完成后,通过测序来对比之前的预测的序列是否正确。而质谱检测一般是用在蛋白质表达纯化完成后,用来鉴定是否是最初设计的那个蛋白。

谱秀科技:C45串联质谱问世-中高端质谱中国造指日可待

  分析测试百科网讯 LC-MS/MS作为精准医学和临床质谱的金标准,作为食品安全、制药等众多领域的关键设备,国内市场预期在2030年将达150~200亿人民币。但串联质谱的技术壁垒极高,目前几乎被进口占据全部的市场。不错,攻克这项难关没有捷径,只有靠硬核的技术。近日,分析测试百科网采访了上海谱秀科