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如今，DNA甲基化的检测已经达到了单细胞的分辨率。不过，目前的方法还不能完整覆盖CpG，总是留下一些缺口。英国的一个团队最近开发出一种计算方法，可准确填补这些缺口。这项结果发表在《Genome Biology》杂志上。 研究人员使用所谓的深度神经网络策略来开发他们的方法，并命名为DeepCpG。他们将这种方法应用在几种小鼠或人类细胞的单细胞DNA甲基化数据上，证明DeepCpG在预测DNA甲基化上比现有的策略更佳。 这篇文章的通讯作者是欧洲分子生物学实验室的团队负责人Oliver Stegle。他在文中写道：“对于所有的细胞类型，DeepCpG能够比以往的方法更准确地预测甲基化状态。这种方法同时也揭示了已知和de novo序列motif，它们与细胞之间的甲基化变化存在关联。” DeepCpG将标有序列线索的DNA模块与双向门控递归网络相结合，此网络追踪基因组中CpG位点的甲基化是否存在。所得到的的“联合模块”将学习D......阅读全文
表观遗传学修饰可以在不改变DNA序列的情况下调控基因的活性，而且这种修饰会受到环境因素的影响。DNA甲基转移酶（DNMT）介导的胞嘧啶甲基化是哺乳动物基因组最常见的一种表观遗传学修饰，在基因组印记、X染色体失活等重要过程中起到了关键性作用。TET家族的双加氧酶能够逐步氧化5-甲基胞嘧啶，由此实现
9月11日，国际学术期刊《细胞—干细胞》（Cell Stem Cell）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所徐国良研究组、李劲松研究组和北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组的最新研究成果Active and Passive Demethylation
2014年1月《自然—方法学》(Nature Methods)上发表年度特别报道，将“单细胞测序”(Singled out for sequencing)的应用列为2013年度最重要的方法学进展。 近几年来，基于单细胞测序技术的科学研究取得了突飞猛进的发展，其成果有望为一些重
单细胞测序被评为2013年年度技术 2014 年首刊，《Nature Methods》杂志将2013年度技术(Method of the Year 2013)授予了单细胞测序(single-cell sequencing)。同时，杂志还介绍了2014年值得关注的技术，包括
编者按：空间转录组学技术是转录组学研究领域的新方向，也是研究细胞异质性方面的新方法。该技术通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术， 获得少量细胞转录组信息的同时可以保留细胞原有位置信息。为此， 生物谷专访了该技术的主要开发者－中国科学院上海生化细胞所彭广敦副研究员 生物谷：彭教授您好，非常
Babraham研究所和Wellcome Trust Sanger研究所的科学家们开发了一个单细胞表观遗传学检测技术，并将其发表在七月二十日的Nature Methods杂志上。这一成果可以帮助人们解读，环境怎样影响人类的发育和遗传性状。 “表观遗传学标志”是指DNA上的化学或蛋白标签，它们在
《Nature Methods》盘点2015年度技术，选出了最受关注的技术成果：单粒子低温电子显微镜（cryo-EM）技术。 除此之外，也整理出了2016年最值得关注的几项技术，分别为：细胞内蛋白标记（Protein labeling in cells）、细胞核结构（Unraveling nuc
《Nature Methods》盘点2015年度技术，选出了最受关注的技术成果：单粒子低温电子显微镜（cryo-EM）技术。 除此之外，也整理出了2016年最值得关注的几项技术，分别为：细胞内蛋白标记（Protein labeling in cells）、细胞核结构（Unraveling nuc
CpG DNA甲基化早在70年代就被提出是一种用来控制基因表达的DNA化学修饰，而我们对DNA甲基化在基因组不同区域的具体功能，在疾病、发育过程中所扮演的具体角色，以及控制基因表达的详细机理，直到今天并没有全面详细的认知。 2019年8月15日，美国Whitehead研究所Rudolf Jae
一枚受精卵长成一个婴儿，需在发育的第7天左右着床才能存活，这期间的人胚胎细胞无法获取，难以解析。22日，《自然》杂志登载了我国北京大学汤富酬与北医三院乔杰联合团队研究的最新突破，他们利用体外模拟人类着床策略和高精度单细胞测序技术，展现了“黑盒子”中的乾坤。 “临床上，着床失败是导致早期流产的重
11月30日，国际学术期刊Nature Methods 发表了中国科学院上海营养与健康研究院计算生物学研究所Andrew Teschendorff组的研究论文“Identification of differentially methylated cell types in epigenome-
本月，《Nature Genetics》杂志上一篇与高通量甲基化无创检测新技术相关的文章受到了国内外媒体的关注。 这项技术由加州大学圣地亚哥分校（UCSD）生物工程系张鹍教授及其团队开发，不仅可以检测癌症，还能确定肿瘤在体内的生长位置，为癌症早期诊断提供了新方向。这项技术的核心是肿瘤ctDNA液
2018年9月8日，在华大基因集团19周年庆前夕，华大智造首次向业内公开华大智造测序仪文库构建核心序列，致敬华大基因集团。华大智造成立于2016年，一直致力于研发和生产基因测序设备。如行业内小伙伴们所知，华大智造已拥有四款高通量测序仪——BGISEQ-500、BGISEQ-50、MGISEQ-2
现阶段，科学家们已经开始以单细胞分辨率组合多层信息。这些“多组学”技术可以更仔细地观察细胞之间的可变性，更清楚地识别特定细胞及其功能。分析基因组DNA揭示了单细胞基因组，甲基化组织或染色质，而分析RNA和蛋白质则能分别产生转录组和蛋白质组数据。如何做出选择有了这么多种的检测方法可供选择，研究人员还需
labtech China Congress 2019报名正式开启！详细日程及官方小程序功能全揭晓！ 中国国国际实验室规划、建设与管理大会（labtech China Congress 2019）将于2019年11月6-8日在上海浦东嘉里大酒店隆重召开。 labtech China Con
labtech China Congress 2019圆满落幕以“安全、智慧、可持续”为关键词，共话中国实验室2030新未来！ 11月7日，为期两天的2019中国国际实验室规划、建设与管理大会（以下简称labtech China Congress 2019）圆满收官。labtech Chi
尽管大多数生物体都是利用基因组上的甲基标记来监控基因表达，淡水原生动物Oxytricha trifallax却利用这些标记踢走了垃圾DNA(95%的基因组序列)。这一研究发现驳斥了以往研究做出的通常携带四个细胞核的单细胞纤毛虫无甲基化DNA的结论。 论文的第一作者、普林斯顿大学的博士后
多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过，近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们，每一个细胞都是独一无二的。不同类型的细胞激活特定组合的机制，即使是同类型细胞，基因表达也会出现差异。 那么，细胞之间的哪些差异有生物学意义，哪些差异来自于技术偏好呢？要获得可靠的结果又需要研究多少细胞呢？这
多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过，近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们，每一个细胞都是独一无二的。The Scientist杂志最近联系了单细胞研究领域的一些专家，请他们分享了在单细胞中进行转录研究的秘诀。希望帮助研究者们更好地构建文库，处理和分析结果数据。 那么，细胞之间的哪
Whitehead研究所的研究人员开发出了一种方法，监测单个细胞中随着时间推移发生的DNA甲基化改变。这一突破性的研究成果发布在顶级科学期刊《细胞》（Cell）杂志上。 DNA甲基化对正确控制基因表达及细胞身份——使得细胞具有相同遗传物质的细胞变为神经细胞、肌肉细胞或皮肤细胞，起至关重要的作用
由武汉国家生物产业基地主办，武汉金开瑞生物工程有限公司承办的第一届表观遗传组与蛋白质组学技术研讨会将于2019年8月12日-14日在湖北武汉举行。 此次会议针对蛋白质组学、三维基因组、表观遗传学等热点议题展开深入研讨，邀请了来自中科院、上海交大、同济大学、华中科技大学、华中农业大学等全国知名高
近日，中科院植物所刘春明研究员带领课题组成员对水稻籽粒糊粉层厚度的调控机制进行了研究，并于《美国科学院院报》（PNAS）上发表了研究成果，为水稻及其它禾本科农作物营养品质育种提供了新的理论支持和育种思路，安诺基因为本项研究提供了全基因组甲基化测序（WGBS）的实验及分析服务，助力OsROS1调控
近年来，基因测序行业得到迅速发展，吸引了大量资本和企业的进入。目前，在行业上游仪器设备环节，国外企业竞争优势显著，而在国内的基因测序与应用终端领域华大基因竞争力强劲。但是，基因测序技术在终端应用领域还未实现完全推广，未来发展仍具有巨大的想象空间。全景图：下游应用领域广泛，但尚未完全推广 从基因
2019年8月27日，北京大学分子医学研究所，北京大学-清华大学生命科学联合中心研究员何爱彬研究组在Molecular Cell杂志在线发表题为“CoBATCH for high-throughput single-cell epigenomic profiling”的文章，报道了一种新的具有普
一、导读： 在大部分投资者对“二代测序”（NGS）还没有搞清技术细节的情况下，“三代测序”（3GS）又火了。 6月17日，医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅，我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此，我们结合各方面资料归纳总结了三代
在“二代测序”（NGS）尚未迎来投资热潮的情况下，技术突破捷报连连的“三代测序”（3GS）又进入到了投资人的视野中。1986年，第一台商用基因测序设备正式出现，到第二代测序设备出现，期间间隔了19年时间。而第二代设备问世，到第三代设备的诞生，仅仅用了5年，基因测序设备的更新换代速度正在不断加快。
12月份Science期刊又有哪些亮点研究值得学习呢？小编对此进行了整理，与各位分享。 1. Science：CRISPRa加入肥胖之战，无需对基因组进行编辑就能对抗肥胖doi:10.1126/science.aau0629 在一项重要的新研究中，来自美国加州大学旧金山分校的研究人员证实CR
如今，科学家们应用测序技术在多项研究领域都取得了显著的成果，那么近期他们又取得了哪些成果呢？本文中，小编就对相关研究结果进行整理，分享给大家！ 【1】Science：便携式DNA测序仪在检测病毒疫情中大显身手 doi：10.1126/science.aau9343 在一项新的研究中，来自美
本文中，小编整理了多篇研究报道，共同聚焦科学家们在测序研究领域取得的新成就，与大家一起学习！图片来源：Nature 【1】Nature：中国科学家使用单细胞测序来揭示人类胚胎植入的秘密 doi：10.1038/s41586-019-1500-0 近日，中国多家机构的一个研究团队利用单细胞测
本文中，小编整理了近年来单细胞测序领域的重磅级研究成果，与大家一起学习！ 【1】Cell：开发出空间单细胞测序技术，有助揭示早期乳腺癌产生浸润性之谜 doi：10.1016/j.cell.2017.12.007 在一项新的研究中，来自美国德州大学MD安德森癌症中心的研究人员报道一种新的遗传